Степень централизации, предусмотренная Судебником 1497 г., показывает, что на конец XV в. приходится один из важнейших этапов, который подготовил завершение централизации государства в середине XVI в. В течение XV в. на Руси, как и в других странах Европы, не были еще ликвидированы остатки феодальной раздробленности. Существовал и удел митрополита. По завещанию Ивана III была воссоздана удельная система. Новгород, сохранивший право чеканки собственной монеты (новгородок), не полностью лишился своей экономической обособленности. Существование там собственной единицы обложения — обжи (составлявшей примерно треть московской сохи), права новгородских наместников заключать договоры с соседними государствами говорят об остатках политической самостоятельности Новгорода.
Успехи централизации позволили молодому Русскому государству уже в первые десятилетия своего существования проводить активную внешнюю политику. Успешно проходила защита целостности Северо-Западной Руси, в том числе и Пскова. Строительство Ивангорода на реке Нарове в 1492 г. создавало стратегическую и экономическую базу на Балтике. Однако главной внешнеполитической задачей в то время было возвращение Смоленска, а также будущих украинских и белорусских земель (Киева, Чернигова, Витебска и др.). В основу этой политики легла идея киевского наследия.
Создание единого Русского государства было враждебно встречено в Великом княжестве Литовском и Короне Польской. Наличие глубоких социальных, религиозных, культурных и этнических противоречий между литовскими магнатами, католиками по вероисповеданию, имевшими право представительства в Раде панов, и белорусско-украинской шляхтой обусловливало непрочность Великого княжества Литовского. Невозможность участвовать в управлении страной толкала православную знать, и прежде всего владетелей пограничных земель, к союзу с единоверческим Русским государством. Первыми «отъехали» к Ивану III князья Воротынские и Белевские, вместе с которыми к Руси отходили верховья Оки. Начиная с 1487 г. переход на сторону Руси верховских князей принял массовый характер. Мценск, Любутск, Серпейск, Мезецк при поддержке русских войск вошли в состав Русского государства. По перемирию 1494 г. к этим территориям присоединилось и Вяземское княжество. Отсюда открывался и прямой путь на Смоленск.
Соглашение 1494 г. не урегулировало всех спорных вопросов. В 1498 г. Великое княжество Литовское прервало сношения с Русью. Был наложен запрет на вывоз на Русь соли, благородных и цветных металлов. В условиях экономической блокады война становилась неизбежной. Она разразилась на последнем этапе так называемого «династического кризиса». Сын Ивана Ивановича Молодого (сына Ивана III от первой жены Марии Борисовны Тверской), скончавшегося в 1490 г., Дмитрий-внук, венчанный на княжение в 1498 г., попал в опалу. На следующий год Василий Иванович, первенец второй жены Ивана III — Софьи Палеолог, поручил Новгород и Псков. А еще через два года — в августе 1501 г. он титулуется «великим князем всея Руси». В апреле 1502 г. Дмитрий-внук с матерью Еленой Волошанкой, дочерью молдавского господаря Стефана Великого, были заточены.
Русско-литовская война началась в 1500 г. Русские войска заняли ряд северских городов в бассейне Десны, направились к Великим Лукам и через Дорогобуж к Смоленску. 14 июня на реке Ведроше под Дорогобужем литовские войска потерпели сокрушительное поражение. Обращение Литовского княжества за помощью к Ливонскому ордену и вступление последнего в военные действия в августе 1501 г. не принесли перемен. Победа при Гельмеде недалеко от Дерпта (современного Тарту) и поддержка местного населения — эстов обеспечили продвижение русских войск в глубь Ливонии. По миру с Литовским княжеством 1503 г. к Русскому государству перешла значительная территория по течению Сожи и Десны с городами Черниговом, Стародубом, Гомелем, Новгород-Северским и Рыльском, а также верхнее течение Десны и Угры с Брянском и далекими пригородами Смоленска (сам Смоленск вошел в состав Русского государства только в 1514 г.). В ходе войны произошли существенные сдвиги и в международной обстановке. Союзный Руси Менгли-Гирей, глава образовавшегося в 40-е годы XV в. Крымского ханства, в июне 1502 г. разгромил орду Ахмедовых детей, покончив с основным преемником Золотой и Большой Орды, по-прежнему претендовавшим на власть над Русским государством. Однако Крымское ханство, восприняв вместе со знатью Большой Орды и ее традиции внешней политики, перешло на враждебные к Руси позиции. Потеря этого союзника компенсировалась приобретением другого. Народы Северного Кавказа, адыги (черкесы), страдавшие под игом Золотой Орды, а в конце XV в. ставшие объектом крымской агрессии, с надеждой смотрели на северного соседа, давно демонстрировавшего свою мощь в борьбе с захватчиками.