О том, что ниндзя из Кога тоже поддержали Южный двор, свидетельствует предание о происхождении фамильного герба семьи Кога, на котором изображен топор с хризантемой поверх него в окружении цветков хризантемы.
По легенде, во время пребывания императора Южной ветви в своей временной резиденции в Ёсино ниндзя из Кога и Ига, переодетые лесорубами несли охрану в лесу, окружавшем дворец.
Однажды весенним днем император вышел на прогулку в лес и неожиданно для себя увидел там «лесоруба» из Кога, который тут же распростерся на земле в глубоком поклоне. Император спросил его, кто он такой, и получил почтительный ответ: «Я –человек из Кога (Кога-моно) и охраняю вашу резиденцию снаружи». Император уже слышал о ниндзя из Кога и потому не особенно удивился, но ему почему-то захотелось как-нибудь поблагодарить этого молодого синоби, который, возможно, уже не раз рисковал своей жизнью для его безопасности. И он протянул Кога-моно цветок хризантемы, сорванный по дороге. Тогда ниндзя, у которого в руках был топор, повернул его лезвием к себе, взял одной рукой за лезвие, а второй за рукоять и вытянул руки вперед. Император улыбнулся и положил хризантему сверху на лезвие топора. После этого случая семья Кога изменила свой старый герб в память о встрече ниндзя с императором в лесу.
Синоби повсюду
Начиная с периода Намбоку-тё, упоминания о действиях ниндзя то и дело появляются на страницах летописей и воинских повестей. Считается, что впервые слово «синоби» использовалось в значении «шпион» в знаменитой эпопее «Тайхэйки». В ней имеется немало упоминаний активности ниндзя. Например, в 20 свитке в главе «О поджоге [храма] Хатимана» читаем: «Одной из ночей под покровом дождя и ветра [Моронао] послал превосходного синоби на гору Хатиман-яма, и [он] поджег храм [Хатимана]».
В «Тайхэйки» сообщается и о целых отрядах синоби. Князь Миякэ Сабуро Котоку из провинции Бидзэн вместе с Хагино Хикороку Асатадой из провинции Тамба организовал заговор против сёгуна Асикага. Однако его замысел вскоре раскрылся. Верный сёгуну полководец Ямана Идзу-но Ками Токиудзу во главе войска в 3000 воинов вторгся в провинцию Тамба, захватил вражеский провиант и поймал в плен самого Асатаду. Главный заговорщик, Котоку тоже попал в крайне затруднительное положение –сюго сразу 3-х провинций –Бидзэн, Биттю и Бинго –бросили против него пятитысячную армию. Тогда Котоку бежал в Киото и разослал циркуляры по всем областям с требованиями о подкреплениях. Со всех концов страны в Киото потекли отряды самураев. В целях обеспечения скрытности сосредоточения войск, они размещались небольшими группами в городках Сакамото, Удзи, Дайго и других. Котоку назначил начальником своей разведки управляющего Киото Сиро Цудзуки нюдо. Это стало роковой ошибкой заговорщика, так как Цудзуки, получив информацию о расположении отряда синоби Котоку в городке Сидзёмибу, накануне выступления войск атаковал его во главе 200 воинов. Синоби Котоку были отважными молодцами, не знавшими страха смерти, и дорого продали свои жизни. Трое из них забрались на крышу одного из домов и расстреляли все стрелы из колчанов, а потом распороли себе животы, не пожелав сдаться на милость победителю. В итоге планы Котоку провалились, и он был наголову разбит верными сёгуну войсками.
Двенадцатилетний киллер Кумавака
В списке «Тайхэйки» храма Сайгэн-ин сообщается, что синоби Кумавака проник в покои Хоммы Сабуро и убил его. Вопли Хоммы привлекли внимание слуг, но, когда они вбежали в его покои, было уже поздно –умирающий лежал посреди комнаты в луже крови, а сам убийца словно растворился в воздухе, чем поверг в изумление всех преследователей. Этот эпизод историки нин-дзюцу считают самым ранним описанием «работы» синоби.
Однако в стандартном варианте «Тайхэйки» вся ситуация выглядит по-иному. Здесь Кумавака –уже не синоби, а двенадцатилетний сын Среднего советника Хино Сукэтомо, выступившего на стороне Годайго и казненного по приказу сторонника дома Ходзё «мирского монаха» Ямасиро-но Хоммы. Правда, и в этом варианте эпизод мести Кумаваки представляет немалый интерес: "Хоть и был Кумавака еще юн, духом был он очень отважен. Он вверил останки отца своему единственному слуге и отослал его назад в столицу со словами: «Отправляйся вперед меня на гору Коя и похорони их во внутренней обители или каком-нибудь ином подобном месте». Сам же он остался в месте пребывания Хоммы, притворившись, что его сразила болезнь, ибо замыслил он отомстить Хомме за его бессердечие, из-за которого не смог он встретиться с родителем в этом мире.