На церковных соборах епископов и митрополитов всего царства, созываемых патриархом, присутствовали царь и высшие сановники. Соборы рассматривали важнейшие дела церкви, в особенности вопросы борьбы с еретиками. После осуждения собором (анафемствования) уличенных в ереси подвергали преследованию не только церковные, но и светские власти.
Яркие вспышки классовой борьбы в болгарских землях характерны также и для эпохи Второго Болгарского царства. Богомилы, не проявлявшие активности в годы тяжелой борьбы за освобождение и упрочение восстановленного государства, вновь вышли на арену в конце первого десятилетия XIII в. в обстановке династических смут и резкого усиления эксплуатации крестьянства. Характерной особенностью богомильства XIII—XIV вв. было сравнительно большее распространение ереси среди городского населения. В 1211 г. церковный собор, проходивший под председательством царя, подверг богомилов официальному осуждению, положив начало новым гонениям против них. Сведения об их деятельности эпизодически встречаются в источниках и после этого. Однако с упрочением власти крупных феодалов в провинциях и в городах страны богомильство постепенно утратило классовую антифеодальную направленность и превратилось в учение узких тайных сект мистического, эсхатологического толка.
Наиболее острым проявлением классовой борьбы в Болгарии в тот период было восстание крестьян в 1277—1280 гг. во главе со свинопасом Ивайлом по прозвищу «Лахана» (греч. — «Капуста»), Угнетаемые феодалами и государством, страдавшие от междоусобий, подвергавшиеся беспощадному грабежу полчищ монголо-татар, которым Болгария с 1242 г. выплачивала дань, крестьяне поднялись на восстание. Возглавив их отряды, Ивайло, оказавшийся талантливым организатором и полководцем, сначала очистил земли Болгарии от грабивших население монголов, затем разгромил в 1278 г. царское войско. Царь погиб в битве. Крестьяне стремились посадить своего («доброго») царя на трон страны.
В обстановке не прекращавшихся попыток византийского императора утвердить с помощью своих войск на престоле Тырнова своего ставленника и возобновившихся татарских набегов Ивайло принял предложение вдовствующей царицы и ее болярского окружения заключить с нею брак и занять трон. Однако сближение с правящей верхушкой, отсутствие ясной программы социальных преобразований, объективная невозможность изменить существующий строй, крайне неблагоприятная внутренняя и внешняя обстановка, противодействие и интриги болярства обрекли Ивайла на поражение. В 1279 г., воспользовавшись отсутствием царя в столице (Ивайло вел борьбу с татарами на Дунае), боляре открыли ворота города зятю византийского императора Ивану Мице. Разбив его войска, Ивайло осадил Тырнов. Но возобладавшая в столице другая группировка, враждебная и Ивайле и Мице, возвела в 1280 г. на трон болярина Георгия Тертера, который сплотил вокруг себя феодалов и развернул борьбу против Ивайла, вынужденного бежать из страны. В поисках поддержки Ивайло отправился в ставку Ногая, но был там коварно убит. Имя «крестьянского царя» долго хранилось в памяти не только болгар, но и греков: имя «Ивайло» принимали даже в Малой Азии руководители отрядов, пытавшиеся организовать сопротивление османскому наступлению на империю.
Натиск османов на Балканах, начавшийся в середине XIV в., пришелся на время, характерное в политическом отношении для эпохи развитого феодализма: малые и крупные балканские государства оказались разобщенными перед наступавшими полчищами сильной и сплоченной Османской державы, они погрязли в непрерывных войнах друг с другом, не прекращая их даже в обстановке османской экспансии; кроме того, для большинства этих государств постоянным явлением была острая внутренняя междоусобная борьба.
Первый набег на Болгарию турецкие отряды совершили в 1352 г., а к 1364 г. большая часть владений Болгарии во Фракии была потеряна. В 1371 г. в битве при Черномене, разгромив войска правителей Македонии Byкашина и Углеша, османы открыли себе путь в глубь полуострова. К 1373 г. у Болгарии уже не было земель к югу от Балканского хребта. Преемник Ивана Александра Иван Шишман (1371—1393) признал себя вассалом султана, как это несколько раньше сделали правители Византии и Сербии. Но и этот акт не избавил страну от османского вторжения. После двух лет тяжелой осады в 1382 г. пала София (Средец). Натиск османов стал особенно сильным после поражения войск Сербии и Боснии в 1389 г. на Косовом поле. В 1393 г. после героического сопротивления пал Тырнов. Вслед за ликвидацией Тырновского царства и Добруджанского княжества в 1396 г. был захвачен последний оплот обороны болгар — столица Видинского царства город Видии.