Тринитарные и христологические споры, бушевавшие в Средиземноморье с конца III вплоть до конца VI в., породили множество еретических течений, отражавших борьбу внутри самого христианского учения. Наиболее значительные из них, такие как арианство, донатизм, пелагианство, присциллианство, несторианство, монофиситство, оказали заметное влияние и на судьбы средневекового христианства. Так, арианство, отрицавшее один из основных догматов ортодоксальной христианской доктрины о единосущности бога-отца и бога-сына (Христа), несмотря на неоднократные осуждения на соборах, пустило крепкие корни среди варварских народов. По арианскому образцу приняли христианство остготы и вестготы, вандалы и некоторые другие племена.
В борьбе с донатистами, выступавшими за сохранение идеалов раннего христианства, проповедовавшими евангельскую бедность и чистоту клира, и пелагианцами, отрицавшими наследственную силу первородного греха и отстаивавшими свободу воли, значение нравственно-аскетических устремлений самого человека, вырабатывались основы католицизма; Аврелий Августин закладывал фундамент господствовавшего в средневековой Западной Европе мировоззрения.
На Востоке тринитарно-христологические споры в итоге привели к торжеству православия. Однако последователи осужденного константинопольского патриарха Нестория (428—431), утверждавшего, что Христос, будучи рожден человеком, лишь впоследствии стал сыном божьим, образовали свою несторианскую церковь в странах Востока — от Ирана, Средней Азии и до Китая, продолжающую существовать и в настоящее время. Монофиситство, возникшее в Византии в конце V в. как реакция на несторианство и трактовавшее соединение двух природ в Христе как поглощение человеческого начала божественным, получило особенное распространение в восточных провинциях Византии: Египте, Сирии, Армении. Оно и доныне господствует в армянской, эфиопской, коптской и «якобитской» сирийской церквах.
Со времени своего возникновения христианская церковь претендовала на то, чтобы быть вселенской, мировой. Однако, делая еще по существу начальные шаги на пути христианизации общества, сама церковь уже перестала быть монолитным образованием. Во второй половине II в. в северной Африке началась латинизация церкви (в Риме в христианской среде вплоть до III в. преобладал греческий язык), положившая начало расхождению восточного и западного направлений в христианстве, которое постоянно усугублялось различием исторических судеб восточной и западной части Римской империи. Еще Никейский собор 325 г. показал, сколь малое значение придавали тогдашние высшие восточные иерархи церкви западным епископатам. Однако руководители западной церкви так не считали. Западная церковь не только выдвинула крупных идеологов христианства, таких как Тертуллиан, Иероним и Августин, но и открыто заявила свои притязания на главенство в христианском мире. Собор 343 г. в Сардике, где преобладали западные епископы, признал главенство Рима, однако восточные епископы не согласились с этим решением. По существу это означало разделение церкви на западную и восточную. Через сто с небольшим лет собор 451 г. в Халкидоне подтвердил расхождение церквей: константинопольский патриарх был признан не только верховным по отношению ко всем восточным иерархам церкви, но и равным римскому епископу, который претендовал, однако, на то, чтобы его власть была вселенской. С Халкидона история христианской церкви перестает быть единой. Европа стала ареной постоянного соперничества двух «вселенских» владык — римского папы и константинопольского патриарха.