Обе вышеописанные линии развития, берущие свое начало соответственно в платонизме и христианской философии, с одной стороны, и в средневековой алхимии — с другой, позднее распались каждая на две противоположные мыслительные системы. Платоническая мысль, первоначально ориентированная на единство материи и духа, распалась в конечном счете на научную и религиозную картины мира; а традиция, ознаменованная гнозисом и алхимией, породила на одном полюсе научную химию, а рта другом — религиозную мистику, снова отрешающуюся от материи (например, Яков Бёме).
В этих расходящихся и все-таки внутренне взаимосвязанных линиях духовного развития Паули видит взаимно дополняющие друг друга моменты, изначально определявшие западную мысль и ныне понятные нам лучше, чем в прежние эпохи, поскольку логическая возможность подобных соотношений сделалась для нас ясной на примере квантовой механики. В научном мышлении, особенно характерном для Запада, душа обращается вовне, она спрашивает о причинах. «Почему Единое отражается во многом, что здесь зеркало и что отражение, почему Единое не осталось одним?» Мистика же, одинаково чувствующая себя дома и на Востоке, и на Западе, пытается, напротив, жить единством мира, стремится разоблачить множество как иллюзию. Жажда научного познания привела в XIX веке к предельно упрощенному представлению о некоем объективном, независимом ни от какого наблюдения материальном мире, а в конце мистического переживания видится как предельное состояние вполне отрешившаяся от всех объектов, соединившаяся с божеством душа. Между этими двумя предельными представлениями, согласно Паули, как бы растянуто все европейское мышление. «В душе человека всегда живут обе установки, и одна из них неизбежно уже несет в себе зародыш другой. Тут возникает своего рода диалектический процесс, о котором мы не знаем, куда он нас ведет. Мне кажется, что мы как западные люди должны довериться этому процессу и принять противоположности в качестве двух дополнительных моментов. Выдерживая напряжение двух неустранимых противоположностей, мы должны признать также, что на всех путях познания и избавления зависим от факторов, находящихся вне нашего контроля и носящих в религиозном языке название благодати».
Когда в начале 1927 года раздумья об интерпретации квантовой механики приняли рациональный облик и Бор создал понятие дополнительности, Паули был одним из первых физиков, безоговорочно вставших на сторону новой интерпретации. Философская позиция Паули была изначально близка главной отличительной черте этой интерпретации, характерному сочетанию «выбора и жертвы» — тому, что при всяком эксперименте, при всяком вторжении в природу у нас есть возможность выбирать, какую сторону природы мы хотим высветить, но в то же время мы приносим жертву, будучи вынуждены отказаться от наблюдения другой стороны природы. При всем том в центре его философской мысли всегда стояло стремление к цельному пониманию мира, к единству, вмещающему в себя напряжение противоположностей, и он приветствовал истолкование квантовой теории как новую мыслительную возможность, позволяющую выразить единство, пожалуй, полнее, чем прежде. Алхимическая философия привлекала его своей попыткой говорить о материальных и душевных процессах на одном и том же языке. Паули пришел к убеждению, что поиски подобного языка могут возобновиться в той абстрактной сфере, в которую вступили современная атомная физика и современная психология. «Мне представляется, что попытка алхимии выработать единый психофизический язык провалилась только потому, что там шла речь о зримой, конкретной реальности. Но в сегодняшней физике мы имеем дело с невидимой реальностью (объектами атомарного уровня), в обращении с которой наблюдатель обладает известной свободой (поскольку он стоит перед альтернативой „выбор и жертва“), а в психологии бессознательного мы изучаем процессы, которые не всегда могут быть однозначно приписаны какому-то определенному субъекту. Попытка создания психофизического монизма представляется мне сегодня несравненно более перспективной, если искомый единый язык (еще неизвестный, нейтральный по отношению к дихотомии психического-физического) будет отнесен к более глубокой невидимой реальности. Тогда отыщется и способ выразить единство бытия, трансцендирующий, в смысле принципа соответствия (Бор), каузальность классической физики и предусматривающий в качестве особых случаев психофизические связи и согласование априорных инстинктивных форм представления с данными внешнего восприятия[110]. При таком подходе придется пожертвовать онтологией и метафизикой, зато выбор падает на единство бытия».