Легкий авианосец «Дзуйхо» (12 истребителей, 12 бомбардировщиков-торпедоносцев)
Тяжелые крейсера «Атаго» (флагманский корабль), «Тёкай», «Мёко», «Хагуро»
Легкий крейсер «Юра»
Восемь эскадренных миноносцев
Б) ГРУППА НЕПОСРЕДСТВЕННОЙ ПОДДЕРЖКИ
Вице-адмирал Такэо Курита
Тяжелые крейсера «Кумано» (флагманский корабль),
«Судзуя», «Микума», «Могами»
Два эскадренных миноносца
В) ТРАНСПОРТНАЯ ГРУППА
Контр-адмирал Райдзо Танака
Двенадцать транспортов и три плавучие базы эскадренных миноносцев с десантом для высадки на о. Мидуэй (5000 человек)
Легкий крейсер «Дзинцу» (флагманский корабль)
Десять эскадренных миноносцев
Г) ГРУППА ГИДРОАВИАТРАНСПОРТОВ
Контр-адмирал Рюитаро Фудзита
Гидроавиатранспорт «Титосэ» (16 поплавковых истребителей, 4 разведывательных самолета)
Гидроавиатранспорт «Камикава Мару» (8 поплавковых истребителей, 4 разведывательных самолета)
Один эскадренный миноносец и сторожевой катер
Д) ГРУППА МИННЫХ ТРАЛЬЩИКОВ
Капитан 1 ранга Садатомо Миямото
Четыре минных тральщика
Три морских охотника
Один транспорт и два грузовых судна
4. СЕВЕРНОЕ (АЛЕУТСКОЕ) СОЕДИНЕНИЕ
Вице-адмирал Мосиро Хосогая
А) ГЛАВНЫЕ СИЛЫ
Вице-адмирал Хосогая
Тяжелый крейсер «Нати» (флагманский корабль)
Два эскадренных миноносца
Б) 2-Е УДАРНОЕ АВИАНОСНОЕ СОЕДИНЕНИЕ
Контр-адмирал Какудзи Какута
Легкий авианосец «Рюдзё» (флагманский корабль) (16 истребителей, 21 бомбардировщик-торпедоносец)
Авианосец «Дзунё» (24 истребителя, 21 пикирующий бомбардировщик)
Тяжелые крейсера «Мая», «Такао»
Три эскадренных миноносца
В) СОЕДИНЕНИЕ ВТОРЖЕНИЯ НА О. АТТУ
Контр-адмирал Сэнтаро Омори
Легкий крейсер «Абукума» (флагманский корабль)
Четыре эскадренных миноносца Один минный заградитель
Один транспорт с армейским десантным отрядом (1200 человек)
Г) СОЕДИНЕНИЕ ВТОРЖЕНИЯ НА О. КЫСКА
Капитан 1 ранга Такэдзи Оно
Легкие крейсера «Кисо» (флагманский корабль), «Тама»
Вспомогательный крейсер «Асака Мару»
Три эскадренных миноносца
Три тральщика
Два транспорта с десантным отрядом морской пехоты (1250 человек)
Д) отряд подводных лодок
Контр-адмирал Оигэаки Ямадзаки
Подводные лодки «I-9» (флагманский корабль), «I-15», «I-17», «I-19», «I-25», «I-26»
5. ПЕРЕДОВОЕ СОЕДИНЕНИЕ (ПОДВОДНЫЕ ЛОДКИ)
Вице-адмирал Тэрухиса Комацу
Легкий крейсер «Катори» (флагманский корабль, находился на рейде Кваджелейн)
А) 3-Й отряд подводных лодок
Контр-адмирал Тимаки Коно
Плавучая база подводных лодок «Ясукуни Мару» (флагманский корабль, находился на рейде Кваджелейн)
Подводные лодки «I-168», «I-169», «I-171», «I-174», «I-175»
Б) 5-й отряд подводных лодок
Контр-адмирал Тадасигэ Дайго
Плавучая база подводных лодок «Рио де Жанейро Мару» (флагманский корабль, находился на рейде Кваджелейн)
Подводные лодки «I-156, «I-157», «I-158», «I-159», «I-162», «I-165», «I-166»
В) 13-Й дивизион подводных лодок
Капитан 1 ранга Такэхару Миядзаки
Подводные лодки «I-121», «I-122», «I-123»
6. СОЕДИНЕНИЕ БАЗОВОЙ АВИАЦИИ
Вице-адмирал Нисидзо Цукахара
А) экспедиционное соединение базовой авиации
Капитан 1 ранга Тисато Морита
36 истребителей (транспортируемых авианосцами)
10 бомбардировщиков (с о. Уэйк)
6 летающих лодок (с о. Джалуит)
Б) 24-я ВОЗДУШНАЯ ФЛОТИЛИЯ
Контр-адмирал Минору Маэда
Авиационная группа с гидроавиатранспорта «Титосэ»
Капитан 1 ранга Фудзиро Охаси '
36 истребителей, 36 бомбардировщиков-торпедоносцев (с островов Кваджелейн и Уэйк)
1-я авиационная группа
Капитан 1 ранга Самадзи Иноуэ
36 истребителей, 36 бомбардировщиков-торпедоносцев (с островов Аур и Вотье)
14-я авиационная группа
Капитан 1 ранга Дайдзо Накадзима
18 летающих лодок (с островов Джалуит и Вотье)
Действия этих многочисленных соединений и групп были тщательно согласованы. Высадка десанта на о. Мидуэй назначалась на 7 июня. Два фактора обусловили выбор именно этой даты. Во-первых, требовалось время для ремонта, детального осмотра и пополнения всеми видами снабжения кораблей соединения Нагумо и 2-го флота вице- адмирала Кондо, которые возвратились в Японию из южных морей лишь в конце апреля, после завершения операций первой фазы войны. Все эти приготовления должны были занять несколько недель, поэтому день вторжения можно было назначать не ранее, чем на первую половину июня. Во-вторых, следовало выбрать такое время, когда достаточно лунного света, что облегчило бы маневрирование кораблей в ночное время. 7 июня было последним таким днем, и только почти через месяц луна достигла бы фазы, которая благоприятствовала бы проведению десантных операций. Но штаб Объединенного флота резко воспротивился отсрочке нападения на о. Мидуэй до июля.