Президиум Верховного Совета СССР объявил о мобилизации всех военнообязанных 1905–1918 годов рождения. На базе управлений и войск приграничных военных округов были созданы Северный, Северо-Западный, Западный, Юго-Западный и Южный фронты. В дальнейшем создавались другие фронты, их число постоянно менялось.
Морские рубежи защищали Северный, Балтийский и Черноморские флоты. Для стратегического руководства вооруженными силами 23 июня 1941 года была создана Ставка Главнокомандования, или Ставка Верховного Главнокомандования. Ее рабочим органом стал Генеральный штаб.
Исходя из сложившейся обстановки, советское командование в конце июня приняло решение о переходе на всем советско-германском фронте к стратегической обороне. Перед войсками Первого стратегического эшелона была поставлена задача — подготовить на направлениях главных ударов противника систему эшелонированных оборонительных полос и рубежей и, опираясь на них, остановить врага и выиграть время для подготовки контрнаступления.
В первые дни войны руководство СССР выработало программу полной перестройки деятельности партийных и государственных органов в соответствии с задачами по мобилизации всех сил на борьбу с врагом, которая была изложена в Директиве СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 29 июня 1941 года партийным и советским организациям прифронтовых областей. В целях усиления фронта и тыла вся полнота власти в стране сосредотачивалась в руках образованного 30 июня 1941 года Государственного Комитета Обороны (ГКО) в составе: И. В. Сталина (председатель), В. М. Молотова (заместитель председателя), К. Е. Ворошилова, Г. М. Маленкова, Л. П. Берии. В феврале 1942 года в ГКО дополнительно были введены А. И. Микоян, И. А. Вознесенский, Л. М. Каганович.
Положения Директивы были изложены в выступлении Сталина по радио 3 июля 1941 года. Постановления ГКО были обязательными для партийных, советских, профсоюзных, комсомольских организаций и военных органов. И конечно для всех граждан СССР.
23 июня был введен в действие мобилизационный план по производству боеприпасов, 30 июня утвержден мобилизационный народно-хозяйственный план на III квартал 1941 года. В связи с угрозой важным экономическим районам на западе и юге страны потребовалось немедленно переместить промышленные предприятия на Урал, в Сибирь, Поволжье, Среднюю Азию. 24 июня был образован Совет по эвакуации при СНК СССР во главе с Н. М. Шверником.
В восточные районы во второй половине 1941 года было перебазировано оборудование около 2,6 тысяч промышленных предприятий. В том числе — 1,5 тысячи очень крупных. Эвакуировано около 30 % рабочих, инженеров и техников.
Одновременно в тыл вывезли запасы зерна и продовольствия, десятки тысяч тракторов, сельхозмашин и прочей техники.
Колхозы и совхозы восточных районов страны во втором полугодии 1941 года приняли около 2,4 миллиона голов скота, перемещенного из прифронтовой полосы. В глубь страны были эвакуированы сотни научных институтов, лабораторий, школ, библиотек, а также уникальные произведения искусства из музеев Москвы, Ленинграда, Киева и других городов. Организовывалось народное ополчение.
В тылу развернулось формирование новых соединений. 10 июля в целях приближения стратегического руководства к войскам были созданы Главнокомандования войск Северо-Западного, Западного и Юго-Западного направлений. Для улучшения материального обеспечения войск действующей армии решением ГКО от 28 июля 1941 года учреждены Главное управление тыла и должность начальника тыла Красной армии (генерал-лейтенант А. В. Хрулёв).
В конце июня 1941 года было принято решение о массовой мобилизации коммунистов и комсомольцев на фронт. На основании решения Политбюро ЦК ВКП(б) Президиум ВС СССР 16 июля 1941 года принял постановление «О реорганизации органов политической пропаганды и введении института военных комиссаров в Рабоче-Крестьянской Красной армии», которое 20 июля было распространено и на ВМФ.
18 июля ЦК ВКП(б) принял постановление «Об организации борьбы в тылу германских войск». Оно обязывало республиканские, областные и районные комитеты партии развернуть в тылу врага сеть подпольных партийных организаций, возглавить действия партизанских отрядов, диверсионных групп, боевых дружин. С 17 сентября 1941 года было введено всеобщее обязательное обучение населения военному делу, которым было охвачено свыше 9,8 миллионов человек.
Летом и осенью 1941 года на фронтах шли ожесточенные бои. На северо-западном направлении противнику удалось выйти на ближние подступы к Ленинграду и перерезать сухопутные коммуникации, связывавшие город со страной.