Пользуясь этими усобицами в Латинской империи, особенно усилилась Венеция. Латинская империя превратилась в конгломерат феодальных владений западных баронов и торговых факторий венецианцев. На территории империи возникли Фессалоникское царство в Македонии, Ахейское (Морейское) княжество на Пелопоннесе, Афино-Фиванское герцогство в Средней Греции. В руки венецианцев попали важные порты на побережье Мраморного и Эгейского морей, некоторые острова и опорные пункты на Пелопоннесе (Корон и Модон). Оба враждующих претендента на престол вскоре погибли в борьбе с болгарами. Престол занял Генрих Геннегауский (1206—1216), но феодальные усобицы не прекращались.
Завоевание крестоносцев привело к утверждению в захваченных ими областях Византии западных форм феодализма: росли вотчины феодалов, оформлялись вассальные отношения, фактически закрепощалось крестьянство, что засвидетельствовано таким важным памятником, как «Ассизы Романии». (Система феодальной иерархии сложилась в завершенной форме: появилось сословие рыцарей, связанных клятвой верности со своим сюзереном, но совершенно чуждое местному населению. Оммаж и инвеститура по западному образцу устанавливали как поземельные, так и личные связи между сеньором и вассалом. Часть греческой феодальной знати пошла на соглашение с латинянами и влилась в ряды господствующего класса Романии, что нашло отражение в «Морейской хронике».
В Латинской империи большим влиянием стало пользоваться католическое духовенство. В Морее появилось католическое монашество и духовно-рыцарские ордена. Греческое население отвергло католичество, отказалось платить десятину католическим прелатам, сохраняло свою веру, обряды и обычаи. Греческие священники не признавали целибат и вели постоянную борьбу против латинян. Латинское завоевание затормозило рост греческих городов: как в торговле, так и в ремесле преобладание получили итальянцы. Соперничество греческих и итальянских предпринимателей проходит красной нитью через всю общественную жизнь Латинской империи. Установление феодальной системы по западному образцу приводило нередко к двойному гнету греческих и франкских феодалов, что вызывало активное сопротивление народных масс. Городское население было недовольно своекорыстной политикой венецианцев, беспощадно подрывавших греческую торговлю и ремесло. Подлинному сближению франкских и местных феодалов препятствовала религиозная рознь. Все это объясняет, почему Латинская империя оказалась столь недолговечной.
Самым влиятельным и экономически устойчивым среди греческих государств, возникших на территории Византии, оказалась Никейская империя (1204—1261). в состав которой входили плодородные сельские местности и богатые города северо-западного региона Малой Азии — Никея, Нимфей, Смирна, Филадельфия. Основателем ее был первый никейский император, энергичный и умный правитель Феодор I Ласкарис (1206—1222). Ему удалось в короткий срок собрать в казну значительный фонд земель, что составило основу его могущества. Феодор I широко раздавал своим сторонникам эти земли в пронию — на условии несения военной и иной службы в пользу императора. Над прониями он сохранял верховное право собственности. Это способствовало консолидации феодалов вокруг престола и укреплению военных сил империи. Интенсивно росло крупное феодальное землевладение и феодальная зависимость крестьян (парикия). Заметно сократилась численность свободного крестьянства. Города Никейской империи вступили в полосу временного процветания. Однако и здесь ощущалась конкуренция итальянских купцов.
Преемником Феодора I стал его зять Иоанн III Дука Ватац (1222—1254) — самый выдающийся деятель на никейском престоле. Удачливый полководец, значительно расширивший территорию никейского государства, рачительный хозяин, поднявший его экономику, Иоанн III вместе с тем был щедрым меценатом, покровителем наук и искусств, стремился к возрождению интереса к античности, к эллинской культуре предков. Пытаясь повысить доходы казны, он хорошо организовал домениальное хозяйство на императорских землях и в короткий срок добился их процветания. По словам современников, было достигнуто изобилие: амбары ломились от зерна, загоны были полны скотом, в имениях появились табуны коней и стада домашней птицы. Пример хозяйственных успехов императора нашел широкое применение и в вотчинах феодалов. В отношении городов Иоанн III вел протекционистскую политику, установил торговые пошлины на иностранные товары, в первую очередь на итальянские. Это, бесспорно, стимулировало дальнейший подъем малоазийских городов. Никейский император щедро осыпал дарами церковь, но взамен потребовал полной покорности духовенства. Возросшие доходы помогли Иоанну III вести успешную борьбу на международной арене с латинянами и соперником Никеи Эпирским царством. В этот период вновь окрепло и свободное крестьянство. Преемником Иоанна III стал его сын Феодор II Ласкарис (1254—1258). Философ и писатель, сделавший очень много для превращения Никеи в один из главных культурных центров, Феодор II не был способен управлять государством и не смог добиться успехов на политической арене. Его заслуги целиком относятся к сфере культуры.