Позднее император Александр сам будет опровергать слух о том, что его госсекретарь предавал Россию. «Сперанский никогда не был изменником Отечества, — скажет однажды его величество графу А. А. Закревскому, — но вина его относилась лично ко мне». Нечто подобное услышит от Александра в 1812 году и Н. Н. Новосильцев. Император признается другу своей молодости, что не считает Сперанского изменником. «В действительности он виноват только против меня одного, — заявит Александр, — виноват тем, что заплатил за мою доверенность и дружбу самой черной, самой ужасной неблагодарностью». Данное признание во многом раскрывает ту роль, которую сыграла в судьбе Сперанского затеянная против него интрига. Посредством интриги его противники сумели внушить Александру искаженный взгляд на действия своего госсекретаря. В каждом буквально поступке и слове Сперанского император начал усматривать какой-то подвох, что-то направленное против него самого.
В измену Сперанского Александр поверить не мог, поскольку хорошо знал, что его госсекретарь при всех своих симпатиях к Наполеону и французской системе управления делает многое для того, чтобы Россия как можно лучше подготовилась к войне с Францией.
Заключив Тильзитский мир, российский император затеял тем самым тонкую политическую игру с французским императором. Он не сомневался, что рано или поздно в ходе беспрестанных войн с соседними государствами Франция утратит свое экономическое могущество и военное превосходство. Внутренние противоречия наполеоновского режима резко обострятся и в конце концов вызовут его крах. При такой перспективе Александр I считал благоразумным всячески воздерживаться от прямого военного столкновения с Наполеоном, но не препятствовать военным конфликтам Франции с другими странами, а определенным образом даже поощрять их. Сперанский был чуть ли не единственным человеком из сановного окружения императора Александра, кто понял смысл его политической игры с Наполеоном. Потому-то он и стал в этой игре главным партнером своего государя.
С ведома, а возможно, и по совету Александра, Сперанский вскоре после возвращения из Эрфурта близко сошелся с Арманом де Коленкуром, который с декабря 1807 года являлся французским послом в России. В течение 1809 года столичные жители часто видели их совместные прогулки и беседы. На этой почве впоследствии и строились слухи об измене Сперанского в пользу Франции. Никто не знал тогда, что встречи Сперанского с французским послом были лишь прелюдией к более значительным событиям — приватным беседам Коленкура с самим Александром I. Они организовывались примерно так же, как некогда заседания «Негласного комитета». Арман де Коленкур приглашался на обед и после обеда как бы ненароком задерживался за столом, тогда как другие гости уходили. Беседуя с французским послом, Александр всячески старался убедить его в том, что испытывает глубокие и непоколебимые дружеские чувства к Франции и ее императору. Польщенный до глубины своей честолюбивой души той обходительностью, с которой обращался с ним российский самодержец, Коленкур и сам начинал верить в его искренность и склонял к тому же Наполеона.
В январе 1809 года Наполеон обратился через своего посла к российскому императору с вопросом, не поддержит ли он его своими войсками в случае войны с Австрией. Александр I ответил, что если Франция вздумает воевать с Австрией, Россия выполнит свой союзнический долг — русские войска будут к ее услугам в любой момент. Наполеон принял эти заверения за правду и стал усиленно готовиться к войне. Между тем Александр дал понять австрийскому правительству, что в случае начала войны Австрии с Францией он и пальцем не пошевельнет, дабы помочь своему союзнику. В марте 1809 года австрийская армия развернула активные военные действия против французских войск. Наполеон, опять-таки через своего посла в Санкт-Петербурге Коленкура, стал настойчиво просить российского императора о поддержке. Александр же каждый раз отвечал, что русские войска уже на границе и готовятся к выступлению. Русские войска численностью в 70 тысяч человек в то время действительно были на границе, но во все продолжение войны Франции с Австрией так и не двинулись с места. И лишь когда Наполеон вышел на берега Дуная и решил тем самым участь Австрии, император Александр дал приказ командующему этими войсками князю С. Ф. Голицыну перейти границу. В июле 1809 года русские войска без единого выстрела заняли польский город Краков. Война с Австрией закончилась. Россия не потеряла в ней ни одного своего солдата. Наполеон после этой истории стал догадываться, что Александр ведет с ним хитрую игру, но окончательно понял это лишь год спустя. И поняв, отозвал Коленкура из России.