И, отвечая настоятельной потребности сердца, Софья Васильевна задумала возложить венок на самую дорогую среди множества могил — на могилу Н. Г. Чернышевского, написав повесть «Нигилист».
«…Теперь я заканчиваю еще одну новеллу, — сообщала она Марии Янковской, — которая, надеюсь, заинтересует тебя. Путеводной нитью ее является история Чернышевского, но я изменила фамилии для большей свободы в подробностях, а также и потому, что мне хотелось написать ее так, чтобы и филистеры читали ее с волнением и интересом. Я окончу ее через несколько дней, и если ты пожелаешь перевести ее на французский язык, то я пришлю тебе рукопись».
С нескрываемой преданностью показала Софья Васильевна под именем Михаила Гавриловича Чернова — Н. Г. Чернышевского — обаятельный облик, благородство, глубокий ум и большое литературное искусство вождя революционных демократов.
«…Вообще в те редкие случаи, когда Михаил Гаврилович вступал в разговор, — писала Ковалевская, — он тотчас овладевал всей беседой и подчинял себе всех слушателей. Красноречие у него было какое-то особенное, совсем не цветистое: он никогда не искал фраз, слов, и доводы являлись сразу и становились в ряды, как хорошо дисциплинированные солдаты, причем у слушателей обыкновенно являлось приятное самообольщение, что мысль Михаила Гавриловича стала им ясна сама собой, прежде чем он успел ее развить. Несмотря на обычную сдержанность Чернова, молодежь его обожала, и личное его влияние равнялось почти влиянию его журнальных статей».
Ковалевская запомнила рассказы о Чернышевском его двоюродных брата и сестры — А. Н. Пыпина и П. Н. Фандер Флит, жены — Ольги Сократовны, сыновей — Михаила и Александра, доктора П. И. Бокова и других. По этим воспоминаниям она смогла восстановить атмосферу, царившую в «Современнике».
«…Разговор в кабинете, — рассказывала она об одном из очередных собраний в редакции, — был очень оживленный, и, как следовало ожидать, предмет беседы составлял новорожденный, в честь которого собрались сегодня: новая книжка журнала. Все присутствовавшие уже успели просмотреть ее, и все были согласны, что этот номер по составу своему был даже удачнее прежних». Ковалевская описывает содержание литературного отдела: первая глава повести Слепцова казалась, по ее словам, выхваченной прямо из современной жизни; новая поэма Некрасова так и забирала за живое. Даже переводная часть, и та была интересна: печатался новый роман Шпильгагена «От мрака к свету», способный задеть в душе русского читателя живые струны. Но не в литературном отделе, однако, была главная сила: интерес был весь сосредоточен на внутреннем обозрении.
«И вот тут-то Чернов превзошел себя. Его статья «Логика истории» — это такая прелесть, такая гениальная вещь, равной которой давно не появлялось у нас в России. Да, она расшевелит умы, заставит людей подумать и помыслить!» — восклицает автор повести. И описывает Чернышевского-литератора. С восторженным удивлением Ковалевская говорит о его способности все сказать: коснуться самых жгучих современных вопросов, высказать все, что лежит на сердце у молодежи, доказать не только законность ее надежд и ожиданий, но и неизбежность их существования; и сказать все это так, что цензура ни к чему и придраться не может. «А статья, — пишет Ковалевская, — по-видимому, не что иное, как панегирик правительственным мерам: она вся пересыпана восхвалением царя. Чернов все время имеет вид, как будто он говорит не свои слова, а только развивает царскую мысль, только поясняет смысл и значение недавнего переворота — эмансипации крестьян — и показывает последствия, долженствующие проистечь из него неизбежно, неотвратимо, в силу неопровержимой исторической логики. После всякого существенного, внезапного переворота в судьбе народа status quo немыслимо. Должно произойти одно из двух: либо силы, вызвавшие переворот, продолжают действовать, и тогда одна реформа неизбежно влечет за собой другую, либо наступает ретроградное движение, реакция. Но эта последняя может быть вызвана лишь противной партией, а не тем правительством, которое само произвело переворот этот и должно неизбежно стремиться и к развитию всех последствий. Уничтожить, затормозить можно только путем новой революции. И вот на основании этих логических доводов Чернов развивал картину будущей России: полная автономия Польши и Финляндии, земля в руках народа и русский народ, свободно высказывающий свою волю и беседующий с царем при посредстве земских соборов. Вот что увидит Россия в день своего тысячелетия, которое она через два года собирается праздновать».