Известность Кольера стремительно росла, и в 1841 году издательская контора «Уитикер и Кº» предложила ему подготовить новое издание сочинений Шекспира. Кольер согласился, однако счел нужным предварительно подготовить почву, опубликовав «Основания для нового издания сочинений Шекспира с замечаниями о недостатках предыдущих изданий и самыми новейшими пояснениями к пьесам, стихам и биографии Поэта… 1841»; в 1842 году публикация эта была переиздана. В 1841–1844 годах вышли в восьми томах «Сочинения Уильяма Шекспира. Текст составлен на основании новейших сравнений прежних изданий, с вариантами, примечаниями, описанием жизни поэта и историей раннего периода английской сцены…». Издание высоко оценили, и оно считалось непревзойденным до выхода Кембриджского издания под редакцией Александра Дайса. В книгу, по-видимому, вошли и некоторые исправления в рукописях, «возможно, по давности относящиеся ко временам правления Карла I и первого фолио 1623 года, что хранится в Бриджуотер-Хаус».
В 1847 году Кольер, член Общества любителей древностей с 1830 года, был избран на пост казначея Общества, а в 1849 году стал его президентом. Когда в 1847 году была назначена Королевская комиссия по изучению состояния Британского музея, Кольера попросили взять на себя обязанности ответственного секретаря; председателем комиссии стал граф Элзмиер. Кольер решил уйти из «Морнинг кроникл», чтобы посвятить все свое время новой работе. Как секретарь комиссии Кольер всячески противился идее Паницци о создании рукописного каталога фондов Британского музея. Кольер придерживался мнения о бесспорных преимуществах печатного каталога и в подтверждение своей мысли представил образцы таких каталогов. Однако Паницци безжалостно выявил в них многочисленные грубые ошибки, что глубоко задело Кольера; он немедленно написал председателю, перечислив девять преимуществ печатного каталога, и, в свою очередь, раскритиковал план Паницци. Вскоре после этого Кольеру пришлось написать второе письмо, теперь уже в ответ на возражения, выдвинутые Паницци. Но Паницци был несокрушим и выиграл сражение; Кольер, однако, прожил достаточно долго и застал появление знаменитого печатного каталога 1881 года — это событие принесло ему огромное удовлетворение. В 1850 году работа Кольера в Королевской комиссии завершилась, и он вернулся в Мейденхед, а 30 октября 1850 года получил пенсию по цивильному листу за заслуги на литературном поприще.
Но и после ухода в отставку Кольер, похоже, не терял времени даром: в письме в «Атенеум», опубликованном в выпуске от 31 января 1852 года, он объявил, что стал обладателем экземпляра второго фолио Шекспира, датированного 1632 годом, с рукописными примечаниями по всему тексту, сделанными, как то стало явно, в середине XVII века. В письме он утверждал, что в 1849 году, незадолго до смерти мистера Родда, ему случилось быть в книжной лавке, когда принесли сверток с книгами, которые, по словам Родда, были куплены для него на аукционе. Сверток тут же распаковали, и внимание Кольера привлекли две книги: одна — Итальянский словарь Флорио 1611 года, другая — довольно ветхая и потрепанная — неполный экземпляр второго фолио Шекспира. У Кольера уже был неполный экземпляр второго фолио, но он купил экземпляр Родда в надежде, что сможет найти в нем недостающие страницы и дополнить свой, бывший в несколько лучшем состоянии. И уже купив книгу — Кольер заплатил за нее 30 шиллингов, — он заметил на обложке надпись «Книга сия То. Перкинса», впоследствии этот экземпляр стал известен как фолио Перкинса. Книгу доставили Кольеру домой, и он решил взглянуть, можно ли дополнить ее страницами свой собственный экземпляр; оказалось, что подходят только две страницы, да и те все в пятнах и порваны. Кольер убрал книгу в шкаф и вспомнил о ней лишь год спустя, когда переезжал в другой дом и просматривал все подряд, отбирая, что взять и что нет. И вот, машинально просматривая книгу, Кольер вдруг наткнулся на рукописные заметки на полях; вглядевшись повнимательней, Кольер пришел к выводу, что, судя по почерку, эти изменения были внесены в текст не позже, чем при Протекторате. В своем письме Кольер представил несколько образцов, а в заключение объявил, что намерен отдать эту редкость на рассмотрение и в распоряжение Совета Шекспировского общества на очередном его заседании. В следующем номере «Атенеума» появилось еще одно письмо Кольера с новыми примерами — в нем Кольер заявлял, что представит книгу и на очередное заседание Общества любителей древностей.
Многие выразили желание увидеть этот замечательный том, но Кольер ни за что не хотел выпускать его из рук и даже не позволил как следует изучить его, невзирая на обещания, данные им в письмах в «Атенеум». Кольер утверждал, что там встречается иная пунктуация, вымараны некоторые отрывки, изменены сценические ремарки, в текст внесены поправки. Все это якобы проделал некто, к кому книга попала вскоре после публикации и у кого явно был доступ к более достоверным источникам, чем у прежних редакторов. Собственно дополнения составили девять полных строк, вставленных в девяти разных местах. В 1852 году Кольер выпустил книгу, вобравшую в себя всю работу этого воображаемого редактора, под заглавием: «Замечания и поправки к тексту пьес Шекспира. Из ранних рукописных исправлений в экземпляре фолио 1632 года, принадлежащем Дж. Пейну Кольеру… 1853». О книге прекрасно отозвались в «Атенеуме» (8 января 1853 года) и других журналах, но знатоки Шекспира встретили ее довольно прохладно; так, Сингер, Дайс и Холливел в ответ на эту публикацию разразились резкой критикой. С. У. Сингер, например, в 1853 году опубликовал статью «В защиту текста Шекспира», в ней автор впервые усомнился в подлинности не только самих поправок, но и всей рассказанной Кольером истории с книгой. Тем не менее в том же году Кольер выпустил второе издание, снабдив его предисловием, в котором обстоятельно описывал, как его фолио с поправками опознал некий мистер Пэрри, который якобы тоже был когда-то владельцем фолио 1632 года, по описанию точь-в-точь фолио Перкинса. Кольер утверждал, что с помощью Пэрри он смог проследить историю этого тома вплоть до времени его издания.