В декабре 1903 года Лёвочка заболел, и она подумала, что Бог не захотел продлять его жизнь из‑за сочиненной им легенды о дьяволе. А доктор Никитин уверял, что это очередной приступ малярии. Софья досадовала на судьбу, что из‑за болезни мужа не попадет на концерт Никита, о чем так мечтала. Но потом жалость к мужу одержала верх. Однажды он, полушутя, сказал ей: «Ангел смерти приходил за мной, но Бог отозвал его к другим делам. Теперь он отделался и опять пришел за мной». Слушая мужа, она успокаивала его, брала его голову обеими руками и нежно целовала. Ему становилось чуть лучше, и он говорил немного сконфуженно: «Боюсь, что долго вас промучаю». А Софья в это время думала о том, что никогда за долгие годы супружества не имела сил идти против Лёвочки, потому что и по уму, и по возрасту, и по имущественному положению она находилась под властью мужа. Поэтому утешалась музыкой, но исполнение своего долга по уходу за мужем было гораздо важнее. Жажда жизни у Лёвочки оказалась сильнее недуга, и он уже стал готовиться к 75–летнему юбилею, который слегка «щекотал» его тщеславие, но с этой «глупостью» он справился достаточно быстро и легко.
В 1904 году мартиролог Софьи пополнился еще двумя именами очень близких и дорогих ей людей. Так, 1 апреля скончалась Александрин Толстая, которой было уже под девяносто лет, а 23 августа ушел из жизни ее деверь Сергей Николаевич Толстой. В этом же году отправился на Русско — японскую войну сын Андрей, которого она проводила до Тамбова. Софья очень тяжело перенесла развод сына и его второй брак с Екатериной Арцимович, бывшей губернаторшей, бросившей ради Андрея шестерых детей. Лёвочка очень боялся, что сын скоро разведется и со второй женой. Андрей воевал на Дальнем Востоке около четырех месяцев, был контужен, награжден Георгиевским крестом и вернулся домой.
Самым радостным событием, случившимся в их семье за последнее время, было конечно же рождение девочки у дочери Тани 6 ноября 1905 года. После многочисленных неудачных беременностей Таня долго и упорно лечилась у швейцарского профессора, «посадившего» ее на «макаронную» диету, состоявшую исключительно из молочной и мучной пищи. В первый раз ей удалось перейти роковую черту седьмого месяца беременности и благополучно доносить своего ребенка. Теперь вся толстовская семья называла долгожданного ребенка Татьяной Татьяновной. С ее появлением Лёвочка стал дедом аж пятнадцати внуков, среди которых были и двойняшки.
Было много и других событий, которые не сбросишь со счетов. Так, недавно скончалась от чахотки невестка Маня, жена старшего сына Сергея. Но он снова женился, теперь на графине Марии Зубовой, которую все хорошо знали. Софья считала, что она больше подходила ее сыну, а значит, его жизнь станет счастливее. Правительство ненадолго разрешило «злодею» Черткову приехать в Россию, чтобы повидаться с матерью. Софья была уверена, что встреча с матерью — всего лишь повод, а истинная причина заключалась в другом, в том, чтобы увидеть Лёвочку. Она нервничала из‑за этого, была очень раздражена и потому не могла удержаться, когда узнала об очередной порубке леса крестьянами, за что тотчас привлекла виновных к судебной ответственности. Крестьянам грозила тюрьма. Из‑за этого у Софьи серьезно обострились отношения с мужем. Он хотел уйти из Ясной Поляны, но помешали обстоятельства. Софья не на шутку захворала. Она всегда расходилась с мужем в отношении к «третьему возрасту», то есть к старости. Он убеждал жену, что старость самый прелестный возраст, но она думала иначе. Ей казалось, что в старости все скверно. Ее день рождения, 22 августа 1906 года, прошел незамеченным. Софью никто не поздравил. Утром этого дня она заболела страшной кишечной невралгией. Душан Петрович Маковидкий, их домашний врач, сделал ей три подкожных впрыскивания атропина. Самочувствие Софьи было ужасным, Лёвочка перепугался и постоянно заходил к ней. Теперь пришло время ему ухаживать за женой. Болезнь давала о себе знать и раньше, еще в июле 1905 года. Она вспоминала, как однажды, когда была в магазине Мюра, почувствовала адскую боль в левом боку, тогда еле сдержалась, а потом слегла на восемь дней. Два гинеколога лечили ее и, казалось, избавили от недуга. Но болезнь просто отступила, коварно притаилась, чтобы спустя время дать о себе знать.