Допрашивал меня следователь из Москвы, полковник. В нашем подводницком деле он разбирался неважно, зато настроен был очень агрессивно и видел во мне уже явного преступника. Ему все приходилось объяснять. Он слушает, слушает, а потом вдруг начинает кричать: «Вы мне своими морскими штучками голову не морочьте! Выкладывайте, пока не поздно, начистоту, как все было!» Объясняю снова... И так каждую ночь. Разумеется, это морально было очень тяжело. Из Москвы от уехавших тоже никаких вестей. Успокаивал себя тем, что если посадят, то сидеть буду не далеко от семьи. У нас тогда вокруг Совгавани было сразу несколько лагерей. Думал, попрошу, чтобы хоть эту просьбу уважили. А тут ночью звонок из Москвы. Начштаба флота говорит «Возвращаемся назад». Сразу куда-то запропал мой следователь, и можно стало хоть нормально служить. Когда Прокофьев вернулся, то рассказывал мне, что Сталин будто бы сказал: «Никого судить мы не будем. Виновных накажут властью морского министра. Главное же, чтобы были сделаны выводы, и подводные лодки больше в мирное время не погибали». После этого Холостякову и Родионову объявили какие-то взыскания, а Прокофьева сняли с комбрига и назначили начальником штаба в нашей же бригаде, меня перевели начальником отдела подводного плавания в штаб 7-го ВМФ».
Перед отъездом в Москву Прокофьев сказал жене: «Как все выяснится, я позвоню. Если скажу, что все хорошо, значит, не посадили». В Москве Холостякова, Родионова и Прокофьева заслушивало все руководство страны, возглавляемое Маленковым. Рядом с ним молча сидел Берия. Однако, к облегчению моряков, спустя некоторое время его вызвали по какому-то неотложному делу к Сталину, больше на заседание он не вернулся. Заслушивание длилось почти восемь часов. Прокофьеву запомнилась деталь: Маленков был небрит и выглядел чрезвычайно усталым
Больше всех, как бывает в таких случаях, обвиняли самого младшего, т.е. комбрига. Обвинения в его адрес сводились к тому, что Прокофьев не обучил как следует командира С-117 и сам не пошел в море именно на этой подводной лодке. Вскоре после возвращения из Москвы капитана 1-го ранга В.М. Прокофьева свалил инфаркт.
Из воспоминаний бывшего флагманского механика 90-й бригады подводных лодок Даниила Фланцбаума: «Когда пришли к выводу, что поиски С-117 безрезультатны, об этом доложили в Москву, и через некоторое время в Советскую Гавань прибыла Государственная комиссия для расследования катастрофы, не помню уже, под чьим председательством, Помню, что в составе ее был очень уважаемый флотскими инженерами главный инженер-механик ВМФ Дробышев.
Комиссия разделилась на две части: одна ее часть работала в штабе флота (в 7—8 километрах от нашей бухты Постовой), которым в то время командовал Холостяков, другая часть работала в нашем соединении, в бухте Постовой. Проверяли все так жестко, что иногда беседы с членами комиссии напоминали допросы. Исключение составлял главный инженер-механик ВМФ Дробышев, сохранявший интеллигентность в этих тяжелых обстоятельствах. Меня вызывали на беседу в штаб флота по поводу технического состояния С-117 и подготовленности электромеханической части ее экипажа. За неимением других средств, за мною прислали мотоцикл с коляской. Помнится, после двадцатиминутной поездки в открытой коляске при 25-градусном морозе мне пришлось долго оттирать заиндевевшее лицо. Беседа, однако, была доброжелательной, каких- либо конкретных претензий нам не предъявили.
Примером бездушия и грубости был вызов на беседу вдовы командира лодки Лидии Красниковой. Один из членов Госкомиссии, высокопоставленный политработник, задал ей вопрос: «Скажите, а не мог ли ваш муж увести лодку в США или Японию?» Бедная женщина, едва державшаяся на ногах от горя, ничего не ответила и со слезами выбежала в коридор штаба
К счастью, Госкомиссия не сумела найти существенных нарушений в работе нашего соединения, никого не арестовали и не отдали под суд, как это зачастую практиковалось в те времена. Для порядка, нашего командира соединения В.М Прокофьева снизили до должности начальника штаба нашей лее бригады, а начальника штаба Ю. Бодаревского и начальника политотдела А.Н. Пикули- на сняли с должностей и назначили куда-то без значительного понижения. В.М. Прокофьев, впрочем, вскоре был восстановлен в должности командира соединения, а в дальнейшем служил в Главном штабе ВМФ».
Затем был приказ военно-морского министра и закрытое постановление Совета Министров СССР по факту гибели подводной лодки. Ветераны рассказывают, что здесь Николаю Герасимовичу Кузнецову пришлось нелегко. Ведь по всем существовавшим тогда законам экипаж ненайденной подводной лодки надлежало считать не погибшим, а пропавшим без вести со всеми вытекающими отсюда последствиями. Прежде всего это касалось пенсий семьям членов экипажа. Ведь погибшим пенсии полагались, а пропавшим — нет.