Вскоре со Стойко приключилась беда «страшнее и горше первой». Ничего не подозревая, он обвенчал с кем-то в Карнобате христианскую девушку, дочь сельского чорбаджия Ювана Кованджиоглу, которая была облюбована местным «султаном» Ахмет Гераем для своего гарема. Разгневанный «султан», случайно встретивший Стойко на дороге из села Костен, чуть было не повесил его на придорожной вербе, угрожая ему ружьем и пистолетом. Стойко спасло только его клятвенное обещание незамедлительно развести новобрачных. По прошествии года Стойко оставил Карнобат и ушел в село Карабунар, а через год он отправился к своим детям в село Арбанаси в окрестностях Тырново.
Это посещение Стойко села Арбанаси в марте 1794 г. придало совершенно неожиданный оборот всей его жизни. Тырновский митрополит — грек Матфей решил предложить вакантную и обнищавшую Врачанскую епархию болгарскому священнику Стойко в расчете на денежный выкуп. После некоторых колебаний Стойко принял предложение Матфея и согласился на выплату непомерно большого выкупа в размере 27 500 грошей, достаточного для покупки 11 000 овец. Эту сумму Стойко надеялся возместить из будущих доходов со своей епархии. Впоследствии он не без горькой иронии вспоминал о том, как хитро провел («габосал») его лукавый Матфей.. Стойко был рукоположен в епископы 17 сентября 1794 г. в Тырново и стал именоваться Софронием по монашескому своему имени. В течение трех месяцев оставался в Арбанаси до получения утверждавших его в новом сане и должности патриаршей грамоты из Константинополя и султанского указа. В декабре 1794 г., в лютую стужу и снег, Софроний смог отправиться наконец в свою епархию в надежде быть во Враце на праздник рождества (25 декабря).
Достигнув города Плевена, Софроний был смущен вестью о столкновении мятежного видинского феодала Пазвандоглу с его двумя местными противниками и о военных событиях во врачанских селах. Тем не менее Софроний и его спутники, сопровождаемые стражем-турком, достигли благополучно Врацы, при входе в которую были встречены вооруженными врацкими жителями. Убогий вид епископского дома, похожего на тюрьму, удручил Софрония. Но радостный прием, оказанный Софронию болгарами, никогда не слышавшими проповеди на родном языке и видевшими в нем «некоего философа», вдохнул в него силы и бодрость. Обойдя Врачанский округ для сбора церковной подати, Софроний намеревался собрать ее и в Плевене. Однако вспыхнувшая там распря из-за главенства между двумя мелкими феодалами-турками заставила его отправиться ради безопасности в Арбанаси. В епархии появилась «божиим попущением» чума, и Софроний вынужден был провести в Арбанаси «в страхе смертном» четыре месяца. Счастливая случайность избавила его от заражения чумой, которую он мог получить от поцеловавшего ему руку заболевшего священника.
Годы 1796—1798 оказались для Софрония особенно тревожными и скитальческими. Это были годы осады войсками румелийского Мустафа-паши крепости Видина, которую захватил и оборонял Пазвандоглу. В 1797 г. отряды Пазвандоглу и кырджалиев напали на Врацу, что принудило Софрония ночью бежать в придунайское местечко Рахово (Раховец). Оттуда более спокойным путем он пошел в Арбанаси и, дождавшись там ухода кырджалиев из Врачанской епархии, к осени 1797 г. вернулся во Врацу. Передвижения правительственных войск во главе с капуданом-пашой Хаджи Мустафой, направленных для борьбы с Пазвандоглу, заставили однажды Софрония искать спасения в овчарне и темной январской ночью 1798 г. лесом пробираться в Тетевен.