Хотя советские лагеря были особо жестокими и доводящими до отчаяния тюрьмами, они никогда не были предназначены стать центрами уничтожения людей. Война внесла существенные, но различные изменения в структуру советских лагерей. Уже перед войной в 1940 году и в начале 1941 года, Берия начал процесс децентрализации и рационализации системы ГУЛАГа. Каждая принципиальная отрасль экономики, пользовавшаяся принудительным трудом узников ГУЛАГа, стала контролироваться отдельным Главным управлением, в задачу которого входили обеспечение выполнения квот производства и максимальное повышение результатов производства. Всего их было пять, по одному органу для промышленного строительства, горнодобывающей и металлургической промышленности, железнодорожного строительства, лесозаготовительной отрасли и строительства шоссейных дорог. В результате, в системе, уже изобилующей административными аббревиатурами, возникло огромное количество новых труднопроизносимых и малопонятных акронимов37. Эти изменения указывают на ту степень, до которой логика использования труда заключенных лагерей для решения экономических задач, в конечном итоге превратило ГУЛАГ в социалистический индустриальный трест, жизненно важный для экономического развития, а после 1941 года, жизненно необходимый для поддержания военных усилий страны. В военное время совокупная рабочая сила лагерей составляла примерно десятую часть всех занятых в промышленности трудовых ресурсов38.
Германское вторжение грозило катастрофой для всей системы управления лагерями, поскольку многие из них располагались на пути наступающего врага. Наряду с эвакуацией на восток квалифицированных рабочих, оборудования и машин, НКВД сумел организовать переезд 27 концентрационных лагерей и 210 исправительно-трудовых колоний вместе с более чем 750 000 заключенных39. Несчастные заключенные были скучены в оставшиеся лагеря, в ожидании постройки новых, и, по-видимому, это объясняет желание ГУЛАГа передать заключенных для работ на более чем 40 различных комиссариатов, работающих по военным контрактам. Эти вынужденные рабочие были прикреплены к конкретным предприятиям, в результате была создана огромная сеть временных, более мелких лагерей, подобных тем, что были в Германии, вблизи к тех мест, где должны были производиться работы. Примерно 380 таких лагерей уже действовали к концу войны, и в них содержались более 200 000 заключенных. К 1945 году под управлением ГУЛАГа также находились 53 основных строительных лагеря с 667 более мелкими подчиненными им лагерями, а также 475 колоний40. В процессе децентрализации тюремного населения произошел новый поворот по мере обострения нехватки людских ресурсов, которые испытывали вооруженные силы. Это были в основном обычные преступники; приговоры политическим заключенным были на время заморожены. Так же, как и в Германии, режим хотел избежать риска того, внутреннее пораженчество ослабит силу сопротивления. Солдаты-заключенные обнаружили, что эта свобода – палка о двух концах. Их организовали в специальные штрафные подразделения и отправили в самые опасные места41.