Данишевский подчинялся непосредственно Троцкому, не терпевшему малейших возражений. Троцкий, при поддержке Ленина, инициировал массовые расстрелы красноармейцев и командиров. Первый такой случай имел место 29 августа 1918 года под Свияжском. Тогда было расстреляно 20 человек, по принципу так называемой децимации, то есть казни каждого десятого. Военно-революционный трибунал безжалостно расстреливал дезертиров, порою в огромных количествах сбегавших с фронта, а также так называемых заложников.
Официально институт заложничества был введен наркомом внутренних дел Петровским Г.И. в постановлении о красном терроре в качестве одной из составляющих этой жуткой системы. Троцкий поставил на широкий поток привлечение офицеров на службу в Красной Армии с октября 1918 года. При этом во избежание перехода офицеров на сторону белых заложниками становились их семьи.
В третьей декаде января 1919 года, ЦК партии (без участия Сталина) принял циркулярное письмо об отношении к казакам, в котором признавал «единственно правильным самую беспощадную борьбу со всеми верхами казачества путем поголовного их истребления», без всяких компромиссов и половинчатости. Однако спустя почти два месяца подобное отношение к казакам было признано неверным.
Вскоре после тесного общения со старшим по рангу Сталиным, через три недели после их совместной поездки на Восточный фронт, Дзержинский представил ВЦИК экстренные меры по реорганизации чрезвычайных комиссий и ревтрибуналов. К тому времени «уездные чрезвычайные комиссии, в общем, были распущены», — доложился глава ВЧК.
Несомненно, Сталин оказал на него определенное влияние по ликвидации жуткого диссонанса в действиях ВЧК и ревтрибуналов. Устранялся параллелизм этих двух органов, проводилось «разделение труда и взаимное дополнение».
Гражданская война близилась к завершению, и Ленин несколько умеряет свой пыл по борьбе с контрреволюционерами. Менее чем через год, в середине января 1920 года, со страниц «Правды» Дзержинский торжественно объявил о прекращении применения «высшей меры наказания (расстрел) по приговорам ВЧК и всех ее местных органов»…
Первым большевистским наркомом внутренних дел был А.И. Рыков, пробывший на этом посту всего 9 дней и подписавший лишь декрет об учреждении рабочей милиции. Когда Рыков и другие наркомы сложили с себя «звания» народных комиссаров, французский социалист Жак Садуль записал высказывания их коллеги Александры Коллонтай. Она оценила поступки отставников, как дезертирские. «Что до нее лично, — заявила мужественная женщина, -то она останется на своем посту (наркома государственного призрения — М.А.), хотя у нее вызывают опасение взбалмошность, импульсивность, нервозность Троцкого и слишком теоретические тенденции Ленина».
Как очевидно, в революционной горячке способность критически мыслить не была утеряна некоторыми большевиками. Не случайно Коллонтай достаточно успешно продолжила свою карьеру советского чиновника.
После демонстративного ухода Рыкова нежданно-негаданно наркомом внутренних дел становится уроженец Украины, бывший слесарь Петровский. Петровский по мере способностей организует деятельность милиции. Он был в числе тех, кто подписал смертный приговор Каплан и постановление СНК о красном терроре.
Начиная же с марта 1919 года, должности наркома внутренних дел и руководителя ВЧК совмещает Дзержинский. С этого же времени начинается карьера в ВЧК близкого родственника Свердлова Генриха Ягоды (Еноха Иегуды).
Первым фиктивным наркомом, только юстиции, был также Г.И. Оппоков (литературный псевдоним — Ломов), отпрыск высокопоставленного саратовского банкира. Подобно некоторым другим «наркомам» он становится объектом ленинского метода подбора членов правительства. Когда большевистский переворот осуществился, вождь, поймав в коридоре Смольного кого-нибудь из хорошо знакомых ему подпольщиков, не выпускал «жертву», пока не добивался от нее согласия занять пост наркома. В день утверждения его наркомом юстиции Оппоков ретировался в Москву под предлогом заочного избрания в состав Московского ВРК.
Всю работу по организации комиссариата юстиции практически с пустого места пришлось начинать бывшему адвокату П.И. Стучке. Последнему первоначально довелось заниматься этим менее месяца.
Постановлением ВЦИК от 13 декабря наркомом юстиции утверждался бывший помощник присяжного поверенного левый эсер И.З. Штейнберг. Сильный полемист, Штейнберг многократно и безуспешно пытается поставить под контроль своего наркомата действия ВЧК. Он тщетно добивался также, чтобы царское законодательство служило основой для пролетарского суда.