Максвелл, рассказывает Шустер, если он был здоров, «ежедневно посещал лабораторию и обходил помещения, в которых производились работы. Он расспрашивал о ходе опытов, но обыкновенно больше говорил о том, что занимало в ту минуту его мысли, так как он всегда был до такой степени поглощён собственными идеями, что не мог сразу переключиться на новый предмет. Случалось, он ничего не отвечал на обращённый к нему вопрос, заставляя сомневаться, слышал ли он его, но на следующий день он обыкновенно начинал свой разговор так: «Кстати, вы вчера задали мне вопрос, я подумал о нём...» Затем следовал глубоко обдуманный, побуждающий к исследованию ответ. Тем, кто вступал с Максвеллом в отношения, запомнились его тонкие и остроумные замечания, придававшие такую прелесть его беседе. В то время, насколько я помню, мысли его были особенно заняты тем, что теперь называется равномерным распределением энергии. Работы Больцмана были только что опубликованы, и Максвелл, казалось, с ними соглашался, хотя и с некоторым колебанием: он не видел, как далеко они могут завести...»
Одетый скорее удобно, чем элегантно, среднего роста, плотный, Максвелл напоминал сельского джентльмена с севера Англии. Его редко видели гуляющим без собаки, а то и двух — Тоби и Гуни. С Тоби он часто появлялся в лаборатории. Казалось, он зашёл сюда случайно, посреди прогулки или что он создаёт видимость этой случайности. Но было не так: одно время Тоби активно участвовал в опытах. Он ориентировался в лаборатории, как у себя дома и был знаком с действием некоторых аппаратов. Электрические разряды, например, всегда вызывали у него беспокойство. Его то натирали кошачьей шкуркой, усадив на изолирующую подставку, то пропускали по нему ток от машины. При этом, сидя у ног хозяина, он лишь тихонько рычал, словно это помогало ему сохранить «душевное равновесие». В конце концов Максвелл сказал: «Лучше живая собака, чем мёртвый лев!» и прекратил опыты над своим любимцем.
Немало времени у Максвелла уходило на участие в долах по руководству университетом. Как член комиссии по подготовке закона об экзаменах, он старался убедить своих коллег, что научные занятия в университете должны вестись в тесном союзе с другими научными учреждениями, что в работы по математике необходимо включать и задачи из разных отделов физики, что естественникам — для широты развития — следует «поддерживать живую связь с гуманитарными курсами Кембриджа». Обеспокоенный состоянием английской науки, Максвелл писал, что растёт число профессоров и студентов, увеличивается количество учебников и популярных книг, а «творческая исследовательская работа — источник благосостояния нации — падает. Польза, которую учёный, как таковой, приносит нации, измеряется количеством новых знаний, которыми он её обогащает ...нам нужны ещё Фарадеи, другими словами, нужны люди, работающие над созданием новых знаний». Он говорит: «для развития науки требуется... не только, чтобы люди мыслили вообще, но чтобы они концентрировали свои мысли на той части обширного поля науки, которое в данное время требует разработки».
Сам он увлечённо занимался и небольшими, и частными вопросами (например, мог писать о способе выведения жирных пятен с одежды), но вместе с тем — такова особенность его гения — он умел намечать что называется магистральные проблемы, которые на десятилетия предопределяли направление развития научной и технической мысли.
1869 год — крупнейшая веха в истории науки: Менделеевым открыта периодическая система элементов. Максвелл проявляет большой интерес к атомистике и строению вещества. В Британской энциклопедии печатается серия его популярных статей—«Молекулы», «Атом», «Строение тел», «Эфир»... Будучи сторонником атомистического учения Демокрита, Эпикура и Лукреция, он придерживался концепции неизменных атомов и молекул. «Они остаются такими, какими создал их творец». Однако он готов повторить вслед за Фарадеем: «Я не люблю слова атом» (в смысле «неделимый»). Его статья «Атом» начинается определением: «Атом есть тело, которое нельзя рассечь пополам». И — почти одновременно — и своей прекрасной популярной книге «Материя и движение» (1873) он писал: «Даже атом, если мы рассматриваем его, как нечто способное к вращению, должен быть представляем состоящим из многих материальных частичек». Понятия дискретности и непрерывности Максвелл рассматривал, не отдавая предпочтения ни тому, ни другому, допуская, так сказать, возможность и того и другого. «Всякое наше знание как о времени, так и о месте в сущности относительно»,— писал он. И это отсутствие предубеждённости позволяло ему, не владея ещё достоверным знанием, проявлять большую широту в мыслях, в догадках, в прогнозах. «Великой задачей учёных нашего века является распространение наших знаний о движении вещества от тех случаев, в которых мы можем видеть и измерять движение, к тем, в которых наши чувства не могут его обнаружить». Заявление Максвелла о том, что должны существовать «молекулы электричества», было встречено, даже его учениками, скептически. Об этом вспомнили лет через двадцать, когда был открыт электрон. Максвелл был единственным, пожалуй, в Европе учёным, оценившим значение термодинамических работ американского физика-теоретика Гиббса. Словно бы предвосхищая появление гипотезы Планка, Максвелл говорил тогда: «Принципы термодинамики бросают яркий свет на все явления природы и, вероятно, многие важные применения этих принципов могут быть получены в будущем».