Когда следствие по делу дворянских революционеров стало подходить к концу, подготовка судебного процесса над ними активизировалась. К началу мая 1826 года Сперанским был написан новый проект Манифеста о Верховном уголовном суде. Тогда же Михайло Михайлович составил и проект указа Сенату о составе суда, «Дополнительные статьи обряда в заседаниях Верховного уголовного суда», приложения к последним и ряд других документов. Разрабатывая порядок деятельности Верховного уголовного суда, он тщательно изучил материалы политических процессов времен Екатерины II: по делу Мировича (1764 года), делу Пугачева (1775 года), делу о Московском бунте (1771 года). Вместе с тем целый ряд норм Сперанский разработал сам, независимо от предшествующего опыта, ориентируясь исключительно на главную цель затеянного императором судилища — строгое наказание выступивших против самодержавия дворян.
В середине мая государь ознакомился с созданными Сперанским документами и одобрил их. 30 мая следствие по делу декабристов завершилось. Составленное по его материалам «Донесение» было зачитано на специальном заседании Следственного комитета императору Николаю и приглашенным для прослушивания некоторым высшим сановникам. Среди последних был и Сперанский. Утром 1 июня в доме князя А. Б. Куракина состоялось совещание главных действующих лиц судилища над декабристами. В нем участвовали будущий председатель Верховного уголовного суда князь П. В. Лопухин, его заместитель князь А. Б. Куракин, министр юстиции Д. И. Лобанов-Ростовский и М. М. Сперанский. Михайло Михайлович ознакомил собравшихся с бумагами по Верховному суду. Сразу после совещания им был написан отчет.
Считаю нужным дать краткий отчет в совещании, бывшем с председателями и с министром юстиции по бумагам о Верховном суде… Кн. Алексей Борисович в особенности предлагал, не будет ли признано за благо умножить число духовных членов архиереями, прибывшими сюда на погребение (императрицы Елисаветы Алексеевны. — В. Т.). Мысль сия имеет свои удобства и неудобства: удобство то, что в каждом из трех отделений ревизионной комиссии могла бы находиться одна духовная особа, чего при настоящем числе синодских членов, коих только три, сделать невозможно. Неудобство же, что
1) прежде сего не бывало, всегда Синод один был приглашаем;
2) что сим умножится число членов, кои в окончательном приговоре, по сану их, от смертной казни отрекутся.
Грустное впечатление производит приведенная записка Сперанского, особенно последние ее строки. Верховный уголовный суд еще не приступил к работе, а один из его членов, причем тот, кто хорошо знал обвиняемых, ценил их ум и образованность, кто разделял многие их идеи, уже предрешал вынесение смертного приговора и беспокоился о том, чтобы в состав суда не вошли те, кто попытается этот приговор смягчить.
В тот же день, то есть 1 июня 1826 года, император Николай подписал Манифест об учреждении Верховного уголовного суда над декабристами, указ Сенату о составе суда и утвердил ряд других документов, регламентировавших судебный процесс. В состав суда вошло 72 человека: 18 — члены Госсовета, 36 — члены Сената, 3 — члены Синода, 15 — высшие военные и гражданские чины. В числе членов Госсовета, вошедших в состав суда, были Мордвинов и Сперанский.
По решению императора Николая уголовному суду предавался 121 декабрист. На судебные заседания обвиняемые не допускались. Судьи ограничились чтением записок о «силе вины» подсудимых. Для удостоверения подлинности материалов, представленных следственным комитетом, была создана Ревизионная комиссия. В течение двух дней, 8–9 июня, она опросила всех декабристов на предмет того, подтверждают ли они свои показания, данные на следствии. В знак согласия каждый из спрашиваемых ставил свою подпись. 10 июня Верховный суд избрал комиссию «для установления разрядов степеней виновности государственных злоумышленников». В число членов Разрядной комиссии избран был и Сперанский. Председателем ее император Николай назначил графа П. А. Толстого, однако главным рычагом данного органа фактически стал Сперанский. Именно он проделал основную работу по классификации преступлений, распределению обвиняемых по разрядам, определению им наказаний и т. п.
Дочь Сперанского вспоминала впоследствии об июне 1826 года как самой тяжелой в душевной жизни ее отца поре. По ее словам, Михайло Михайлович испытывал во все время процесса над декабристами невообразимые муки сердца, глаза его источали беспросветную печаль, и часто можно было видеть, как в них стояли слезы. Он порывался несколько раз совсем оставить службу, но какая-то сила все останавливала его. Что же, можно назвать эту силу: в нем окончательно победил чиновник. Именно чиновник стал определять его поведение.