Один из выдающихся «богостроителей» Александр Богданов скончался в 1928 году во время переливания крови, которое проводилось в целях обеспечения ему физического бессмертия25.
В это же время Советский Союз добился подчинения церквей и принятия ими нового политического порядка. Эта была более знакомая сфера для партии, склонной к понуждению к принятию советской жизни во всех областях. В 1922 году правительство обнаружило проблему, которая позволила бы выявить баланс сил между двумя идейными системами: всем церквям было приказано передать священную утварь, включая потиры и облачения, используемые во время таинств, в руки государства. Эта конфискация производилась под предлогом необходимости продажи этих ценностей для получения средств для жертв голода, но проблема в действительности состояла в характере взаимоотношений между церковью и государством. Хотя патриарх Тихон нехотя призвал к подчинению, желая спасти культовые объекты от разрушения, но государство начало захват церковного имущества. В процессе экспроприаций было убито более 8000 священнослужителей и произошло более 1400 яростных столкновений с возмущенными прихожанами. Состоялось 55 судебных процессов над непокорными священниками, представлявшими всю иерархию, в результате которых к расстрелу были приговорены несколько выдающихся церковных деятелей, включая и митрополита Ленинградского Вениамина, популярного и скромного священнослужителя, известного своей преданностью самой бедной части своей паствы26. Сам патриарх был заключен на короткий срок в тюрьму по приказу ОГПУ за контрреволюционную деятельность, но был выпущен на свободу после того, как согласился подписать признание, которое должно было быть опубликовано в партийной газете «Известия»: «Настоящим я заявляю советским властям, что отныне я более не являюсь врагом советской власти»27.
Пока патриарх Тихон находился в заключении, группа радикальных священников оккупировала патриаршие офисы и объявила об отделении от Православной церкви. Они образовали с одобрения властей Обновленческую, или «Живую церковь», заявив, что христианство в конце концов совместимо с моральными устремлениями социализма («каждый достопочтенный христианин должен… использовать все средства, чтобы воплотить в жизнь благородные принципы Октябрьской революции») и необходимо внедрять осовремененные формы богослужения и демократические процедуры28. Хотя к 1925 году «Живая церковь» имела 12 593 прихожан и 192 епископа, «заново родившееся» с ним христианство не придумало ничего нового, что можно было предложить верующим, и правительство лишило ее своей поддержки. Два года спустя, в 1927 году, митрополит Сергий Страгородский, старший из всех прелатов, оставшихся после смерти Тихона в 1925 году, был признан действующим главой Русской православной церкви, перед этим он также прошел через суровое заключение и вынужденное признание советской власти. 29 июля1927 года патриарх Сергий издал публичную декларацию о признании церковью Советского государства, поскольку это было «гражданское отечество», чьи радости и успехи являются нашими радостями и успехами»29. Сотни священнослужителей отказались «служить Цезарю, так как мирские дела были делом Цезаря»; к 1930 году около одной пятой всех заключенных в далеком северном лагерном комплексе Соловки были священнослужители и жертвы религиозных преследований.
К концу 1920-х годов религия сдалась, оставив все попытки политической борьбы с коммунизмом, однако глубокая религиозность большой части советского населения оставалась очевидной. По словам некоторых свидетелей, Сталин был информирован о «чуде» с плачущей Богородицей и спровоцированном им взрыве религиозного энтузиазма. На XVI съезде партии в 1930 году он заявил угрожающе, что религия является «тормозом строительства социализма», но Центральный комитет уже за год до этого принял решение, что в случае неудачи в деле искоренения религии путем дискуссий пересмотреть всю антирелигиозную кампанию30. В годы правления Сталина была подорвана культурная и институциональная жизнь всех религиозных конфессий Советского Союза, а тысячи священнослужителей были убиты или отправлены в ссылку. Начиная с 1929 года и далее идеологическая борьба против религии усиливалась и проходила под лозунгом: «Бей религию по голове каждый день своей жизни»31. К религии относились как к главному препятствию на пути модернизации советского общества и строительства коммунистической экономики, а религиозные сообщества были для режима политическими союзниками остатков капитализма.