Все соединения надводных кораблей и транспортные группы, чтобы вовремя выйти на исходную линию, должны были выступить между 26 и 29 мая: Северное соединение — из военно-морской базы в Оминато (северная оконечность о. Хонсю), Соединение вторжения на о. Мидуэй, за исключением главных сил вице-адмирала Кондо, — с островов Сайпан и Гуам, а главные силы Соединения вторжения на о. Мидуэй под командованием Кондо, 1-е ударное авианосное соединение вице-адмирала Нагумо и Главные силы под командованием адмирала Ямамото должны были выйти с якорной стоянки у о. Хасира в западной части Внутреннего Японского моря и направиться непосредственно в район предстоящего сражения. По пути Главные силы разделялись на две группы: Ядро сил под командованием Ямамото должно было продолжать движение к о. Мидуэй, а Соединение прикрытия вице-адмирала Такасу—пойти на северо-восток, чтобы обеспечить вторжение на Алеутские острова.
Нападением на Алеутские острова Объединенный флот прежде всего намеревался отвлечь внимание противника от направления главного удара (о. Мидуэй). Поэтому удар и северном районе наносился первым. 4 июня 2-е ударное авианосное соединение контр-адмирала Какута, действовавшее как часть Северного (Алеутского) соединения, должно было произвести налет на Датч-Харбор — главный опорный пункт противника на Алеутских островах. 6 июня намечалось высадить десант на острова Адак и Кыска. Высадка на о. Адак производилась силами Соединения вторжения на о. Атту, которое после уничтожения военных сооружений и минирования заливов и гаваней должно было оставить остров, а 12 июня осуществить высадку десанта на о. Атту и выполнить таким образом свою основную задачу. Высадка десанта прикрывалась 2-м ударным авианосным соединением контр-адмирала Какута, главными силами Северного соединения вице-адмирала Хосогая, Соединением прикрытия вице-адмирала Такасу и отрядом подводных лодок из состава передового соединения, которые были приданы Северному (Алеутскому) соединению.
Атаковать о. Мидуэй предполагалось примерно в таком же порядке. 5 июня 1-е ударное авианосное соединение из точки, находящейся в 250 милях к северо-западу от острова, производит предварительный удар с воздуха по о. Мидуэй с целью уничтожить авиацию противника, оборонительные сооружения и все надводные корабли, которые там окажутся. 6 июня Группа гидроавиатранспортов контр- адмирала Фудзита оккупирует небольшой о. Куре, расположенный в 60 милях к северо-западу от о. Мидуэй, чтобы использовать его в качестве базы гидросамолетов для непосредственной поддержки высадки десанта на о. Мидуэй.
Во время проведения этих предварительных действий Транспортная группа с десантными войсками в охранении эскортных кораблей продвигается к о. Мидуэй и на рассвете 7 июня производит одновременную высадку десантов на острова Санд-Айленд и Истерн-Айленд. Тяжелые крейсера вице-адмирала Курита оказывают непосредственную поддержку высадке десанта, а главные силы Соединения вторжения вице-адмирала Кондо прикрывают десант с юга или юго-запада.
Рис. 7. Развертывание японских сил (время японское)
Предполагалось, что главные силы противника примут участие в сражении лишь после высадки десанта на о. Мидуэй. Поэтому планом Объединенного флота предусматривалось, что к 7 июня все силы должны выйти на исходные позиции, и быть в полной боевой готовности; к основной и решающей фазе операции. На этих позициях они должны оставаться в течение семи дней после захвата о. Мидуэй, если флот противника не атакует раньше. На ядро Главных сил адмирала Ямамото; Соединение прикрытия вице- адмирала Такасу; 1-е ударное авианосное соединение вице- адмирала Нагумо; 2-е ударное авианосное соединение контр- адмирала Какута; Передовое соединение подводных лодок вице-адмирала Комацу возлагалась задача встретить и разбить флот противника.
Эти силы предполагалось развернуть следующим образом: ядро Главных сил Ямамото — в 600 милях к северо- западу от о. Мидуэй;
соединение Такасу—в 500 милях к северу от сил Ямамото;