23-26 декабря 1993 года — Ростов-на-Дону — Краснодар — Минеральные Воды — Махачкала.Четверо террористов захватили в заложники учительницу и 15 учеников 9-го класса «В» средней школы № 25 Ростова-на-Дону. В Ростов-на-Дону на самолете Ту-134 вылетели 53 сотрудника «Альфы» во главе с командиром Героем Советского Союза Г. Н. Зайцевым. К моменту их прибытия бандиты, выпустив трех заложников, уже находились в Ми-8. Вечером вертолет осуществил посадку в Краснодаре. Следом за ними на Ан-12 приземлилась «Альфа». Ночью 24 декабря вертолет взлетел и взял курс на Минводы. Следом за ним вылетел вертолет со спецназовцами, основная же часть «Альфы» направилась туда самолетом Ан-12. Вечером 25 декабря преступники освободили одного из заложников. После передачи денег они отпустили учительницу и семь школьниц. Оставшихся заложников — четырёх школьников, водителя автобуса и двух пилотов — бандиты отпускать отказались. Вечером 27 декабря бандиты отпустили трёх школьников, водителя автобуса и поднялись в воздух, приказав пилотам взять курс на Ичкерию. Однако летчики В. Падалка и В. Степанов, рискуя жизнью, направили машину в сторону Махачкалы. Вертолёт с преступниками совершил посадку на северной окраине Махачкалы. Бандиты разбились на пары и попытались скрыться в лесополосе. Однако район их нахождения был оцеплен спецназом МВД Дагестана, который вскоре обезвредил всех преступников.
26-27 мая 1994 года — Махачкала — Бачи-Юрт.В районе населённого пункта Кинжал Ставропольского края четыре вооруженных чеченца (главарь — Магомет Бициев) захватили экскурсионный автобус «Икарус» со школьниками, их родителями и учителями. В заложниках оказались около 36 человек — 33 пассажира автобуса и три подростка, которых бандиты захватили по дороге. В тот же день Группа «А» во главе с командиром Героем Советского Союза Г. Н. Зайцевым получила приказ срочно вылететь из Москвы в Минеральные Воды. Такой же приказ был отдан краснодарскому отделению «Альфы». Вечером в Минводы самолетами прибыли 64 спецназовца. Общее командование операцией осуществлял командующий внутренними войсками МВД генерал-полковник А. Куликов. 27 мая вертолёт поднялся в воздух и взял курс на Ичкерию. Следом за ним стартовало шесть вертолётов, на борту которых расположились 38 бойцов «Альфы», 24 сотрудника ГУОП МВД и 20 военнослужащих спецназа ВВ. В результате нехватки горючего был изменен маршрут полета и осуществлена посадка в районе селения Бачи-Юрт. Бойцы под командованием офицера «Альфы» подполковника А. Е. Старикова начали преследование. Вертолеты вели наблюдение за лесным массивом с воздуха. Через час террористы были обезврежены. Скрыться сумел только один бандит, который унес два автомата и 47400 долларов — через год он был арестован и осуждён.
1995—1996 годы — Чечня.Сотрудники Группы «А» принимали участие в боевых действиях в Грозном, привлекались для ночного усиления в качестве мобильных групп антитеррора и дополнительной охраны Дома правительства и здания УФСБ в городе Грозном. Также они обеспечивали личную безопасность секретаря Совета безопасности РФ О. И. Лобова, находившегося в зоне боевых действий, проводили операции по захвату вооружённых бандитов, сопровождали колонны с ЗАС, боеприпасами и продовольствием.
14-19 июня 1995 года — Будённовск.В город на двух КамАЗах ворвалась хорошо вооруженная группа Ш. Басаева. Боевики захватили городскую больницу с медицинским персоналом и пациентами, включая рожениц и матерей с грудными детьми. Утром 17 июня в исключительно тяжёлых условиях сотрудники «Альфы» предприняли штурм больницы. Террористы, выставляя у окон заложников, вели огонь из-за их спин, что свело на нет успешность штурма. Позже Басаев связался по мобильному телефону с 1-м Председателем Правительства Российской Федерации В. Черномырдиным. Согласно достигнутой договорённости, террористам был обеспечен коридор. Бойцы группы «Альфа», ведущие бой в здании больницы, получили приказ отступить. Офицер «Альфы» Константин Никитин, участник штурма, так прокоментировал эти события: «Допустим, что „Ашники“ всё же вошли бы в больницу и вышли на второй этаж. Трудно даже предположить, как бы они выполняли задачу дальше, когда пространство между террористами и бойцами группы антитеррора забито заложниками. От чьих пуль больше бы пострадали они, и что бы началось, какая паника и сумятица в этой мясорубке?» Захватив с собой 123 заложника, боевики погрузились в автобусы и колонной отправились в сторону Чечни. Недалеко от горного селения Зандак все заложники были освобождены. В результате акции чеченских боевиков в Будённовске погибло 130 мирных граждан, 18 работников милиции, 18 военнослужащих, включая трех сотрудников «Альфы» — майора Владимира Владимировича Соловова, лейтенантов Дмитрия Валерьевича Рябинкина и Дмитрия Юрьевича Бурдяева. Свыше 400 человек получили ранения различной степени тяжести. В заложниках находились около 2 тысяч человек. Старший — командир «Альфы» генерал-лейтенант А. В. Гусев. Эта операция до сих пор считается самой неудачной у подразделения.