Несмотря на предпринятые меры, жалобы были все-таки написаны и переданы генерал-губернатору на самой границе Иркутской губернии двумя жителями Нижнеудинского уезда: седовласыми стариками, вероятно, избранными для осуществления столь ответственной миссии вследствие своей близости к смерти. Подача жалоб происходила в присутствии уездного исправника, потому-то старики испытывали при действе этом подлинный ужас. Они встали перед Сперанским на колени, положив жалобы на свои седые головы; когда же тот снял жалобы с их голов, старики повалились дружно на землю, обнимая ее осенне-холодную поверхность как бы в последнем с нею прощании. Но не это потрясло Сперанского более всего. Поданные жалобы Михайло Михайлович приказал одному из своих помощников немедленно огласить. Узнав из них о жестоком обращении уездного исправника Лоскутова с населением, он распорядился сейчас же арестовать его и отрешить от должности. И тут старики, стоя на коленях, трясущимися руками схватили нового генерал-губернатора за полу одежды и, испуганно озираясь на стоявшего рядом исправника, зашептали: «Батюшка, ведь это Лоскутов, что ты это баешь, чтоб тебе за нас чего худого не было… верно, ты не знаешь Лоскутова». Старые люди были запуганы уездным исправником до того, что стали считать его едва ли не сильнее не то что генерал-губернатора, но и самого российского императора, сидевшего в далеком от Иркутска Санкт-Петербурге.
В Нижнеудинске Сперанский задержался на некоторое время с тем, чтобы организовать тщательное следствие по открывшимся злоупотреблениям. С большим трудом удалось ему и его помощникам разыскать для постоя подходящий для жилья дом. Все более или менее благоустроенные в этом уездном городишке дома принадлежали чиновникам, замешанным в злоупотреблениях и отданным под следствие.
Дочери Елизавете Михаил о Михайлович написал из Нижнеудинска: «Здесь-то настоящая Сибирь и здесь-то наконец чувствую, что Провидение, всегда правосудное, не без причины меня сюда послало. Я был здесь Ему действительно нужен, чтоб уменьшить страдания, чтоб оживить надежды, почти уже исчезавшие, и ободрить терпение, слишком утомленное».
Покончив с делами в Нижнеудинске, Михайло Михайлович отбыл к месту своей постоянной резиденции — в Иркутск. Приезд нового сибирского генерал-губернатора в этот город, считавшийся его резиденцией, стал настоящим праздником. Вот как описывалось это событие в письме одного из местных жителей: «29-го дня минувшего Августа в 8 часов пополудни прибыл сюда, давно всеми ожиданный, г. Сибирский Генерал-Губернатор, Михаил Михайлович Сперанский, и встречен множеством народа всякого сословия на берегу при переправе чрез Ангару. Не столько пышное освещение обоих берегов быстрейшей сей реки, сколько слияние душ и сердец к благословению гостя, грядущего во имя Господне и славу Благословенного Монарха нашего, представляли и при темноте вечера зрелище привлекательнейшее. На другой день Его Высокопревосходительство в кафедральном Богоявленском Соборе слушал Божественную литургию. Стечение людей было необыкновенно великое. Все с неизъяснимым удовольствием тогда и после сопровождали взорами своими нового своего начальника. У всякого на лице начертана была непритворная, сердечная радость и некая животворная надежда, подобная той, каковая бывает в лице выздоравливающего больного при виде своего врача, опытного, усердного и безмездного».
В Иркутске Сперанский сразу же образовал комиссию по расследованию злоупотреблений, допускаемых чиновниками местной администрации. Среди них особо прославился своими злоупотреблениями иркутский уездный исправник Волошин. Подобно нижнеудинскому исправнику, он был отстранен от должности и предан суду. Награбленное местными чиновниками имущество и деньги были, по распоряжению Сперанского, у них изъяты и отданы в казну. По словам свидетеля описываемых событий Эразма Стогова, новый генерал-губернатор «немилосердно, жестоко наказал этих грабителей — он сослал их в Россию. Они, бедные страдальцы, переехали — кто в Москву, кто в Петербург».
Еще 31 июля, наслышавшись о безобразиях, творимых томским и иркутским губернаторами, Сперанский отправил императору Александру письмо, в котором просил его издать рескрипт об отстранении их от должностей.