По своей природе БТП — гигантский антициклон, вытянутый в долготном направлении. Расположенный в южном полушарии, он вращался против часовой стрелки и завершал один оборот за 16 земных суток (значительно дольше, чем на Юпитере). Антициклоническое движение БТП примерно соответствовало разности скоростей зональных течений с его северной и южной сторон, которые, обтекая, как бы вращали его. К тому же, Большое Темное Пятно уплывало к западу со скоростью 325 м/с.
БТП — зона повышенных давления и температуры. Но при наблюдении поля теплового излучения планеты БТП ничем не выделяется, в то время как Красное Пятно Юпитера хорошо видно на тепловых картах. Над центром Большого Темного Пятна порой появлялись яркие белые облака, которые висят высоко в прозрачной надоблачной атмосфере. Высоту белых облаков — от 50 до 100 км. — удалось найти по положению их теней на основном облачном слое. В отличие от БКП Юпитера, пятно на Нептуне имело ровное очертание. Над южным краем БТП постоянно присутствовал массив белых облаков, подобный облакам над горными вершинами Земли. По аналогии с горными облаками можно утверждать, что здесь имелись мощные восходящие потоки. На рис. видна широкая облачная полоса, появившаяся 21 августа 1989 г. над БТП. Она как бы разрезала пятно пополам.
Несмотря на все сходство БТП Нептуна с БКП Юпитера, время их существования несопоставимо: всего через полтора-два года БТП, по-видимому, исчезло. Следы его не обнаруживаются даже самыми изощренными средствами наземной астрономии. Зато появились другие подобные объекты.
Изучение метеорологических явлений на Нептуне оказалось сложным делом. Предсказанные для повторных наблюдений положения некоторых метеорологических объектов сплошь и рядом не оправдывались. Зачастую через сутки они оказывались на другой широте, а то и вовсе исчезали. Многие из деталей, по движению которых определялась динамика атмосферы, оказались «метеорологическими миражами»: через несколько часов они куда-то бесследно пропадали. Но и сравнительно крупные детали, которые наблюдались постоянно, тоже вызывали трудности в предсказании их положения. Второе по размерам темное пятно всего за одну неделю сместилось на 2000 км. к северу. При этом его период возрос на 30 мин. Светлое образование, получившее прозвище «скутер», отличалось особенно быстрым движением и за короткое время несколько раз изменяло свою форму.
Скорости движений в атмосфере Нептуна огромны. По отношению к самой вращающейся планете некоторые объекты смещаются на 2200 км. за 1 ч. По скорости ветров Нептун превосходит даже Сатурн. Уникальная особенность атмосферы Нептуна — движение атмосферы направлено к западу относительно вращающейся к востоку планеты. Но скорость вращения планеты настолько высока (2,7 км/с на экваторе), что результирующая скорость атмосферы всегда остается направленной к востоку. Иными словами, поскольку сверхураганные ветры дуют в сторону, обратную направлению вращения планеты, период вращения, найденный по движению облаков, получается длительнее истинного периода планеты. По сравнению с суперротацией Венеры — это противоположный случай.
Темные пояса, тоже расположенные несимметрично относительно экватора, выражены нечетко и охватывают широты от 6 до 25°с.ш. и от 45 до 70°ю.ш. Вокруг южного полюса Нептуна расположена облачная «полярная шапка», по яркости соответствующая полосе на широте 40°ю.ш. «Шапка» вблизи северного полюса неизвестна: там сейчас полярная ночь.
Самой низкой температурой на диске Нептуна, всего 52 К, отличаются подсолнечные широты, а самыми «теплыми», до 61 К, оказались районы полюсов и экватор. Простейшее объяснение заключается в том, что слегка нагревающийся газ поднимается, охлаждаясь, в подсолнечных широтах и растекается к экватору и к полюсу. Там он снова опускается и нагревается, сжимаясь. Температура, которую измеряют приборы, — это не температура газа, а главным образом температура аэрозольной среды, высота расположения которой в этих районах не одинакова.
Видимый облачный слой соответствует давлению 1,2—1,3 бар и среднему диаметру планеты 49100 км. На 50—100 км. выше видимого облачного слоя иногда наблюдались группы вытянутых облачных полос шириной по 50—200 км. с четкими тенями от них на основном облачном слое. Таков снимок, представленный на рис. Здесь можно видеть уходящую в ночь облачную гряду (типа земных перистых облаков) вблизи терминатора, расположенную примерно на широте БТП, но в северном полушарии. Такие облака появлялись перед заходом Солнца.