Однако, отдав дань религии, Сигер продолжает свое дело научного познания. В противовес «прославленным мужам (precipi viri) в философии Альберту и Фоме» он не полагается на недоказуемое, а прилагает усилия к познанию еще не познанного, к доказательству или опровержению недоказанного, стремясь осветить его светом разума. И Фома правильно оценивал тактический характер благочестивых оговорок Сигера. В своей речи по возвращении в Парижский университет он заявил: «Среди тех, кто работает на поприще философии, некоторые высказывают положения, неприемлемые для веры; когда же им указывают, что то, что они говорят, противоречит вере, они отвечают, что так утверждал Философ; что, же касается их самих, то они этого не утверждают, а только повторяют слова Философа» (55, 564).
Контраст между томизмом и латинским аверроизмом по коренному для того времени вопросу о соотношении философии и теологии, знания и веры принял специфический вид полемики «под эгидой» аристотелизма. Противники обвиняли один другого в искажении учения Философа, в его ложном истолковании, причем Фома обвинял Сигера в том, что он это делает с целью подрыва религиозных верований, Сигер же со своей стороны упрекал Альберта и Фому в том, что «эти мужи отклоняются от мнения Философа и делают неправильный вывод» (3, 1, 814), руководствуясь предвзятыми богословскими соображениями. Жильсон прав, считая, что аверроистская оппозиция томизму основывалась на том, что «Фома пользовался языком Аристотеля главным образом для выражения явно неаристотелевских мыслей» (56, 402). Можно согласиться с Жильсоном и в том, что «значение Сигера и его сторонников не основано на том, что им удалось открыть некую дотоле неведомую философию; оно основывается, напротив, на том, что они были христианами, которые в церковных рамках старались в доктринальных вопросах быть всецело философами» (там же, 399), не подчиняя философию теологии.
Расхождения в истолковании Философа перерастали в разногласия по отношению к Комментатору. Комментарии Аверроэса были одним из первостепенных источников ознакомления Альберта и Фомы с учением Аристотеля. Но замыслом и основной задачей Фомы было не усвоение и адекватное воспроизведение в христианском мире перипатетической философии, не ассимиляция, а деформация ее для философского обоснования и укрепления теологии. «Христианская вера заранее освободила Фому Аквинского, от всякого рабства перед буквой Аристотеля» (55, 557). Философия была для него не целью миропонимания, а средством вероучения. Такой подход был диаметрально противоположен характеру использования аристотелизма Ибн-Рушдом по отношению к мусульманскому вероучению. Не подлежит ни малейшему сомнению (и это, убедительно доказано самими томистами), что вопреки мнению сарагосского теолога М. Асина-и-Палациоса (1904) Фома никоим образом не подвергся аверроистскому влиянию. Извлеченные им из комментариев Ибн-Рушда сведения о философии Аристотеля Фома «комментировал» в духе полной противоположности комментариям арабского мыслителя, не только не способствуя развитию материалистической тенденции Стагирита, но всячески «обезвреживая» его рационализм. Когда же аутентичный аверроизм проник в христианский мир и аверроистские комментарии Аристотеля стали достоянием прогрессивных французских философов, Фома, продолжая дело Альберта, со всей решительностью и непримиримостью выступил против этого учения.
В своей полемике с латинским аверроизмом Фома борется против истолкования Аристотеля Ибн-Рушдом. Он атакует аверроистскую интерпретацию перипатетики как фальшивую, изображая свою трактовку как достоверную. Тактика Фомы основывалась на противопоставлении аверроизма аристотелизму. В своей критике Сигера, резонно утверждает Г. В. Шевкина, «Фома заявляет, что целью данной его работы является показать, что аверроистская теория противоречит не только положениям христианской веры, но и принципам философии… Он стремится продемонстрировать полную противоположность аверроистской позиции… словам и мыслям Аристотеля…» (40, 305), уверяя, что Аверроэс был не столько перипатетиком, сколько исказителем (depravator) перипатетической философии.