Квартира всех не вместила. Ковалевскому пришлось найти себе комнату неподалеку. Первое время Софья Васильевна часто навещала его, проводила у него целые дни, иногда они и гуляли вдвоем. Анюта и Жанна возмущались и заявляли, что раз брак Ковалевских фиктивный, не следует допускать подобную интимность, словно брак настоящий. Они очень нелюбезно обходились с Владимиром Онуфриевичем, между ними все чаще происходили мелкие, возмущавшие его стычки, которые отражались и на его чувстве к Софье Васильевне. Несправедливое отношение Анны Васильевны к нему, выполнявшему договор с Софьей Васильевной о том, что семью они начнут строить лишь после окончания занятий наукой, вызвало в нем гнев. Он даже перестал заниматься математикой и написал брату, что «не способен к математике; это закрывает дорогу к серьезной физике; придется налечь больше на химическую и палеонтологическую часть геологии». В конце концов, потеряв терпение, Ковалевский решил уехать в Вюрцберг. К этому времени он прослушал все лекции, какие были нужны, и ему незачем было оставаться в Гейдельберге.
Из Вюрцберга, не найдя там ничего интересного для себя, он отправился в Мюнхен, где находился самый крупный в Европе палеонтологический музей, и погрузился в печатные труды по геологии и палеонтологии, изучал обширные коллекции ископаемых, совершал геологические походы. Вскоре он, как метеор, носился по городам Европы, доводя Софью Васильевну до головокружения одним перечнем мест, где побывал… без нее!
А ведь они собирались быть всегда вместе, делить все радости и горести. Он, ее брат по духу, обещал входить в научные интересы своей «сестры», заниматься математикой. Он был ей нужен каждый день, каждый час. Она не в состоянии работать, если возле нее нет близкого человека, которому можно излагать свои мысли. Способна же она на полное забвение себя для друзей? Но она требует такого же, исключающего другие привязанности, чувства. Как мог Владимир Онуфриевич выразить подобное пренебрежение к своему лучшему другу? Она затаила в душе большую обиду на Ковалевского, но часто писала ему письма, даже ездила на каникулы в Мюнхен «потолковать и помечтать» с ним. У нее была потребность поделиться с «братом» радостями. Горести она уже и тогда держала про себя.
Жилось студенткам нелегко. Хотя Анюта и уехала вскоре снова в Париж, Софья Васильевна делилась с ней теми деньгами, какие высылал отец. Юлии Лермонтовой и Жанне Евреиновой родители переводили «пенсию» с перебоями. Да и «женская коммуна» Ковалевской пополнилась: из Москвы приехала учиться математике двоюродная сестра Софьи Васильевны Наталья Александровна Армфельд. Но для нуждающегося Александра Онуфриевича по просьбе Ковалевского студентки собрали сто франков.
Софья Васильевна не оставляла своих планов привлечь других русских девушек в заграничные учебные заведения.
В это время она старалась уговорить учиться родственницу Юлии — Ольгу Лермонтову. Сообщая об этом Владимиру Онуфриевичу, Софья Васильевна не удержалась, чтобы не коснуться начинавших занимать ее вопросов: «Жизнь ее (Ольги) самая невеселая с детства, а это последнее время к другим огорчениям присоединились еще страдания более нежного свойства; хотя к подобным страданиям я не чувствую особого сочувствия, — писала она, — но я отлично понимаю, что когда в жизни вообще не встречаешь никакой другой удачи и не имеешь никакого другого интереса, то и они могут еще подбавить значительную долю горечи».
Ей, казалось, это пока не угрожало: жизнь была наполнена до краев научными интересами, а долг — прежде всего… Так прошла зима. В пасхальные каникулы Софья Васильевна решила навестить сестру.
С легким чемоданчиком в руках отправилась она в Париж, думая об Анюте, о ее делах. Вскоре показались крепостные валы; поезд с шумом подошел к Страсбургскому вокзалу. В окно Софья Васильевна заметила на платформе Анюту, еще более похорошевшую, выбежала из вагона, и сестры крепко обнялись, засыпая друг друга вопросами. Но только направились они к выходу, вдруг подошел молодой, очень красивый мужчина среднего роста, с темной бородкой Анюта вспыхнула, смущенно схватила Софью Васильевну за руку и пробормотала: