Во время американской войны за независимость он поступил на службу к лорду Норту и принялся писать пропагандистские статьи, восхваляющие стиль командования своего патрона, пытаясь убедить англичан, что «на фронте все в порядке». В 1776 году, когда тринадцать колоний издали свою знаменитую декларацию, Макферсона попросили написать ответ, который пришелся бы по душе народу Британии.
И Макферсон сделал это в публикации «Права Великобритании — против требований Америки», которая выдержала много изданий подряд, была принята с воодушевлением и, к радости лорда Норта, имела необычайный успех. Служба правительству обеспечила Макферсону в дальнейшем пенсион: 600 фунтов в год, согласно одному источнику, и 800 фунтов — согласно другому.
Затем он занял выгодную должность лондонского агента некоего набоба Аркотского, который незадолго до того вступил в пререкания с Ост-Индской компанией и прервал с ней все связи. Этот пост Макферсон получил с помощью своего родственника, Джона Макферсона, который служил у того же набоба и был послан в Лондон защитить его интересы в тяжбе с компанией. Макферсон помог родственнику подготовить «Письма Мохаммеда Али Хана, набоба Аркотского, совету директоров». Для Джона Макферсона поездка в Лондон завершилась успешно, и впоследствии он был назначен генерал-губернатором вместо Уоррена Гастингса. По предложению Джона Джеймс Макферсон и стал лондонским агентом набоба. На новом посту он необыкновенно разбогател и решил, что ему пора заполучить место в парламенте; в 1780 году обычным порядком он был избран младшим членом парламента от Кемелфорда, графство Корнуолл. В 1784 году, когда Питт Младший одержал победу на выборах, Макферсон стал старшим членом парламента от того же избирательного округа и сохранял это место в течение шестнадцати лет, до конца своей жизни; за это время он ни разу не выступил в палате — воистину бессловесный член парламента. После смерти Уайтхеда в 1785 году Макферсон был среди кандидатов на вакансию поэта-лауреата, но тут ему не повезло, почетное место досталось Томасу Уортону.
Последние годы жизни Макферсон провел на родине; он купил большой участок земли в Баденохе и построил дом на холме с видом на Спей. Он вел праздную жизнь среди родных и близких на любимой им земле. Но даже горячая любовь к родным местам не смогла побороть его тщеславия — хотя он родился и умер в Баденохе, он завещал похоронить себя в Вестминстерском аббатстве; там он и лежит в южном нефе, почти бок о бок со своим злейшим врагом, доктором Сэмюэлом Джонсоном.
Умер Макферсон 17 февраля 1796 года в возрасте 59 лет.
Нападая на Макферсона, Джонсон несколько раз затрагивал его нравственность, и завещание Макферсона вполне подтверждает справедливость обвинений Джонсона. Холостяк Макферсон оказался отцом пятерых детей разных женщин. Своим детям он оставил немалое состояние, а их матерям назначил солидное годовое пособие.
Старший сын, Джеймс, унаследовал его поместье и, в свою очередь, оставил его дочери Макферсона Энн.
Несмотря на утверждения и увещевания Босуэлла, яростные споры продолжались и после смерти Макферсона. В 1797 году Общество Горной Шотландии решило назначить комиссию под председательством Генри Маккензи для изучения всего связанного с притязаниями Макферсона. По всему северозападному горному краю и островам были разосланы письма всем тем, от кого можно было ожидать хоть каких-либо сведений. Адресатов просили указать, слышали ли они когда-либо, как рассказывали или пели на гэльском языке поэмы Оссиана или иные древние поэмы, и если да, то приобрести, если возможно, их копии и послать комиссии для изучения.
Если же адресат знает кого-либо, кто снабжал материалами Макферсона, то просить его показать ему перевод поэм, чтобы выяснить, насколько он точен.
В ответ полился поток сведений, которые комиссия изучила с величайшим вниманием. Доклад об итогах исследований был опубликован в 1805 году и свидетельствовал:
1) Что грандиозная легенда о Фингале и его сыне, певце Оссиане, существует в Шотландии с незапамятных времен, что выразительная, волнующая поэзия Оссиана нередко и в обилии встречается в горах Северо-Запада и что до сих пор есть или до недавнего времени было множество тех, кто помнит наизусть немало стихов Оссиана.
2) Что, хотя ряд найденных фрагментов явно был положен Макферсоном в основу его творений и иногда они даже совпадают дословно с соответствующими частями работы Макферсона, не было найдено ни одного стихотворения с тем же самым названием или содержанием, что у Макферсона.