Во второй половине XIV в. на севере Руси монастыри получили необычайное распространение, когда в сельской местности и в лесах на огромной территории от Москвы до Белого моря было основано выходцами из крестьян и горожан около 40 новых монастырей. Они внедряли интенсивное сельское хозяйство на основе использования дешевой рабочей силы и наряду с хозяйственной деятельностью выполняли идеологические функции.
Свои организации — клиросы — имели и городские церкви. Белое духовенство городов объединялось в клирос при церкви, в которой проводились ежедневные службы. В крупных городах было несколько таких соборных организаций (например, в Новгороде в XV в. — семь соборов). Члены клироса кафедральных соборов участвовали в поставлении священнослужителей, имели функции контроля за городскими мерами и весами, в XIV в. участвовали в суде.
Монголо-татарское нашествие и установление политического господства завоевателей над Русью изменило положение церкви. Она имела теперь дело не только с княжеской властью, но и с иноземными ханами. Признавая их, как «поставленных от бога», она за это сохранила в неприкосновенности свои владения, получила освобождение от собиравшегося завоевателями побора «выхода», от обязанностей давать войско для ханских походов, что вынуждены были делать князья. Таким образом, русская церковь, как и князья, также стала вассалом ханов, и ее иерархи получили возможность отстаивать свои интересы в Орде помимо княжеской власти. Это сделало их активными участниками политической борьбы на Руси в XIV—XV вв. Вместе с тем церковь в XIV в. нередко выступала и как идейный вдохновитель борьбы против ордынского ига, играла серьезную роль в сохранении и укреплении русской народности и в стремлении избавиться от иноверного и иноземного гнета. Так, один из ее крупнейших деятелей Сергий Радонежский, основатель Троицкого монастыря близ Москвы, как свидетельствует житийное сказание, благословил московского князя Дмитрия Донского на великую Куликовскую битву 1380 г., в которой ордынское войско потерпело сокрушительное поражение.
Миссионерская деятельность церкви была одним из средств включения соседних с русскими княжествами народностей в орбиту государственности при сохранении местных форм раннефеодальной организации и племенных князей. В 1207—1210 гг. приняли крещение часть Латгалии и Карелии, в 1227 г. была обращена в христианство почти вся Карельская земля. Принятие новой веры открывало перед «старейшинами» племен возможности поступления на феодальную службу Руси.
Активно вел христианизацию народа коми-зырян устюжанин Стефан, прозванный Храпом. Образованный монах, он не только выучил зырянский язык, но и создал для него особую (пермскую) азбуку и перевел на этот язык богослужебные книги. После прений с местными волхвами, проповедей и сожжения языческих молелен и идолов ему удалось добиться христианизации части края. В 1383 г. он был поставлен епископом новой Пермской епархии. Являясь одновременно наместником Московского великого князя в этом крае, он объединял в своих руках и светскую, и церковную власть, что способствовало успеху его деятельности. В XV в. пермские епископы уже сами вели миссионерскую деятельность за Уралом, в Западной Сибири.
Превращение на Руси христианства в господствующую идеологию приводило к тому, что выступления против существующего строя, как и на Западе и в Византии принимали форму ересей, антицерковных движений.
Наиболее важным среди таких выступлений XIV в. была ересь стригольников, возникшая в середине столетия среди демократических слоев горожан в Новгороде и получившая также развитие во Пскове в первой половине XV в. Это было рационалистическое учение, направленное против государственной церкви как организации культа. Стригольники отрицали церковную иерархию, принятую систему поставления священнослужителей, роль священников как посредников между богом и человеком, выступали против церковных таинств. Господствующей феодальной церкви они стремились противопоставить демократическую общность христиан, не владевших собственностью и возглавляемую учителями, авторитетными для верующих не своим положением, а своим примером. Таким образом, это была попытка заменить феодальную церковь далекой от реальности организацией, в которой воплощались бы раннехристианские идеалы, что было опасно и для самой церкви, и для тесно связанного с ней государства. В 1375 г. в Новгороде еретики были публично казнены, но это не смогло прекратить существование ереси, и в борьбу с ней включились московский митрополит и константинопольский патриарх.