8 августа Сталин был назначен Верховным Главнокомандующим Вооруженными Силами СССР. Он возглавлял Ставку Верховного Главнокомандования. С 19 июля он занял пост наркома обороны, освободив от этой должности С. К. Тимошенко. В начальный период войны Главнокомандующий не проявил своих полководческих способностей. Современники единодушно отмечают его чрезвычайную способность разбираться в обстановке, огромную работоспособность и исключительную быстроту, с которой он осваивал и запоминал даже мельчайшие технические детали. Но его представления о стратегии были в определенной мере устаревшими, они были связаны с опытом гражданской войны.
Мы уже отмечали склонность Сталина отвергать идеи о стратегической обороне. Большой вред принесло в начале войны его стремление постоянно навязывать советским войскам наступление. Даже в условиях катастрофического положения на Западном фронте в первые дни войны Сталин понуждал к наступательным боям. Под Москвой он нетерпеливо подстегивал войска к переходу в контрнаступление, когда сил хватало только для обороны. После успешного наступления под Москвой советские войска к лету 1942 года опять попали в стратегически невыгодное положение.
Согласно мемуарам некоторых генералов, занимавших высшие посты в Генеральном штабе, мышление Сталина было схематично, он не терпел, когда ему высказывались возражения. Им были допущены немалые ошибки в подборе командного состава, затем некоторых выдвинутых им самим лиц Сталин необоснованно обвинил в предательстве. Были отданы под трибунал и расстреляны генерал армии Д. Г. Павлов, командующий Западным фронтом, и ряд подчиненных ему генералов и высших офицеров.
Ряд исследователей утверждают, что именно личный пример Сталина помог остановить поток бегущих из Москвы. Однако некоторые историки подвергают сомнению то, что Сталин находился в Москве в критические дни обороны столицы. Так, по мнению Р. Медведева, в момент паники, начавшейся 16 октября, он тоже покинул город и несколько дней отсутствовал. Другие исследователи полагают, что его отсутствие было более длительным.
В ходе планирования контрнаступления под Москвой Сталин требовал, чтобы советские войска наступали по широкому фронту, хотя в то время ощущалась нехватка людских и материальных резервов. Он настаивал на продолжении наступления, несмотря на то что заметно иссяк наступательный порыв войск. Известно, что Сталин отклонял предложения Жукова о перегруппировке войск.
В ходе своего летнего наступления 1942 года немцы встретились с уставшими, измотанными войсками, и это, естественно, облегчило им выполнение поставленных задач. Как и летом 1941 года, советское командование неверно оценило направление главного удара гитлеровских войск, так как предполагалось, что и летом 1942 года немцы опять двинутся на Москву. А они начали наступать на Юго-Восточном направлении. К тому же Сталин уверовал, что война может закончиться в 1942 году. Именно поэтому были запланированы наступательные операции у Харькова и в Крыму. Наступление на юге завершилось провалом — в ходе «керченской катастрофы» за один месяц было потеряно 200 тысяч человек, огромное количество военной техники, тяжелой артиллерии.
К. Симонов писал об этом: «Хочу привести пример операции, в которой наглядно столкнулись истинные интересы ведения войны и ложные, лозунговые представления о том, как должно вести войну, опиравшиеся но только на военную безграмотность, но и на порожденное 1937 годом неверие в людей… Один из наших писателей-фронтовиков писал мне следующее: „Я был на Керченском полуострове в 1942 году. Мне ясна причина позорнейшего поражения. Полное недоверие командующим армиями и фронтом, самодурство и дикий произвол Мехлиса, человека неграмотного в военном деле… Запретил рыть окопы, чтобы не подрывать наступательного духа солдат. Выдвинул тяжелую артиллерию и штабы армии на самую передовую и т. д. Три армии стояли на фронте 16 километров, дивизия занимала по фронту 600 — 700 метров, нигде никогда я потом не видел такой насыщенности войсками. И все это смешалось в кровавую кашу, было сброшено в море, погибло только потому, что фронтом командовал не полководец, а безумец…“ Характеризуя Л. З. Мехлиса, который в то время являлся заместителем наркома обороны, начальником Главного политуправления РККА и находился на фронте в качестве представителя Ставки, Симонов добавляет: „Это был человек, который в тот период войны, не входя ни в какие обстоятельства, считал каждого, кто предпочел удобную позицию в ста метрах от врага неудобной в пятидесяти, — трусом. Считал каждого, кто хотел элементарно обезопасить войска от возможной неудачи, — паникером; считал каждого, кто реально оценивал силы врага, — неуверенным в собственных силах. Мехлис при всей своей личной готовности отдать жизнь за Родину был ярко выраженным продуктом атмосферы 1937 — 1938 годов“.
Наступление под Харьковом также было неудачным. После начального успеха советского наступления немцы развернули контрнаступление и окружили войска Красной Армии. И хотя начальник Генерального штаба предлагал это сделать раньше, Сталин отдал приказ о приостановке наступления, когда уже было поздно. Две армии попали в окружение. На Южном фронте немцы почти беспрепятственно продвигались вперед. В этот момент отчаянного положения Сталин отдал свой известный приказ № 227, в котором было сформулировано требование: «Ни шагу назад!» Позади линии фронта были поставлены заградительные отряды.
Осенью 1942 года немцев удалось остановить уже в глубине страны — на Кавказе и на Волге. Решающую роль сыграл массовый героизм советских людей, который творил чудеса. Грандиозное сражение произошло в районе города, названного в честь Сталина, в прошлом Царицына. 23 августа 600 немецких самолетов подвергли город бомбардировке, в тот же день сухопутные части вермахта в 7 километрах к северу от города вышли к Волге. Бои шли за каждую пядь земли, за каждый дом. 15 октября немцы заняли тракторный завод. В руках советских войск оставалась полоса вдоль реки шириной в несколько сот метров.