Проблемы, связанные с необходимостью приведения в соответствие планов реальному положению вещей в стране, привели к окончательной реформе Госплана в 1938 году, которая заложила основы системы макроэкономического планирования Советского Союза послевоенного периода. Эти изменения обычно связывают с именем Николая Вознесенского, одного из представителей нового поколения экономистов, усвоивших коммунистическое мировоззрение и не запятнавших себя приверженностью к ценностям дореволюционной экономической мысли. Он стал председателем Госплана в январе 1938 года, в самом начале третьего пятилетнего плана. Во время революции он был еще ребенком, вышел в жизнь рабочим, чтобы стать в 1930-х годах путеводной звездой партийной экономической науки. Когда его поставили во главе Госплана, это был не по годам развитой молодой человек 34 лет. Его основной вклад в экономическую теорию заключался в утверждении, что бедность необходимо сделать достоинством, так как, по его мнению, экономическая система, основанная на постоянном дефиците и вынужденная преодолевать перманентные трудности, носит более революционный характер: через «активную борьбу за их устранение» система включается в творческое сражение за производство продуктов. Согласно его утверждению, экономические законы были не абстрактными препятствиями на пути развития, а ни больше ни меньше как целями производства, поставленными пролетарским государством48. Но, несмотря на это, Вознесенский смог инициировать трансформацию системы планирования в более профессиональный инструмент макроэкономического управления. 2 февраля 1938 года Госплан был разделен на две секции. Первый занимался основными макроэкономическими показателями, в него входило четыре отдела (анализа местных и региональных балансов, инвестиций, финансов и регионального или отраслевого планирования); второй сектор подразделялся на 20 отделов, ответственных за основные отрасли промышленности, внешней торговли, продуктов питания и связи. В первое время Госплан занимался контролем над экономикой всей страны49.
Затем последовали и другие изменения. Госплан теперь имел право следить и за выполнением планов, была также создана структура региональных комиссий для контроля над выполнением плана. В 1939 году Госплану было подчинено государственное статистическое управление – Центральное управление экономического учета, и его деятельность была пересмотрена с тем, чтобы обеспечить более надежное поступление статистических данных снизу. Первоначально общий план составлялся в монетарном виде и давал обобщенное представление о доходах и расходах населения, обеспечивая суммарные балансы прироста капиталов и ресурсов. До этого планы начинались с целей производства, затем производили экстраполяцию финансовых ресурсов, материалов и трудовых ресурсов, необходимых для их выполнения; теперь же планирование исходило из определения объемов финансов, материалов и трудовых ресурсов, необходимых на следующий год с тем, чтобы очертить наличные возможности, прежде чем решать, что желательно50. С тем чтобы иметь возможность справиться с более сложными задачами планирования, число народных комиссариатов было расширено. В 1938 году их число выросло с 5 до 22, сюда входили и 6 непромышленных комиссариатов, ответственных за сельское хозяйство и транспорт. После 1938 года они работали над формированием и уточнением планов в тесном взаимодействии с Госпланом. У каждого комиссариата имелись главки, опиравшиеся на функциональные и территориальные подразделения и, таким образом, являвшиеся передаточным звеном между планирующими органами и отдельными предприятиями51. Постепенно характер управления экономикой изменился – было введено контролируемое государством планирование. Реформированная система оставалась неизменной и после смерти Сталина в 1953 году. Однако к Вознесенскому фортуна оказалась менее благосклонной. В 1948 году он столкнулся с завистливой натурой Сталина, когда написал собственный учебник по коммунистической экономике. После того как его арестовали и подвергли пыткам, заставляя признать абсурдные обвинения в шпионаже и саботаже, он был расстрелян в 1950 году.