С самого начала вторжения 22 июня 1941 года подразделения полиции безопасности (четыре айнзацгруппы) и войска стали уничтожать не только евреев, находящихся на государственной службе и в партии, но и всех евреев, которых считали угрозой наступающей армии. Эти акты представлялись как следствие неразберихи и нескоординированный процесс, вызванный местными инициативами и различием в интерпретации широких и рекомендательных указаний, даваемых Гитлером из своего штаба. Акции стали более кровавыми после того, как немцы рекрутировали местных энтузиастов-антисемитов в тех регионах, которые Германская армия стремительно оккупировала. Германская служба безопасности сразу же установила контакт с местными антисемитскими группами. Всего через три дня после вторжения, германские офицеры службы безопасности воодушевили литовских милиционеров в Ковно на погром, и в ту же ночь 1500 евреев были убиты с особой жестокостью. 2 июля Германское командование сподвигло местную полицию в Риге на убийство 400 евреев, а все еврейские синагоги в городе были сожжены153. В Белоруссии и на Украине тысячи евреев были зверски убиты не-немцами, иногда с подсказки, а иногда по собственному побуждению. И наконец, более одного миллиона евреев были убиты в ходе так называемой «дикой резни», и еще сотни тысяч были загнаны во временные гетто, где они были лишены средств к поддержанию жизни и умирали от голода, болезней и холода154.
Последовавшее затем в 1942 году расширение программы убийств с целью охвата всех евреев Германии и оккупированной Европы, таким образом, не было решением совершать геноцид. Принципиальное решение уничтожать определенные категории евреев, потому что они представляли собой самых опасных врагов германского народа, было принято весной 1941 года.
Массовые убийства евреев именно как евреев началось в июне 1941 года и продолжалось на протяжении всего оставшегося времени существования Рейха. В 1941 году Герман Геринг уполномочил Гейдриха найти «окончательное решение» для еврейского населения, что, даже в самой скромной трактовке, означало разрушение общин и массовую депортацию, физическое уничтожение тех элементов, которые рассматривались как наиболее опасные. Переход к решению еврейского вопроса в форме геноцида летом 1941 года был отмечен сотнями наспех вырытых котлованов, траншей и противотанковых рвов, служивших импровизированными массовыми захоронениями на всей территории оккупированного востока.
Единого документа или одного-единственного решения, объясняющего постепенное расширение политики уничтожения, охватывающей все еврейское население, не существует. Окончательное решение стало всеобъемлющим геноцидом постепенно, ход процесса убыстрялся с каждым убийственным шагом. В августе 1941 года по мере все большего вовлечения Америки в войну, свидетельством чего стала публикация англо-американской хартии 14 августа 1941 года, на востоке происходила эскалация политики массовых убийств155. В середине августа айнзацгруппы получили инструкцию Гиммлера начать убивать женщин и детей наряду с евреями мужского пола. В Сербии мужчин евреев зверски убивали уже с сентября. В Галиции и Западной Польше (Вартегау), областях оккупированной Польши, еврейские общины окружали и убивали в течение осенних месяцев. В сентябре Гитлер наконец одобрил депортацию германских и австрийских евреев, которая была отложена в 1939 году. Первые депортации начались 15–18 октября и к началу ноября почти 20 000 евреев были отправлены в гетто, где негерманских евреев убивали для того, чтобы освободить место для вновь прибывших. В ноябре 1941 года в Ковно был умершвлён один из первых транспортов с 5000 германских евреев, хотя команды на это из Берлина не было. К этому времени тысячи евреев, негодных к рабскому труду, систематически убивали как «бесполезных едоков» на всех оккупированных восточных территориях156.