19—22 июня 2001 года — Станица Ермоловская (Алхан-Кала), Чечня.Сотрудники «Альфы» принимали участие в полномасштабной спец. операции по ликвидации банды одного из наиболее кровавых полевых командиров — Арби Бараева (кличка «Эмир Тарзан»), отличавшегося маниакальной жестокостью и специализировавшегося на похищении людей и работорговле. В операции учавствовали сотрудники ЦСН, разведчики из 46-й бригады внутренних войск МВД, подразделения Министерства обороны. Схрон, в котором находился Тарзан, вечером 21 июня обнаружили бойцы отряда «Русь». В итоге скоротечного, ожесточённого боя бандит и его телохранители были ликвидированы. Во время боя погиб рядовой Евгений Золотухин (посмертно удостоен звания Героя России).
11 июля 2001 года — н. п. Майртуп Курчалоевского района, Чечня.Ликвидация одного из ближайших подручных Хаттаба — полевого командира Абу Умара (полное имя — Мухаммед Ас-Сайяф), руководившего в 1990-х годах учебным лагерем по подготовке диверсантов-взрывников на окраине Сержень-Юрта в так называемом Институте «Кавказ». Убитый был одним из организаторов взрывов жилых домов в сентябре 1999 года в Москве и Волгодонске и многих других терактов. Первы обыск дома, где скрывался араб, ничего не дал. Бойцы «Альфы» уже были готовы перейти в другой двор, как один из них обратил внимание на показавшуюся ему подозрительной ступеньку деревянной лестницы. Спецназовцы заняли позиции вокруг дома. Когда один из офицеров выломал половицу, то из-под лестницы ударили автоматные очереди. Сотрудник «Альфы» был ранен, но его товарищи уничтожили засевшего в укрытии Абу Умара. Основную роль в успехе операции сыграли бойцы отряда «Русь», которые двумя группами десантировались в селе в непосредственной близости от места, где находился бандит, и не дали ему уйти в горы.
31 июля 2001 года — Минеральные Воды.Террористом Султаном Саид Эдиевым, чеченцем по национальности, был захвачен автобус «Икарус», следовавший рейсом Невинномысск — Ставрополь. Террорист выдвинул требование об освобождении тридцати с лишним пассажиров в обмен на пятерых преступников, в 1994 году осуждённых за захват пассажирского самолета в Минводах. В нагрудный карман рубашки террорист поместил стакан с боевой гранатой Ф-1 с выдернутой чекой, вставленной запалом вниз. Также были обнаружены провода, идущие к поясу на животе. Как оказалось, там находилось полтора килограмма литого тротила. В итоге идеально проведенного снайперского штурма террорист был уничтожен. В ходе штурма автобуса никто из заложников не пострадал. Ответсвенный — начальник Управления «А» — В. Г. Андреев.
23-26 октября 2002 года — Москва, Театральный центр на ДубровкеГруппа террористов во главе с М. Бараевым, собравшись в Москве, захватила в заложники до 800 зрителей мюзикла «Норд-Ост», актёров и работников Театрального центра на Дубровке. Бандиты требовали прекратить боевые действия в Чечне и угрожали обрушить здание с помощью размещённых в зале мощных взрывных устройств. Благодаря предпринятым действиям, ещё до активной фазы несколько десятков человек из числа заложников были спасены сотрудниками спецназа ФСБ. Бандиты вели себя крайне агрессивно, от их рук в зале погибло несколько человек. Во избежание массовых жертв было принято решение провести спецоперацию силами Центра специального назначения ФСБ. В результате операции был убит 41 террорист, в том числе главарь группы Мовсар Бараев, освобождено более 750 заложников, из них 60 иностранцев. Более 120 человек скончались после освобождения.
8 апреля 2004 года — Станица Шелковская, Чечня.Ликвидация ученика Хаттаба и одного из ближайших подручных Ш. Басаева — Абу Бакара Висимбаева («одноглазый Бакар»). Среди прочего этот полевой командир отвечал за вербовку «чёрных вдов» для совершения акции на Дубровке. В ходе операции был убит сотрудник «Альфы» майор Юрий Николаевич Данилин. Посмертно ему было присвоено звание Героя России.
1-3 сентября 2004 года — Террористический акт в БесланеХорошо вооружённые террористы Руслана Хучбарова по приказу Басаева захватили свыше 1300 заложников в здании школы № 1 и в первый же день расстреляли часть заложников. Всего же в итоге этого чудовищного теракта погибло 334 человека, из них 186 — дети, и свыше восьмисот человек получили ранения. 3 сентября в 13 часов 05 минут в здании школы прозвучали два мощных взрыва. Проявив исключительное мужество и героизм, сотрудники ЦСН принялись под пулями спасать заложников, закрывая их своими телами, и только после этого приступили к методичному уничтожению засевших в школе террористов, которые оказали ожесточённое сопротивление. Во время трагической развязки бойцами «Альфы» были уничтожены 27 террористов (четверо из 32 погибли 1 и 2 сентября) и один бандит был захвачен живым. Спасая заложников, погибли три сотрудника «Альфы» — майор Александр Валентинович Перов (герой России посмертно), майор Вячеслав Владимирович Маляров, прапорщик Олег Вячеславович Лоськов, а также семеро бойцов «Вымпела».