После перехвата и расшифровки 30 января 1945 года ГУКР «СМЕРШ» НКО СССР радиограммы руководства Армии Крайовой о ее роспуске и об оставлении небольших законспирированных штабов и радиостанций была издана директива-циркуляр НКВД № 47/14 от 6 февраля 1945 года. Этой директивой нарком внутренних дел Берия предписывал уполномоченным НКВД СССР по 1-у Украинскому, 1-у, 2-у и 3-у Белорусским, 1-у Прибалтийскому фронту, ГУКР «СМЕРШ», НКВД и НКГБ УССР, БССР и ЛитССР усилить агентурно-оперативную и следственную разработку польского подполья, обратить особое внимание на вскрытие связей «аковцев» с германской разведкой. Знаменателен третий пункт директивы:
«3. Всех легализуемых участников белополъского националистического подполья направлять для проверки на фильтрационные пункты, которые вам необходимо создать по договоренности с командованием Войска Польского под видом запасных полков».
Под легализацией подразумевалась, по-видимому, явка и сдача оружия по призыву польских властей, обещавших безопасность тем, кто добровольно выйдет из подполья.
Приказ № 00315 НКВД СССР и ГУКР «СМЕРШ» НКО СССР от 18 апреля 1945 года пятым пунктом предписывал прекратить отправку в СССР лиц, арестованных в порядке очистки тылов действующих частей Красной Армии (кроме тех, кто подлежал направлению в лагеря для военнопленных, и отдельных арестованных, представляющих оперативный интерес). Восьмым пунктом того же приказа предписывалось провести в двухмесячный срок фильтрацию всех арестованных, вывезенных в лагеря НКВД. По результатам фильтрации прлагалось лиц, не являющихся шпионами, диверсантами, радистами, сотрудниками германских карательных органов, активными членами фашистских партий, переводить в рабочие батальоны, а больных и инвалидов — отправлять домой.
Циркуляр НКВД № 74/60 от 26 апреля 1945 года, дополняющий приказ № 00315, разъяснил, что поляки в аналогичных случаях (в отличие от немцев — не только больные и инвалиды, но и здоровье тоже) направляются не в рабочие батальоны, а организованным порядком домой. Для остающихся «более опасных» поляков (например, активных членов Армии Крайовой) предписывалось организовать в лагерях военнопленных и интернированных «отдельные лаготделения».
…Директива Ставки Верховного Главнокомандования от 3 августа 1944 года о разоружении отрядов Армии Крайовой, интернировании их офицерского состава и направлении рядового и младшего командного состава в запасные части польской армии под командованием Берлинга, две директивы штаба войск НКВД по охране тыла 3-го Белорусского фронта: от 20 июля 1944 года — о задержании лиц, принадлежавших к формированиям польского эмигрантского правительства, и от 24 августа 1944 года — о задержании отрядов Армии Крайовой, направляющихся к Варшаве (по-видимому, для участия в продолжавшемся Варшавском восстании).
В «особой папке» Сталина имеется довольно много сводок и докладов о широкомасштабных операциях по разоружению и ликвидации формирований Армии Крайовой, по аресту руководителей подполья на местах, массовому изъятию рядовых участников подполья и их отправке из Польши в лагеря на территории СССР (начиная с ноября 1944 года), однако пока не найдено ни одной ссылки на нормативные документы, служившие основанием для этих акций (кроме упомянутой августовской директивы Ставки в отношении руководящего состава). Может быть, такие материалы хранятся в архивных фондах органов военной контрразведки «СМЕРШ». Можно также предположить, что принципиальные решения оформились как постановления ГКО.