Вся эта обстоятельная работа была предпринята Макаровым исключительно в целях самообразования, из желания лучше овладеть своей профессией, так как командир корабля был не таков, чтобы прислушиваться к советам мичмана.
На Дальний Восток «Тунгус» шел около семи с половиной месяцев. Выйдя 2 ноября 1870 года из Кронштадта, он прибыл во Владивосток 14 июня 1871 года. Здесь Макарова ожидало радостное известие: приказ от 1 января 1871 года о производстве его за отличие в лейтенанты. Случай столь быстрого производства офицера в следующий чин в мирное время не имел примера. Мичманом Макаров пробыл всего лишь полтора года. Как выяснилось потом, инициатива производства исходила от адмирала Бутакова.
Повидимому шхуна «Тунгус» не пользовалась доброй славой; все с нее бежали. Лишь только корабль пришел во Владивосток, как списались с корабля старший офицер и командир. Макарову, оставаясь ревизором, пришлось их заменять. Он отнюдь не жалел об уходе командира, которого не любил и не одобрял ни его порядков, ни его морского искусства. Макаров надеялся, что его самого назначат командиром «Тунгуса» — благо теперешний его чин не препятствовал этому. Тогда он сможет проверить свои наблюдения и расчеты. Кроме того, таков назначение было, конечно, лестно для самолюбия двадцатитрехлетнего моряка. Но вот прибыл вновь назначенный командир, и надежды Макарова разрушились. «День поистине невеселый, — пишет он в дневнике, — тяжелое состояние и отвратительное настроение».
Это отвратительное настроение, не покидавшее Макарова с момента прибытия нового начальника, и возникшая под влиянием всего случившегося мысль о бесперспективности дальнейшей службы привели его к решению вовсе оставить военный флот и посвятить себя гражданской деятельности. Здесь, полагал Макаров, перед ним раскроются более широкие перспективы, здесь он свободно сможет применить свои силы и инициативу. Загруженный работой на «Тунгусе» до последнего предела, исполнявший три ответственных обязанности и занятый выгрузкой на берег привезенного из России груза, Макаров с трудом урвал время, чтобы съездить на берег, когда шхуна прибыла в Николаевск. Он случайно встретил в Николаевске своего старого товарища по «Богатырю» — Изенбека, пожаловался ему на тяжесть и бесперспективность службы на «Тунгусе» и сообщил, что хочет оставить флот. Изенбек всячески приветствовал это решение и усиленно предлагал Макарову перейти к нему на службу в созданное им «высочайше утвержденное товарищество пароходства по рекам Амурского бассейна». Прельщенный широкой организацией дела и заманчивыми планами Изенбека развернуть впоследствии и морские рейсы за чайным грузом в китайские порты, Макаров согласился перейти на службу в пароходство и с радостью рассказал об этом своему бывшему преподавателю истории и географии Якимову, который попрежнему жил в Николаевске.
Опытный и дальновидный Якимов сказал Макарову, что он, Якимов, считает такое решение в корне неправильным. «Вы, — говорил он своему бывшему воспитаннику, — совершаете смертный грех, покидая флот, где вас ожидает великая будущность». Пароходное предприятие Изенбека также не внушало никакого доверия Якимову. Оно привлекательно, — говорил Якимов, — лишь для неопытных новичков, падких до высоких окладов и не видящих, что кипучая созидательная деятельность товарищества не имеет под собой прочного основания. Якимов заявил, что он лично отправится к Изенбеку и будет просить его именем старой дружбы отказать новому пайщику в приеме на службу в товарищество. Впрочем делать это ему не пришлось.
Пока шли переговоры Макарова с Изенбеком, и Якимовым, пришла депеша. Макарова спешно вызывали в Петербург, где он должен был поступить в распоряжение генерал-адъютанта адмирала А. А. Попова. Какова будет новая работа в столице и в какую форму выльются его взаимоотношения с бывшим начальником, Макаров не знал. Он колебался, как поступить: ехать ли в Петербург или оставаться в Николаевске и переходить на службу к Изенбеку. Однако Якимов убедил Макарова отправиться в Петербург. Распрощавшись с родными и знакомыми, Макаров уехал в столицу.
Несмотря на то, что плавание на «Тунгусе» было для Макарова очень неприятным, оно во многом углубило его морской опыт и дало ему хозяйственные навыки, хотя в то же время оторвало его не только от жизни флота, но и от исследовательских работ в области непотопляемости судов. Он думал теперь, что не только он сам позабыт, но позабыты и все его проекты.