Сперанский хорошо понимал, насколько непрочно его положение при царском дворе.
Святоши запишут меня в безбожники; противники их будут о мне сожалеть и причислять к своей стаде, а я, равно гнушаясь теми и другими, принадлежу и желаю принадлежать единственно и исключительно Вам. В Вас, Всемилостивейший Государь, в Вашем образе мыслей, равно от той и другой крайности удаленном, могу я искать и надеюсь всегда найти твердую защиту против всех хитросплетенных тонкостей врагов моих, врагов, ни десятилетним молчанием, ни кротостию всего моего поведения, ни уступчивостью моею, можно сказать, безмерною, ничем не у молимых.
20 января 1822 года Сперанский работал вечером в государевом кабинете, когда пришел Аракчеев и сообщил, что его величество подписал указы по Сибири.
Император Александр принял почти все предложения Сперанского по реорганизации управления Сибирью, на что Михайло Михайлович не особо поначалу надеялся. 26 января 1822 года вышел высочайший Указ о разделении Сибири на Восточную и Западную; 22 марта были назначены в каждую из этих частей генерал-губернаторами выбранные Сперанским лица. Все это как будто свидетельствовало, что Михайло Михайлович опять становился влиятельным сановником.
29 июня 1822 года император Александр постановил, что Сперанский будет управлять сибирскими губерниями до прибытия назначенных генерал-губернаторов на места. Одновременно его величество издал следующее распоряжение: «Господину министру финансов. Тайному советнику Сперанскому Всемилостивейше повелеваю производить из Государственного Казначейства жалованье и столовые, какие он получал по званию Сибирского Генерал-Губернатора по двадцати по две тысячи рублей в год. Александр. В Сарском 29 июня 1822-го».
Встречи и беседы государя со Сперанским по различным делам государственного управления — главным образом, по реформе управления Сибирью и по вопросам деятельности Комиссии законов — продолжались и во второй половине 1822 года. Правда, они стали более редкими. В 1823 году император Александр всего лишь трижды принимал Сперанского с личными докладами. А потом и вовсе перестал звать к себе.
Михайло Михайлович такое охлаждение к нему государя воспринимал совершенно спокойно — как должное. В начале 1823 года он писал дочери из Петербурга в Чернигов:
«Здесь все по-прежнему: те же балы, те же обеды, те же собрания — с тою для меня разницею, что в минувшем году я был у них в службе, а теперь в ожидании чистой отставки; я пользуюсь всеми правами свободного, ни к чему не привязанного, равнодушного наблюдателя, и положение сие весьма для меня выгодно».
При таких обстоятельствах поддержанию высокого статуса Сперанского при царском дворе в значительной мере способствовал граф А. А. Аракчеев — главный рычаг Александра I в управлении Российской империей. После того как Алексей Андреевич помог опальному сановнику возвратиться на государственную службу, их переписка не прекращалась. Михайло Михайлович нашел в графе не только покровителя себе, но и человека, с которым он мог быть более откровенным в выражении своих мыслей и настроений, чем с кем-либо из других сановников. Кроме того, он понимал, что через посредничество Аракчеева можно быстрее и успешнее решать дела, связанные с его губернаторством. Именно по этой причине, отправляясь в Сибирь, Сперанский просил у графа дозволения откровенно писать к нему «о деле и безделье» и слать непосредственно в его адрес служебные донесения из Сибири, дабы они через него «получали бы разрешение». И Аракчеев действительно поддержал предложения Сперанского по преобразованию управления Сибирью и внушил императору Александру мнение об их благотворности.
После возвращения Сперанского из Сибири в Санкт-Петербург он действовал на государственном поприще в тесном союзе с графом Аракчеевым. Аракчеев и Сперанский выступали заодно при обсуждении реформы управления Сибирью в специальном комитете, они хорошо дополняли друг друга в деле устройства военных поселений. Существовавший внутри системы военных поселений порядок регулировался множеством нормативных актов, которые были не согласованы один с другим, поскольку издавались от случая к случаю, а часто даже противоречили друг другу. Эти акты необходимо было привести в некий единый свод. Решение данной задачи и призван был обеспечить Сперанский, известный своими способностями к систематизации различных материалов. 24 января 1823 года император Александр распорядился создать Комиссию составления проекта учреждения о военных поселениях. Для предварительного рассмотрения отдельных частей этого проекта его величество учредил Особый комитет из трех лиц: А. А. Аракчеева, М. М. Сперанского и начальника штаба военных поселений, которым в тот момент являлся генерал-майор П. А. Клейнмихель. Данные решения государь принял по предложению Аракчеева и Сперанского. Есть основания считать, что уже с осени 1822 года дела военных поселений стали для Сперанского столь же важной сферой государственной деятельности, какой были для него в то время реформы управления Сибирью.