Идеи самостоятельности национальной церкви, независимости от папской власти вдохновляли Яна Гуса в Чехии, где в XV в. вспыхнула настоящая народная война.
Папство перестало быть вершиной «христианского мира» на Западе, который раскалывался на стремившиеся к независимости регионы. Более того, сам папский престол перестал быть единым. В папском государстве шла война, порой в конце XIV — начале XV в. одновременно существовали два, а то и три папы, боровшиеся за власть («великий раскол» или «великая схизма»).
Попыткой преодолеть эту кризисную ситуацию было развитие «соборного движения», сторонники которого считали порочным единовластие папы, призывали в церковных делах подчиняться решениям соборов, а в светских — государственной власти. Результатом «соборного движения» стало усиление автономии церквей западноевропейских стран от Рима. «Буржская прагматическая санкция» (1438 г.) даровала французской церкви «галликанские вольности», решения соборов признавались выше папских, а духовенство изымалось из-под юрисдикции Рима и подчинялось светскому суду. Подобные же изменения во взаимоотношениях местных церквей и папства произошли в Англии и других странах.
Созыв Констанцского собора (1414—1418 гг.) должен был положить конец «великой схизме». Однако его итоги оказались минимальными. Был низложен наиболее одиозный из трех сосуществовавших в то время пап — Иоанн XXIII. Григорий XII сам отказался от сана, но третий папа Бенедикт XIII воспротивился решению собора, избравшего нового папу Мартина V. «Двоепапство» сохранилось. Обсуждение реформы церкви оказалось бесплодным, но тем решительнее собор осудил еретиков Уиклифа и Гуса. Последний был приговорен к сожжению на костре. «Великая схизма» продолжалась до 1449 г., несмотря на то что пресечь ее пытались три собора. Хотя папство в конце концов кое-как справилось с «соборным движением», оно потерпело поражение в восстановлении своего духовного, а тем более политического авторитета в Европе.
В Византии церковь не имела той экономической и административной автаркии, какая сложилась в Западной Европе. В империи церкви и монастыри, хотя и были крупными феодальными землевладельцами, но так и не превратились в независимые от государства замкнутые феодальные княжества, подобно церковным вотчинам и аббатствам Запада. Православная церковь и экономически и политически в большей степени, чем католическая, зависела от государства, от имперских пожалований, теснее была связана с централизованной государственной системой.
В Византийской империи православные иерархи, за редким исключением, не претендовали на главенство над могущественной светской властью, а церковь, в противоположность западной, не являлась носительницей универсалистских тенденций, а наоборот, проповедовала единение церкви и государства. Ей была чужда доктрина римской курии о примате духовной власти над светской.
Если на Западе сложилась строго централизованная и иерархизированная церковная организация, в которой папа пользовался непререкаемым моральным авторитетом и огромной реальной властью, то на Востоке, где в теории господствовала по-прежнему система пентархии, между пятью восточными патриархами не было единства, и они не хотели признавать полного главенства одного из них. Рим и Константинополь, как отмечалось, постоянно спорили из-за первенства, в ранний же период с подобными притязаниями выступали и другие патриархии. В православной церкви церковные соборы стояли выше патриархов, и лишь они являлись создателями церковных канонов. Вместе с тем они сами подчинялись светской власти, в отличие от Запада, где церковные соборы, за редким исключением, выполняли волю папского престола.
Внутренняя организация католической церкви носила более аристократический характер. Церковная иерархия там была проведена строго последовательно, и корпоративная общность клира оказалась весьма прочной. В странах Западной и Центральной Европы католическая церковь противостояла мирянам, как особая сплоченная привилегированная корпорация, обособленность которой от мирян проявлялась в уже упоминавшихся выше привилегиях. Отмечались и догматические разногласия между Западной и Византийской церквами. В первой господствовало учение о спасительной роли церкви, в руках которой находится и оценка заслуг верующего, и отпущение его грехов. Восточное же христианство отводило более важную роль в спасении человека индивидуальной молитве и через ее посредство допускало мистическое слияние с божеством. При этом отчетливо давали себя знать идейные традиции обеих церквей: на Западе — влияние юридизма, восходящего к классическому римскому праву, на Востоке — спекулятивной греческой философии, прежде всего неоплатонизма.