С развитием городов и усилением влияния горожан на общественную жизнь страны возникла необходимость в формировании их собственной идеологии. Именно это способствовало возникновению учения сингаку, представляющего собой практическую этику. Согласно сингаку, достичь богатства и процветания можно было благодаря собственному интеллекту, бережливости и трудолюбию.
Еще одним течением общественной мысли того времени была школа коку-гаку, ратующая за поиски национальной японской идентичности. С этой целью была проделана работа по изучению памятников древней японской письменности, таким образом планировалось выявить особенности самобытного японского пути развития.
Одним из инициаторов этого движения был Хирата Ацутанэ, активно отстаивавший позиции синтоизма как исконно японской религии, наиболее соответствующей всем духовным потребностям японского народа. В своей работе «Драгоценные узы» он провозглашал родство всех японцев, их божественное происхождение, а следовательно, превосходство над другими расами.
Учение было популярно во всех слоях общества, за исключением правящего (не императора, который исполняет обязанности первосвященника синто, разумеется, мы же помним, что император не правит, а царствует). А как же, вы скажете, госпожа Касуга но-цубонэ и ее синтоистские привязанности? Но, во-первых, она была женщиной, а им «разрешалось» синто – как вариант религии «для дома», считалось, что дамы не имеют реального влияния на политику (наивный взгляд), и поэтому им можно сколько угодно заниматься ритуалами синто. А во-вторых, синтоистские умонастроения госпожи Касуга но-цубонэ с легкостью порождали у нее мысли о том, что «Япония – для японцев», а гайдзины могут убираться со своим чуждым христианством в свои христианские страны. А ведь она воспитывала будущего сегуна.
Проводимая Токугава Хидэтада политика привела к запрету христианства в Японии. В 1614 г. он издал закон о запрете пребывания чужестранцев в стране, что привело к массовым репрессиям против христиан.
Поначалу сёгун хотел сделать Эдо главным портом, но впоследствии, после того, как понял, что европейцы предпочитают порты на острове Кюсю, а Китай отверг его планы официальной торговли, он решил усилить контроль над существующей торговлей и разрешил торговать определенными товарами только через конкретные порты (политика сакоку).
«Христианская проблема» состояла, фактически, из проблемы управления христианскими даймё на острове Кюсю и торговли с иностранцами. В 1612 г. всем вассалам сегуна и жителям земель, принадлежавших Токугава, было приказано отречься от христианства. Известно, что Касуга но-цубонэ фактически лично нашептывала правителю, как именно нужно выживать этих гайдзинов.
И в последующие годы репрессии против христиан и ограничения на торговлю с иностранцами вс время усиливались: в 1616 г. число открытых для торговли с иностранцами портов уменьшилось до Нагасаки и Хирадо (порт на острове к северо-востоку от Кюсю), в 1622 г. сёгунат казнил 120 миссионеров и новообращенных, в 1624-м была запрещена торговля с Испанией, в 1629-м были казнены тысячи христиан. Наконец, в 1635 г. вышел указ о запрете японцам покидать пределы страны и о запрете уже выехавшим возвращаться. С 1636 г. иностранцы (португальцы, впоследствии голландцы) могли находиться только на искусственном островке Дэдзима в гавани Нагасаки.
Политика изоляционизма и ликвидации христианства еще более усилилась при следующем сегуне Токугава – Иэмицу.
После восстания в Симабаре в 1637–1638 гг., – ставшего реакцией на проводимую сёгунатом политику религиозной нетерпимости, централизации власти и увеличение налогов, – поднятого христианскими самураями и крестьянами, угнетаемыми экономически и притесняемыми религиозно, христианство в Японии было окончательно разгромлено. Выжили лишь незначительные, ушедшие в глубокое подполье группы верующих.
Вскоре после этого были разорваны отношения с Португалией, а члены португальской дипломатической миссии казнены. Всем подданным было приказано «зарегистрироваться» в буддийском либо в синтоистском храме. Христианство было официально запрещено, а тысячи его последователей были убиты.
Торговля с европейскими странами, объявленными «варварскими», была сведена к минимуму, за исключением незначительной торговли некоторых внешних даймё с Кореей и островами Рюкю к юго-западу от Японского архипелага, и осуществлялась только в порту Нагасаки в строго установленное время, причем цены на некоторые экспортные товары (например, шелк) были фиксированными.