В том же 1798 г. Арбанаси подверглось нападению кырджалиев из войск капудана-паши Хюсейна, шедших на Видин. Разграблен был и дом Софрония вместе с его «бумагами». Его сын, невестка и внуки спаслись бегством в Котел, а оттуда перешли в придунайский город Свиштов, где Софроний застал их раздетыми и разутыми.
Только в августе 1798 г. Софроний смог попасть во Врачанскую епархию для сбора подати по селам, которые подверглись грабежу турок-делибашей. В конце октября Софроний добрался до Врацы. Но при известии о походе на Врацу войск Али-паши глубокой ночью он снова пустился в путь в поисках убежища в Черепишском монастыре. Монастырь оказался пустым, и Софроний нашел приют в горах в пещере (называемой и поныне Софрониевой), в которой вместе с бежавшими из монастыря монахами прожил более трех недель. Затем по труднопроходимой дороге Софроний двинулся дальше — в монастырь «Семь престолов» Софийской епархии, откуда через две недели направился в свою епархию, преодолев расстояние до Врацы, равное десяти часам обычного пути, за три дня (из-за глубокого снега). Там ему посчастливилось прожить спокойно десяток дней. Однако мирное его житие было нарушено приходом десяти дружин албанцев, занявших все дома, в том числе и епископский. В поисках более надежного жилища Софроний пошел к «татар-аге» — начальнику почтарей-татар, принявшему его по надетой им зеленой шапке-чалме за врача.
На общем невеселом фоне «Жития» этот эпизод описан Софронием с живым юмором. Софроний снова пустился на хитрость: он закутал голову шерстяным платком по татарскому обычаю и с кнутом в руке вышел из городских ворот, выдав себя за татарина. С трудом Софроний со спутниками добрел до Карлуковского монастыря, где отпраздновал рождество 1798 г. Но так как и в нем стало небезопасно от бежавших из войска турок, Софроний надумал пробраться снова в Тетевен, а оттуда в феврале 1799 г. он с трудом прошел путь до Плевена. Вскоре в город нагрянули делибаши Гюрджи-паши. И вот он, шестидесятилетний православный епископ, решился прибегнуть к покровительству старшей жены турка, спрятавшей его в гареме. «Не потому, что некое я зло сделал, а потому что имя мое большое — владыка. А паши — грабители, коли схватят меня, и десятью кошелями не откупиться! А у меня при себе нет и ста грошей!» — смущенно пояснял Софроний. Ситуация, поражающая как значительной долей трагикомизма, так и подлинной человечностью, сплачивавшей простых людей — христиан и мусульман перед лицом опасности. В гареме Софроний прожил двадцать шесть дней великого поста, питаясь кукурузным хлебом и квашеной капустой, «потому что турок тот был бедняк». Дождавшись ухода турецких войск, Софроний пошел в дом своего эпитропа, ведавшего церковным хозяйством. Но через три дня пришла весть о приближавшихся к городу кырджалиях. На этот раз Софроний укрылся за каменными стенами городского караван-сарая, обороняемого вооруженными турками.
Счастье улыбнулось Софронию, и на пасху 1799 г. ему удалось даже отслужить праздничную литургию. Но в тот же день Плевен был наводнен гайдуками Пазвандоглу, Софронию пришлось жить с ними в одном доме, закрываясь башлыком и выдавая себя за писца — «язаджи». «Не мог я ни прочитать что-либо, ни молитву сотворить», — вспоминал он. Софроний бежал во Врацу, по пути в которую он с тремя спутниками ночью в утлой ладье переплыл реку Искыр. Во Враце Софроний прожил до конца октября 1799 г. В октябре он вновь направился в Плевен, где получил от священников собранную подать. Почувствовав опасность от снова собиравшихся в Плевен гайдуков Пазвандоглу, Софроний в начале декабря двинулся в Никополь на правом берегу Дуная. Приближение к Никополю кырджалиев Гявур-имама ускорило уход Софрония в валашский город Зимнич, расположенный на левом берегу Дуная, куда он перешел по проламывающемуся льду и едва не замерз на голой равнине Валашской земли.
В Зимниче у Софрония «денег на прожитье не стало», а ему еще нужно было вносить подать в митрополию. Поэтому пришлось ему подумать о возвращении. Но в это время обстановка в Румелии стала меняться. Талантливый полководец и политик Пазвандоглу вышел победителем из борьбы с правительственными войсками. В 1799 г он был официально признан правителем Видинского округа и получил от султана титул паши. Задумав сменить видинского митрополита, Пазвандоглу принял на эту должность игумена из Валахии Каллиника, который был давним знакомцем Софрония. До получения патриаршего утверждения на митрополичьей кафедре Каллиник нуждался в епископе, который мог бы временно исполнять его обязанности. Поэтому, когда Софроний обратился к Каллинику с просьбой получить для него от Пазвандоглу разрешение на возвращение в епархию для сбора подати, Каллиник добился этого, но затем пригласил его в Видин на короткое время для совершения богослужения. Однако по прошествии срока Софроний был задержан пашой в Видине по проискам Каллиника. За время этого пленения Софронию пришлось претерпеть много страданий и унижений от властного Каллиника, обращавшегося с ним как со слугой. После официального поставления Каллиника в митрополиты, совершившегося в Бухаресте в апреле 1803 г., осенью того же года Софроний смог оставить Видин и уйти в Валахию, в Крайову, так как его Врачанская епархия все еще была во власти кырджалиев.