Мост, ведущий от неупорядоченного материала восприятий к идеям, Паули видит в определенных заранее данных нашей душе первообразах, архетипах, как они были выявлены Кеплером, а также современной психологией. Эти первообразы — здесь Паули в основном присоединяется к мысли К. Юнга — не следует приписывать нашему сознанию или связывать с определенными рационально формулируемыми идеями. Речь тут идет о формах бессознательной области человеческой души, образах большого эмоционального заряда, которые не осмысливаются, а созерцаются, как бы разрисовываются нашим воображением. Радость научного познания происходит от совпадения таких преданных первообразов с поведением внешних объектов.
Такая концепция познания природы восходит, как известно, к Платону и проникла в христианское мышление обходным путем через неоплатонизм (Плотин, Прокл). Паули пытается продемонстрировать ее указанием на то, что уже в Кеплеровом принятии коперниканского учения, знаменующем начало современного естествознания, решающим образом дали о себе знать определенные первообразы, архетипы. Он цитирует фразу из «Мистериум космографикум» Кеплера: «Образ триединого Бога заключен в шаре, а именно: Отца — в центре шара, Сына — в его поверхности, а Святого Духа — в равенстве расстояния между центральной точкой и окружностью». Движение от центра к поверхности является для Кеплера символом творения мира. Данный образ, столь тесно связанный со священным числом три — К. Г. Юнг называет его «мандалой», — находит для Кеплера свое несовершенное осуществление в телесном мире: это Солнце в центре планетной системы, окруженное небесными телами (Кеплер еще считал их одушевленными). По мнению Паули, убедительность коперниканской системы для Кеплера коренится, прежде всего в ее соответствии вышеописанному символу и лишь во вторую очередь — в ее согласованности с эмпирическим материалом.
Паули считает, кроме того, что кеплеровский символ вообще олицетворяет установку, из которой возникло современное естествознание. «Из внутреннего центра психическая сила как бы экстравертивно движется вовне, в телесный мир, все происходящее в котором заранее представляется автоматическим, самодвижущимся, так что дух, словно бы покоясь, охватывает этот телесный мир своими идеями». В естествознании Нового времени живет христианская модификация платонической «мистики света», которая отыскивает в первообразах единую основу духа и материи и предоставляет место для разнообразных степеней и видов понимания вплоть до познания истины спасения. Паули, однако, предостерегающе добавляет: «Эта мистика так светла, что, стремясь вдаль, она не замечает многих неясностей, чего мы, сегодняшние люди, не имеем права и не можем себе позволить». Позиции Кеплера он противопоставляет поэтому позицию его современника, английского ученого, врача Флудда, с которым Кеплер вступил, в ожесточенную полемику по вопросу о приложении математики к опыту, усовершенствованному количественными измерениями. Флудд здесь представитель архаически-магического описания природы, как оно практиковалось алхимией и вышедшими из нее тайными союзами.
Развертывание мысли Платона в неоплатонизме и христианстве привело к тому, что характеристикой материн стало отсутствие идей и, поскольку постижимое отождествлялось с благом, материю отождествили со злом. Мировая душа со своей стороны была по ходу дела заменена в новоевропейском естествознании абстрактным математическим законом природы. Алхимическая философия, представителем которой был Флудд, являла собой определенный противовес этой односторонне спиритуализирующей тенденции. Согласно взглядам алхимиков, «в материи живет дух, дожидающийся избавления. Алхимик, работающий в своей лаборатории, всегда вовлечен в природный процесс так, что реальные или мнимые химические процессы в реторте мистически отождествляются у него с психическими процессами в нем самом и получают одинаковые обозначения. Избавление вещества преображающим его человеком, увенчивающееся изготовлением философского камня, в мировосприятии алхимика — вследствие мистического соответствия между макрокосмом и микрокосмом — отождествляется со спасительным преображением самого человека силою деяния, удающегося лишь „по Божию благословению“». Ведущий символ этого магического восприятия природы — четверица, так называемая тетрактида пифагорейцев, складывающаяся из двух попарно полярных начал. Деление приписывается темной стороне мира (материи, дьяволу), причем магическим восприятием природы охватывается также и эта темная область.