Фараон должен был пойти на компромиссы. Реставрация произошла не сразу. Некоторые сдвиги, видимо, наметились еще при Эхнатоне. Первые три года после вступления на престол Тутанхатон продолжал еще пребывать вместе со двором в Ахетатоне. Только после того, как Эйе и сторонники прежней религии окончательно взяли верх, «Отец бога» заставил фараона перебраться в Фивы, и некоторое время спустя имя Атона стали уничтожать с той же энергией и настойчивостью, как за несколько лет до этого преследовалось имя Амона.
Тутанхатон («Живое подобие Атона») стал отныне именоваться Тутанхамоном («Живое подобие Амона»), а царица Анхесенпаатон («Живет она Атоном») соответственно изменила свое имя на Анхесенамон (в некоторых источниках ее называют Анхесенпаамон) («Живет она Амоном»). Однако некоторое, правда недолгое, время культы обоих богов сосуществовали. На стеле, хранящейся ныне в Берлинском музее, Тутанхатон приносит моления Амону, хотя называет себя по-прежнему. В Ахетатоне же при раскопках нашли два кольца с надписями, где фараон именует себя Тутанхамоном. Доказательства тому обнаружены и в его гробнице. Таким образом, реставрация культа Амона и других исконных богов произошла именно при Тутанхамоне. Так завершилась попытка Эхнатона реформировать древнюю религию и абсолютизировать власть фараона.
Возможно, что умиротворение внутри страны, достигнутое при юном фараоне его ближайшим окружением во главе с Эйе, способствовало и некоторому упрочению внешнего положения Египта. Из надписи в гробнице одного из живших тогда чиновников известно, что несколько сирийских племен стали регулярно выплачивать дань. Поступали подати и из Куша, где, впрочем, власть Египта не ослабевала даже при Эхнатоне.
При Тутанхамоне, пусть и без активного его участия, завершились события огромного политического и особенно идеологического значения. Реакция, если допустимо применить здесь этот термин, одержала победу и тем самым на десятилетия и даже столетия предопределила дальнейшие судьбы Египта.
Точно неизвестно как прошли последние дни Тутанхамона, был ли весел, пребывая в счастливом неведении, или подавлен нехорошими предчувствиями, видя как все больше власти забирает себе и так всесильный Эйе. Разве таких, как Эйе, может что-то остановить? Возможно Тутанхамону, видящему происходящее вокруг, часто приходило на ум старинное высказывание из «Поучения Аменемхета I»: «Берегись подданных, не приближайся к ним и не оставайся один. Не доверяй брату, не знай друга, да не будет у тебя доверенного, ибо это бессмысленно. Когда ты спишь, охраняй сам свое сердце. Ибо в день несчастья не имеет человек поддержки…»
Шли годы. Тутанхамон взрослел и набирал силу. Он уже неплохо разбирался в политике и вопросах управления страной. По его указанию строятся новые храмы. Великолепные Фивы вновь обретают прежний блеск и религиозную значимость. Сам же фараон переезжает в Мемфис и делает его столицей Египта.
Скоро молодому царю станет не нужен пожилой регент Эйе. Ребенок превратился в молодого и сильного льва. Тутанхамону девятнадцать. Он полон сил, надежд, планов и решимости их осуществить. Именно в этот момент его настигает смерть. Что произошло – остается загадкой и по сей день. У ученых есть только предположения на этот счет.
После смерти Тутанхамона Эйе недолго носил двойную корону фараонов Верхнего и Нижнего Египта. Он скончался на 4-м году правления. Его именем завершается XVIII династия – самая могущественная на всем протяжении многовековой истории Египта.
Эйе безуспешно пытался воскресить боевые традиции царей-воителей XVIII династии. При нем постоянная фараоновская титулатура вновь зазвучала воинственно, чего не наблюдалось в предшествующие царствования. Однако, помимо наименования «могучий силою, подавляющий северо-восток» и изображения в виде грозного стрелка из лука на колеснице, известия о воинских подвигах престарелого фараона отсутствуют. Эйе довершил начатое при Тутанхамоне украшение храма в Сульбе в Нубии, где были установлены два великолепных изваяния льва из розового гранита. В то же время Эйе совершил весьма неблаговидный поступок, присвоив себе две незаконченные статуи усопшего фараона.
Во время правления Эйе начались гонения на последователей Атона. Эхнатон был окончательно провозглашен еретиком. Но, невзирая на это, Хоремхеб, пытаясь уничтожить все следы монотеистического эксперимента, уничтожал картуши с именем самого Эйе так же, как и с именами Эхнатона или Сменхкара. Помимо того, была разрушена новая гробница Эйе, сооруженная по традиции Нового царства на западе Долины царей. Саркофаг Эйе был разбит на множество осколков; однако, крышка саркофага осталась нетронутой, и ее нашли в 1972 году.