Тем временем из жизни уходили близкие семье люди. Следом за Дьяковым этот мир покинул Иван Иванович Раевский, хозяин Бегичевки. На Плющихе умирал Фет, и Софья не раз проведывала его. Умирал он мучительно, дышал кислородом из какого‑то мешка. Но дух его по — прежнему оставался бодрым. Фет вспоминал «Смерть Ивана Ильича», как здоровый мужик сидел с умирающим барином, держал ему ноги, и тому было легче… Кто такую вещь написал, тот не просто человек, а громадина, говорил он ей. Перечитывал «Войну и мир», уже не осуждая умирающего князя Андрея за то, что он так сурово отнесся к Наташе. Как верно! Когда человек умирает, то и любовь его умирает.
Однажды у постели умирающего Фета Софья застала сконфуженного сотрудника «Московских ведомостей», в которых была затеяна очень некрасивая история по обвинению Льва Толстого в «революционном заговоре». Это стало толчком к началу травли мужа со стороны правительства и Синода. Победоносцев сообщил государю, что Толстой написал «безумную» статью с политической подкладкой, чтобы мутить народу головы своими фантазиями. Софья была в ужасе, узнав, что в «Московских ведомостях» представили мужа революционером, якобы призывавшим народ к свержению существующего строя. Пошли разговоры о необходимости изолировать Лёвочку, заключив его в Суздальский монастырь или сослав в Сибирь. Начались аресты единомышленников Толстого, «антихристовых людей». Софья собралась написать гневное письмо министру внутренних дел о злонамеренных и лживых проделках редакции газеты. Эта история стоила ей многих бессонных ночей. Между тем уже поступил приказ из Главного управления по делам печати о запрете статей мужа. Софья поняла, что нужна статья о работе на голоде, написанная эмоционально, с большим чувством, как Лёвочка умел прежде, но только без тенденциозного задора, и что опубликовать эту статью под именем Татьяны Толстой. Деятельность мужа теперь была под контролем, в Бегичевку прибыл исправник с проверкой, приехали два священника, командированные архиереем.
В Петербурге не на шутку взволновалась Александрин Толстая. Узнав об опасности, которой мог подвергнуться Лев Николаевич, она употребила все свое влияние при дворе, чтобы отвести от него беду. Она попросила аудиенции у государя, но он сам пришел к ней. Александра Андреевна рассказала ему о подготовленном в правительстве решении заточить самого гениального человека России в монастырь или выслать его за границу. Поняв, в чем дело, государь распорядился оставить Толстого в покое.
Софья тоже не сидела сложа руки. Узнав о невиданной популярности номеров «Московских ведомостей», где порочили имя ее мужа (за один номер предлагали до 25 рублей), она обратилась к великому князю Сергею Александровичу с просьбой, чтобы в той же газете появилось опровержение. Князь ответил, что будет лучше, если это сделает сам Лев Николаевич. Муж просил Софью не волноваться из‑за глупых и пустых толков в «Московских ведомостях». Тем не менее он все‑таки написал опровержение, просил только об одном, чтобы она ничего не исправляла и не приписывала от себя. А сам в это время продолжал открывать десятки столовых разных типов, в том числе детских, а через ранее открытые уже прошло более пятидесяти тысяч человек. Лёвочка давал крестьянам работу, они плели лапти, шили одежду из холста, заготавливали сено. Сам муж раздавал дрова, лен, лыко для работы, семена и картофель для посадок. Американцы на его призыв о помощи прислали два вагона муки.