Тем временем недобрая молва о романе «Воскресение» не выходила у Софьи из головы. Многое в этом сочинении настораживало ее. Ей не нравилось описание обедни, а также странное отношение автора к причастию. Но она по — прежнему продолжала старательно заниматься корректурой «Воскресения». 22 февраля 1901 года состоялось заседание Синода, на котором ее мужа обвинили во всех грехах, объявили еретиком и богохульником, отпавшим от православной церкви. Об этом было опубликовано 24 февраля в «Церковных ведомостях». Лёвочка воспринял это известие с полным равнодушием.
А внутри Софьи все просто закипело от возмутительного вердикта Синода. Она была оскорблена, возмущена и, обдумав ответ, написала два письма. Первое было адресовано Победоносцеву, который, как помнила Софья, прежде высказывался гораздо осторожнее, считая, что нельзя лишать Толстого церковных похорон, потому что никому не дано знать, что может произойти в душе умирающего за две минуты до смерти. До возвращения мужа с прогулки она успела отправить письмо с почтой. Второе письмо, черновик которого Софья зачитала мужу, предназначалось митрополиту Антонию: «Прочитав вчера в газетах жестокое распоряжение Синода об отлучении от Церкви мужа моего, графа Льва Николаевича Толстого, и увидев в числе подписей пастырей Церкви и Вашу подпись, я не могла остаться к этому вполне равнодушна. Горестному негодованию моему нет пределов. И не с точки зрения того, что от этой бумаги духовно погибнет муж мой: это не дело людей, а дело Божье. Жизнь души человеческой с религиозной точки зрения никому, кроме Бога, не ведома и, к счастью, не подвластна. Но с точки зрения той Церкви, к которой я принадлежу и от которой никогда не отступлю, которая создана Христом для благословения именем Божьим всех значительнейших моментов человеческой жизни: рождений, браков, смертей, горестей и радостей людских… которая громко должна провозглашать закон любви, всепрощения, любовь к врагам, к ненавидящим нас, молиться за всех, — с этой точки зрения для меня непостижимо распоряжение Синода. Оно вызовет не сочувствие… а негодование в людях и большую любовь и сочувствие Льву Николаевичу. Уже мы получаем такие изъявления, и им не будет конца, со всего мира.
Не могу не помянуть еще о горе, испытанном мной от той бессмыслицы, о которой я слышала раньше, а именно: о секретном распоряжении Синода священникам не отпевать в церкви Льва Николаевича в случае его смерти. Кого же хотят наказывать? Умершего, ничего не чувствующего уже человека или окружающих его, верующих и близких ему людей? Если это угроза, то кому и чему? Неужели для того, чтобы отпевать моего мужа и молиться за него в церкви, я не найду или такого порядочного священника, который не побоится людей перед настоящим богом любви, или непорядочного, которого я подкуплю большими деньгами для этой цели? Но мне этого и не нужно. Для меня Церковь есть понятие отвлеченное, и служителями ее я признаю только тех, кто истинно понимает значение Церкви. Если же признать церковью людей, дерзающих своей злобой нарушать высший закон — любовь Христа, то давно бы все мы, истинно верующие и посещающие церковь, ушли бы от нее.
И виновны в грешных отступлениях от Церкви не заблудившиеся люди, а те, которые гордо признали себя во главе ее и вместо любви, смирения и всепрощения стали духовными палачами тех, кого вернее простит Бог за их смиренную, полную отречения от земных благ, любви и помощи людям жизнь, хотя и вне Церкви, чем носящих бриллиантовые митры и звезды, но карающих и отлучающих от церкви пастырей ее.