Бескомпромиссными противниками томизма были аверроисты, развивавшие наиболее радикальные стороны учения Аверроэса. Силы их во главе с Сигером Брабантским были сосредоточены на наиболее демократическом факультете Парижского университета — факультете свободных искусств, с самого возникновения университета славившегося свободомыслием и жизнелюбием его студентов. Центральным в доктрине аверроистов было учение о едином, универсальном разуме, общем всему человеческому роду. Как таковой он вечен и неразрушим, распадаются лишь его индивидуализированные проявления, связанные с человеческой телесной субстанцией. Единый интеллект выступает гарантом истинности познания, которое доступно каждому человеку и приводит его к истине без помощи откровения. Знания, обретенные с помощью человеческого разума, ценны сами по себе, а не в их соответствии с верой, которая является совершенно особой иррациональной сферой. Поэтому речь может идти не о примирении веры и разума, а об их разграничении, т.е. о существовании «двойственной истины». Таким образом, человеческий разум выводился из-под опеки религии, философия и наука приобрели право на обособленность, что открывало новые возможности для их дальнейшего развития. Аверроисты Сигер Брабантский и Боэций Дакийский также пришли к выводам о вечности и несотворенности мира, полагая, что бог есть лишь перводвигатель, а не создатель сущего. Они отрицали бессмертие индивидуальной человеческой души.
Аверроизм был осужден католической церковью. Сигер Брабантский, поучавший «неугодным правдам» (по выражению Данте), был убит в папской курии. Однако идеи аверроизма не погибли, в XIV в. они были подхвачены в Падуанском и Болонском университетах, отчасти мыслителями Возрождения, в частности, Помпонацци, Пико делла Мирандолой и Джордано Бруно, их влияние можно обнаружить также в антипапских политических теориях Жана Жандена и Марсилия Падуанского.
В конце XIII в. против томизма выступил английский философ-францисканец Дунс Скот (ок. 1265—ок. 1308), вдохнувший новые силы в номинализм и мобилизовавший его возможности для борьбы против официальной схоластики. Учение Скота зиждется на двух фундаментальных положениях — об однозначности бытия и множественности формальных различий. Разум бесполезен для веры, но он является совершенным инструментом логического познания реального мира. Все, что касается нематериальных субстанций, — вне его компетенции, следовательно истины откровения не могут быть предметом науки, они по существу противоразумны, а мышление есть прерогатива человеческого разума. Тончайший логик (doctor subtilis) Дунс Скот важную роль в процессе познания отводил математике, эмпирико-сенсуалистическим методам. Своим релятивизмом в оценке основных постулатов христианства он объективно подрывал устои религии и в своем учении нес зародыш разрушения схоластики.
Стремление к синтезу проявилось не только в теологии и философии, но и в других сферах интеллектуальной жизни. XIII в. — это столетие «сумм», грандиозных энциклопедических сводов знания, не отличавшихся критическим подходом к собранному материалу, но стремившихся к всеохвату того, что было известно в различных областях, не обязательно строго «научных». В них могли включаться и житейские наблюдения, и моральные рекомендации, и практические соображения, различного рода описания и т.д. Обязательно присутствовало изложение основ христианской теологии. Энциклопедическая традиция, сформировавшаяся еще у истоков средневековья и столь значимая для западноевропейской культуры той эпохи, в XIII в. нашла наиболее последовательное воплощение у Винсента из Бове, который в своем исполинском «Зерцале», состоявшем почти из 10 тысяч глав, постарался дать максимально полный свод знаний своего времени.
Одним из самых популярных сочинений энциклопедического характера в XIII в. была «Книга сокровищ» Брунетто Латини, флорентийского юриста и дипломата, объездившего всю Западную Европу. Свою энциклопедию он написал на французском языке, который в то время уже начинал соперничать с латынью как средство международного общения. Латини был наставником Данте.
К XIII в. традиционно относят зарождение интереса к опытному знанию в Западной Европе. Накапливались технические изобретения, расширялись познания в медицине, химии и других науках. В период крестовых походов европейцы многое позаимствовали на Востоке. Вошли в научный оборот естественнонаучные сочинения античных авторов, арабских ученых (Аверроэса, Авиценны, Аль-Кинди и др.).