Нетрудно представить, как должны были восприниматься подобные разговоры Александром, знавшим, что нечто сходное говорилось о его отце после того, как он пошел на союз с Наполеоном, тогда еще первым консулом. Приехавший с Александром в Тильзит Н. Н. Новосильцев однажды прямо заявил ему: «Государь, я должен вам напомнить о судьбе вашего отца». Трагическая участь Павла I и в самом деле была во многом предопределена его сближением с Францией.
По условиям Тильзитского договора Россия присоединялась к континентальной блокаде Англии — страны, с которой имела длительную и прочную торговлю. Теперь эта торговля расстраивалась, вследствие чего русское купечество и дворянство принуждены были нести крупные убытки. Цены на внутреннем рынке в результате выросли, экономическое положение населения ухудшилось. Распространившееся в русском обществе недовольство Тильзитским договором неизбежно приобретало поэтому устойчивый характер.
Сперанский, в отличие от большинства русских сановников, симпатизировал Франции и ее императору. Он не порицал Тильзитского договора, и этот факт имел для Александра I немаловажное значение.
Осенью 1807 года его величество включил Сперанского в состав своей свиты для поездки в Витебск на смотр 1-й армии. Особого значения данное мероприятие не имело, но это была первая поездка, в которой Михайло Михайлович сопровождал государя.
19 октября 1807 года император уволил Сперанского из Министерства внутренних дел, сохранив за ним звание своего статс-секретаря. Этим он сделал еще один шаг по пути приближения к себе способного чиновника.
24 ноября 1807 года с поста министра внутренних дел ушел в предоставленный ему государем «бессрочный отпуск» В. П. Кочубей. Незадолго до этого Александр I самолично, не поставив графа даже в известность, отдал под суд за злоупотребление властью его приятеля — саратовского губернатора Белякова. Виктор Павлович нашел для себя данный поступок императора оскорбительным и именно на него сослался, объясняя свое нежелание быть министром.
Сперанский между тем продолжал получать новые назначения, награды и другие знаки монаршей милости. 29 ноября 1807 года он был назначен членом созданного в этот день «Комитета для изыскания способов усовершенствования духовных училищ и к улучшению содержания духовенства». Помимо статс-секретаря Михаилы Сперанского в его состав вошли: Амвросий, митрополит Новгородский и Санкт-Петербургский; Феофилакт, епископ Калужский; обер-священник Иоанн Державин, обер-прокурор Святейшего Синода князь Александр Голицын.
26 июня 1808 года императору Александру было представлено на утверждение от имени данного комитета «Начертание правил об образовании духовных училищ». Текст этого документа, содержавший план реформы системы духовного образования в России, был целиком написан Сперанским. В соответствии с ним предполагалось создание духовных учебных заведений четырех ступеней: академии, семинарии, уездные училища и приходские школы. Для руководства всей системой духовного образования при Святейшем Синоде учреждалась «Комиссия духовных училищ». Каждая из 36 епархий, существовавших на тот момент в России, должна была иметь одну семинарию, 10 уездных училищ и до 30 приходских школ. В каждом из четырех духовно-учебных округов должна была действовать одна духовная академия (в Санкт-Петербурге, Москве, Киеве, Казани). При каждой из четырех духовных академий создавалась «Конференция по поощрению учености», главным образом в области богословских наук.
В день утверждения императором «Начертания правил об образовании духовных училищ» представивший его «Комитет для изыскания способов усовершенствования духовных училищ и к улучшению содержания духовенства» прекращал свою деятельность, а его члены переводились в состав нового органа — «Комиссию духовных училищ». Главной задачей данной комиссии становилась на первых порах разработка уставов для учебных заведений всех ступеней. Выполнение данной задачи было возложено на Сперанского. Он написал введение к уставам и первую часть Устава духовных академий. Занятость государственными делами не позволила ему закончить эту работу. Передав ее для завершения Рязанскому архиепископу Феофилакту (Русанову), Михайло Михайлович занялся разработкой проектов новых государственных преобразований.