Основные тезисы своей работы Берия изложил на собрании партийного актива в Тбилиси 21 — 22 июля 1935 года, затем она была издана под названием «К вопросу об истории большевистских организаций в Закавказье».
До 1939 года эта книга выдержала пять изданий. Тем самым Берия стал соавтором фальсифицированной истории партии, к которой постоянно добавлялись новые главы.
Наряду с этим Берия не забывал об устранении настоящих свидетелей исторических событий и честных политиков. Большинство партийных деятелей Закавказья не пережили эпоху «больших чисток». Берия был настолько типичным представителем «нового поколения», что не гнушался лично участвовать в расправах. Достоверные данные свидетельствуют о том, что Берия лично застрелил руководителя Компартии Армении А. Ханджяна в своем кабинете. В июле 1936 года этот случай был представлен как самоубийство. Он был организатором убийства Нестора Лакобы, члена бюро ЦК Компартии Грузии. Через несколько дней после самоубийства Орджоникидзе в феврале 1937 года были арестованы Мдивани и Окуджава, в июле их расстреляли.
20 декабря появилось сообщение о том, что четырьмя днями ранее аналогичная судьба постигла Енукидзе и Орахелашвили. В 1938 году жертвой террора стал Картвелишвили. Такой же конец ждал и менее известных деятелей. Наряду со свидетелями первых шагов революционного движения заставили замолчать и тех, кому приписывалось участие в марксистских кружках, руководимых Сталиным. К подготовке этих репрессий Берия имел непосредственное отношение.
После полутора лет «ежовщины», особенно десяти месяцев вслед за мартом 1937 года, наступил своеобразный поворот, который принес Пленум ЦК ВКП(б) в январе 1938 года. На нем было принято постановление «Об ошибках парторганизаций при исключении коммунистов из партии, о формально-бюрократическом отношении к апелляциям исключенных из ВКП(б) и о мерах по устранению этих недостатков». Это явилось новым примером политического цинизма Сталина.
В период ежовского террора Генсек оставался на заднем плане, он выдвигал вперед прежде всего своих ближайших сотрудников, сохраняя тем самым за собой свободу маневра. И теперь можно было подумать, что постановление принято по его инициативе, что он останавливает машину расправ, которую до сих пор направлял, хотя со стороны казалось, что делал это не он, а аппарат НКВД.
В газетах публиковались статьи о пересмотре отдельных приговоров, о привлечении к ответственности виновных лиц, о восстановлении в партии отдельных коммунистов. Одной из составных частей этих отвлекающих маневров было дальнейшее продвижение Берии, его появление во главе аппарата органов внутренних дел.
Он был вызван в Москву в конце июня 1938 года, затем в июле был назначен первым заместителем наркома внутренних дел. Когда же в декабре он занял место Ежова, Сталин смог перед общественностью переложить ответственность за террор на бывшего наркома. В лице Берии вождь приобрел, если это вообще можно себе представить, еще более сговорчивого исполнителя, чем Ежов. Сталин знал о некоторых темных моментах биографии Берии. Нарком здравоохранения Каминский на одном из пленумов ЦК в 1937 году вскрыл связи Берии с мусаватистской охранкой, да и Ежов собрал к весне 1938 года толстое досье на своего будущего преемника.
Со сменой караула в НКВД началась чистка тех, кто сам проводил чистки. Сотрудники Ежова были отстранены, на их место пришли люди Берии, в основном из Грузии. После 1953 года их официально стали называть «бандой Берии». Казалось, что обстановка несколько смягчилась, меньше стало арестов, однако никто из репрессированных известных партийных руководителей не был освобожден, и почти никто не был отпущен из исправительно-трудовых лагерей. Действие механизма террора тогда, с конца 30-х годов, регулировалось и на основе хозяйственных соображений. Целая система трудовых лагерей была нацелена на максимально полное использование рабочей силы заключенных. То, что не сумел завершить Ежов, довел до конца Берия. В 1939, 1940 и даже 1941 годах жертвами террора стали многие — от Р. И. Эйхе, А. С. Бубнова и маршала А. И. Егорова до В. Э. Мейерхольда, М. Е. Кольцова и И. Э. Бабеля. Был уничтожен целый ряд видных представителей интеллигенции и военачальников.
Берия сумел значительно укрепить свои позиции. В качестве полновластного руководителя карательных органов он входил в состав самого высшего руководства страны вплоть до смерти Сталина.
10 июля 1953 года было опубликовано сообщение о том, что Пленум ЦК КПСС исключил Берию из партии за преступную деятельность, тогда же он был лишен всех государственных постов (позднее стало известно, что он был арестован 26 июня).