Тем не менее значение средневековых университетов для культурного развития Европы было очень велико. До их появления в Европе отсутствовала ступенчатая система образования: ее создали университеты, где были собраны магистры различного уровня учености. Университеты сыграли большую роль в распространении светского знания. Постепенно освобождаясь от церковной монополии, университеты устанавливают свою собственную монополию на образование, контролируя все школы города, округи и даже области. Университеты ускорили процесс становления светской интеллигенции. Открытые миру, они были местом встречи ученых и студентов разных стран и центрами обмена прогрессивных идей. Так, например, антицерковные выступления профессора Оксфордского университета Д. Уиклифа в 70—80 годы XIV в. нашли в начале XV в. живой отклик в трудах ректора Пражского университета Яна Гуса, смелая философия У. Оккама была развита учеными Парижского университета. Постоянной борьбой передовой общественной мысли с официальной церковной идеологией отмечена история университетов XIV—XV вв. и там, где побеждали прогрессивные силы и университетам удавалось освободиться от папского влияния, начинали развиваться экспериментальные знания, прокладывая путь зарождающейся науке.
В первой половине XIV в. ортодоксальная схоластика, стремившаяся примирить веру и разум за счет подчинения философского знания теологии, подверглась атаке со стороны ученика Дунса Скота английского мыслителя Уильяма Оккама (ок. 1300—1350). Он окончил Оксфордский университет, где были сильны традиции опытного знания, заложенные еще Роджером Бэконом. Оккам утверждал, что теология должна заниматься лишь вопросами веры и не вмешиваться в сферу разума. Задача знания — постижение реально существующих единичных вещей с помощью опыта. Общие же понятия (универсалии) являются знаками («терминами») и существуют лишь в уме, хотя и не лишены полностью объективного значения. Большой интерес представляют идеи Оккама о вечности движения и времени, о бесконечности и однородности вселенной. Однако, развив плодотворное учение об опыте, как основе и источнике познания мира, Оккам ограничил средства познания знаками («терминами» — отсюда учение Оккама называют «терминизмом»). Противоречия оккамизма в дальнейшем привели к образованию двух течений среди его последователей, которых было много во всех странах.
Центром одного из них, наиболее прогрессивного, послужившего философским обоснованием для естественнонаучного знания в XIV в., стал Парижский университет. Его представители, ученики Оккама, Жан Буридан (1300—1360), Никола Орем (1323—1382) и др. интересовались физикой, механикой, астрономией и выдвинули ряд положений, которые расходились с распространенными до этого в схоластике взглядами Аристотеля.
Орем попытался сформулировать закон падения тел, развил учение о суточном вращении земли, выдвинул идею применения координат. Альберт Сакский высказал предположения о строении земли, предвосхитившие геологические гипотезы Леонардо да Винчи, предугадал некоторые законы статики. Другой французский последователь Оккама Николай из Отрекура совсем порвал с аристотелизмом. Философы, по его мнению, вместо того, чтобы комментировать Аристотеля и Аверроэса, должны наблюдать природу. В объяснении природы Николай был близок к атомистической концепции Демокрита, считая, что реальной сущностью природы является материя, состоящая из атомов. Смелое и новаторское учение Отрекура, с которым в схоластику проникло веяние материализма, вызвало осуждение церкви, которая в 1347 г. вынудила ученого к отречению. Книги его были сожжены.
Борьба церкви с прогрессивным течением оккамизма, его неоднократное осуждение (последнее в 1474 г.) способствовали развитию и распространению, особенно в XV в., его другого направления — формально-логического, в центре внимания которого было изучение знаков — «терминов» как самостоятельных логических категорий. Схоластика вырождается в абстрактную игру слов. Словесная эквилибристика, потерявшая позитивный смысл, окончательно скомпрометировала ее, вызывая насмешки и презрение со стороны деятелей Возрождения. В XIV в. в схоластику широко проникает мистицизм. Его выразители в университетской среде Ж. Жерсон, Пьер д’Айи завершили критику аристотелизма как основы богословской системы Фомы Аквинского. Науке нет места в пропагандируемой ими «рассуждающей теологии».