Тем временем военные суда и самолеты-разведчики США начали проявлять интерес к проводимым масштабным морским перевозкам и предпринимать более энергичные усилия по идентификации груза советских судов. В тех случаях, когда размеры и конфигурация груза — такого как самолеты, вертолеты, грузовые автомобили и БТРы — вынуждали перевозить эту технику на палубе, то оборудование накрывалось, а самолеты разбирались, упаковывались в контейнеры и также накрывались. Однако полностью скрыть все грузы было невозможно, и вскоре разведывательные корабли и самолеты США определили, что началась масштабная переброска военных грузов морским путем. Военнослужащие на борту судов были в гражданской одежде. На Кубе разрешалось носить кубинскую военную форму, однако большинство из них оставались в штатском. Связь между Министерством обороны и судами, привлеченными к морским перевозкам, обеспечивалась через курьеров, радио и телефон для передачи сообщений не применялись.
19 сентября ГК ВМФ адмирал флота С.Г. Горшков доложил в Министерстве обороны о натовских учениях «Фоллекс-62», район проведения которых охватывал всю Европу, Средиземное море и Северную Атлантику. Горшков сделал вывод, что учения являются частью текущих маневров, в ходе которых силы НАТО отрабатывают переход к полномасштабной ядерной войне.
Штаб ВМФ с опаской наблюдал за усилением активности ВМС США в Атлантике. Помимо этого учения началось одновременно и крупномасштабное совместное амфибийно-десантное учение флота и морской пехоты США. Учение носило наименование «Операция «Ортсак», т.е. Кастро, если прочесть справа налево. Десантирование отрабатывалось на острове Вьекес вблизи Пуэрто- Рико. Но было совершенно очевидно, что это явная отработка вторжения на Кубу.
19 сентября 1962 года, в связи с усилением разведывательной активности со стороны Соединенных Штатов и втайне опасаясь, что секрет грузов будет раскрыт, премьер Хрущев обязал советский Генеральный штаб послать всем советским торговым судам телеграмму со следующими инструкциями: «Советские суда являются частью Советского Союза и любое открытое нападение на них со стороны иностранных кораблей или самолетов представляет собой акт агрессии против СССР. В случае обстрела иностранными самолетами или кораблями, капитан имеет право открыть огонь. Капитан судна, подвергшегося нападению, обязан принять все необходимые меры по поддержанию порядка. При докладе об атаке со стороны противника сообщение об атаке подлежит кодированию».
Маршал Малиновский настоял на том, чтобы «Операция «Кама» продолжалась по плану, без привлеченная крейсеров и эсминцев, и что нам достаточно иметь в районе Кубы, в качестве сдерживающего фактора, несколько подводных лодок с ядерными торпедами на борту.
Чрезвычайные меры скрытности способствовали успеху этапа переброски операции «Анадырь», но когда суда разгрузились, а личный состав и техника перебазировались на пусковые позиции, прятать их стало все труднее и труднее. Из-за частых полетов американских самолетов-разведчиков советские военнослужащие на Кубе передвигались к своим казармам только в ночное время и были прозваны кубинцами «ночные ползуны».
В связи с усилением американской разведки торговых судов, участвующих в «Операции «Анадырь», всем судам советского Морфлота 27 сентября была передана следующая телеграмма: