Если бы в судилище над декабристами Сперанский был просто творцом юридических документов судебного процесса, его поведение не вызывало бы слишком больших нареканий. Сановники, вошедшие в состав Разрядной комиссии, не отличались умом и были на редкость жестокосердны. При таких условиях, не будь Сперанского, судебный приговор оказался бы наверняка бестолковым и жестоким. Сперанский придал приговору над декабристами более утонченный вид. А для взошедшего на эшафот и положившего голову на плаху тот, кто заточил острее топор, безусловно, великий благодетель! Но Сперанский являлся в процессе над декабристами не просто «точильщиком топора» — творцом юридических форм. Он был в этом чрезвычайно важном для императора Николая деле проводником воли его величества, причем необыкновенно умелым. Вряд ли кто другой из сановников мог бы выполнить данную роль искуснее Сперанского. Его образованность и ум позволили императору Николаю руководить действиями суда, почти целиком оставаясь в тени. Общие указания государя Сперанский умело переводил на язык конкретных инструкций. Так, он расписывал председателю суда князю Лопухину вопросы, которые тот должен был предлагать в судебных заседаниях, составлял тексты тех распоряжений, которые председатель обязан был сделать. Вся деятельность суда проходила в строгом соответствии с программой, составленной опять-таки Сперанским. В ней предусмотрено было все, вплоть до самых мелких деталей судебных заседаний. Конкретно указывалось, что, в какой день и даже какой час должен был делать суд. Когда в ходе процесса возникали ситуации, не предусмотренные предварительными инструкциями, Сперанский немедленно брался составлять для председателя суда указания по их разрешению.
С 28 июня в работе Верховного уголовного суда начинался новый этап, на котором предстояло определить обвиняемым конкретные наказания и составить приговоры. И на этом этапе, когда уж все, казалось, было ясно, когда в распоряжении членов суда имелось донесение Разрядной комиссии и тому подобное, председатель суда не остался без дополнительных инструкций. 27 июня князь П. В. Лопухин получил от Сперанского следующую записку: «Завтра начнутся заседания суда. Дозвольте мне завтра утром в 8 часов быть у вас, чтобы представить вам словесно все нужные по сему предмету объяснения».
Как известно, по приговорам Верховного суда 36 декабристам была назначена смертная казнь, 19 — пожизненная каторга, 40 — каторжные работы от 4 до 20 лет с последующим пожизненным поселением в Сибири, 18 — пожизненная ссылка в Сибирь и 9 — разжалование в солдаты. Император Николай смягчил приговоры, оставив смертную казнь лишь для пяти подсудимых, не вошедших в разряды (П. Пестеля, К. Рылеева, С. Муравьева-Апостола, М. Бестужева-Рюмина и П. Каховского).
Надлежало определить род казни. 10 июля 1826 года к председателю Верховного суда князю Лопухину поступила записка от начальника Главного штаба И. И. Дибича: «Милостивый государь, князь Петр Васильевич. В Высочайшем указе о государственных преступниках на доклад Верховного уголовного суда, в сей день состоявшемся, между прочим, в статье 13-й, сказано, что преступники, кои по особенной тяжести их злодеяний не включены в разряды и стоят вне сравнения, предаются решению Верховного уголовного суда и тому окончательному постановлению, какое о них в сем суде состоится. На случай сомнения о виде их казни, какая сим судом преступникам определена быть может, Государь Император повелеть мне соизволил предварить вашу светлость, что Его Величество никак не соизволяет не токмо на четвертование, яко казнь мучительную, но и на расстреляние, как казнь, одним воинским преступлениям свойственную, ни даже на простое отсечение головы и, словом, ни на какую смертную казнь, с пролитием крови сопряженную». Как видим, записка прямо намекает на тот род казни, который хотел для декабристов император Николай, — это было повешение. В архиве сохранился черновик приведенной записки за подписью Дибича — он писан рукою… Сперанского!
29 июня 1826 года Верховный суд решил вопрос о мерах наказания для подсудимых. 63 члена суда проголосовали за смертную казнь четвертованием для внеразрядной группы. В числе этих 63 был и Сперанский. Другие судьи также высказались за смертную казнь, но иного рода. И лишь один судья выступил против смертной казни вообще, призвав пятерых декабристов, поставленных вне разрядов, «лишить чинов и дворянского достоинства и, положив голову на плаху, сослать в каторжную работу». Этим единственным был Н. С. Мордвинов.