Отрицательные стороны иосифлянства связаны со все же понятным после свержения татарского ига национализмом Иосифа. Создавая свое учение о христианской власти, он, думается, почти физически осязал его как драгоценную ткань на могучих царских плечах. Для Иосифа неоспоримо, что царь получает свою власть непосредственно от Бога, что цари только по своей природе человекоподобны, а по своему призванию и духовному бытию — богоподобны. Н.Н.Алексеев даже допускает, что, по мнению Иосифа, московские властители сами боги или их сыновья. Главною задачей православного царя является защита чистоты вероучения и борьба против ересей, допускающая в крайнем случае даже и применение инквизиционных приемов, забота о подданных, не смеющая ограничиваться всего только устроением их хозяйственной жизни; высшая задача царя заботиться о твердости веры ради спасения душ; для достижения этой высокой цели ему доверяется полная власть над жизнью и смертью своих подданных. Теоретически эта жуткая по своей последовательности кесаро-папистская концепция смягчается требованием безоговорочного послушания царя воле Божией. Несправедливого и строптивого царя Иосиф Волоцкий за царя не признавал: «Таковой царь, — поучает он, — не Божий слуга, но дьявол и мучитель».
Г. Флоровский так решительно подчеркивает эту сторону иосифлянства, что сближает Иосифа с монархомахами. Практически эти высокие требования Иосифа никакой роли, однако, играть не могли, так как проверка того, подлинно ли царь исполняет волю Божию, была невозможна.
Если не ошибаюсь, Бердяев первый, правда, мимоходом, как это он часто делал, бросил мысль, что за большевизмом стоит идея третьего Рима. Федотов в своей статье «Россия и свобода» в известном смысле присоединяется к этому мнению. С легкой руки религиозных мыслителей эту тему адаптировали социал-демократы Р. А. Абрамович, С. М. Шварц, Б. И. Николаевский, Е. Юрьевский и использовали ее в интересах защиты дорогого их сердцу марксизма от «азиатского социализма» большевиков (Каутский).
С опровержением этих авторов выступил Н. И. Ульянов. В большой обстоятельной статье он подтвердил известную истину, что учение инока Филофея о Москве как о третьем Риме не имело ничего общего с националистическим посягательством на завоевание мира, что, связанное с ожиданием конца мира, оно было ему внушено заботою о духовном состоянии русского народа и носило скорее эсхатологический, чем империалистический характер. На тот же источник послания Филофея Великому Князю указывает и Карташев: «Времена, — пишет он, — были исключительные, летописец указывает на близость конца семитысячелетия и наступления последних времен антихриста. К этому присоединяется измена православной вере на Флорентийском соборе 1439 г. Все это потрясает Москву, все поняли, что таинство мирового правопреемства на охрану чистого православия до скорой кончины века отныне незримо перешло с павшего второго Рима на Москву». Так Москва становится, даже и в народной душе, мистическим центром мира: «Еще не сбросив с себя окончательного ига орды, — восхищается Карташев, — без школ и университетов, не сменив еще лаптей на сапоги, народ сумел вместить духовное бремя и всемирную перспективу Рима...» Таков путь, на котором тема третьего Рима становится официальной государственной идеологией. В сложном процессе этого становления, т.е. в превращении эсхатологического чаяния Филофея в государственную идеологию Москвы, центральная роль принадлежала Иосифу. Ульянов правильно отмечает, что проповеди насильственного подавления чужих верований у инока Филофея нет, но в том-то и дело, что у Иосифа Волоцкого оно выдвигается чуть ли не на первое место, и не только в теории, но главным образом на практике. Достаточно вспомнить сожжение еретиков в Москве и Новгороде после победы Иосифа над Нилом Сорским на соборе 1504 г.