Макаров всегда с отвращением относился ко всякого рода беспорядкам, суете и бестолковщине. «Тайна делать все и делать хорошо, есть тайна порядка распределять свое время, — говорил Макаров. — Порядок — это здоровье». Не терпел Степан Осипович также и пространных разглагольствований, переливаний из пустого в порожнее и канцелярской волокиты. Обладая способностью схватывать на лету, с полуслова иногда весьма запутанное положение или мысль, он сам, однако, вовсе не требовал того же и от других. Он не сердился, не нервничал, если его сразу не понимали, или понимали, но не вполне четко и понятно, не торопясь разъяснял он суть дела, пока не убеждался, что слушатель овладел его мыслью полностью. Больше всего Макарова раздражало слепое, пассивное повиновение, которое он считал вреднейшим проявлением угодничества и человеческой безличности. «Пассивное повиновение, — говорил он, — это почти то же, что пассивное сопротивление». По его мнению всякий, даже самый малый чин, не только имел право, но и обязан был, не кривя душой и не подхалимствуя, по совести высказывать перед кем бы то ни было свое мнение и дать если нужно совет. Только такой человек, — говорил Макаров, — имеет право претендовать на уважение. Ведь и сам Макаров, когда он был убежден в своей правоте, шел напролом, не уступая никому, даже «великим князьям» и другим членам царской фамилии. Случалось и так, что он ставил вопрос об отставке, и «наверху», зная о его неспособности идти ни на какие компромиссы, зачастую уступали. Подлиз и хамелеонов, способных перекрашиваться в любой цвет, Макаров не выносил. Каждый из приходивших к нему с каким бы то ни было делом мог свободно высказывать свое мнение, нередко несогласное с мнением самого Макарова; адмирал не видел в этом ни умаления своего престижа, ни подрыва дисциплины. «Самодуры не создают дисциплины, а только развращают людей, — неоднократно повторял Степан Осипович, — весь мой дисциплинарный устав укладывается в одну фразу: «не только за страх, но и за совесть».
Точность Макарова в выполнении своих обязанностей вошла в Кронштадте в поговорку. Намеченное дело никогда не откладывалось и не отменялось, а проводилось при любых условиях. Требовал такой точности Макаров и от других. Однако не всем это нравилось. В Кронштадте было немало людей, рассматривавших энергичное и точное исполнение обязанностей как причуды «беспокойного адмирала». Чаще всего это были люди, служившие ради выгод, приносимых им должностью, привыкшие жить при предшественниках Макарова тихо и покойно.
В Макарове же всегда был какой-то хороший юношеский задор. Он любил море всей душой. Свист ветра, бешеная пляска волн, пена и брызги радовали его, В бурном море он чувствовал себя прекрасно, оно зажигало его страстью к борьбе, к преодолению трудностей.
Осенью 1902 года эскадра контр-адмирала Штакельберга, заботливо приведенная Макаровым в полный порядок, должна была выходить на Дальний Восток, в Порт-Артур. Съемка с якоря была назначена в десять часов утра. В ночь накануне отхода задул свежий юго-западный ветер, к утру начался шторм, и связь рейда с берегом прекратилась.
По традиции, главный командир перед самым уходом судов в дальнее плавание выходил на рейд, производил смотр эскадре и прощался с экипажем. На эскадре Штакельберга, полагая, что катер с адмиралом из-за большой волны не сможет выйти на рейд ранним утром, запросили штаб Макарова по семафору: не отменяется ли поход главного командира? Макарову такой вопрос, содержащий в замаскированной форме совет не выезжать, не понравился. Он отдал приказ: «форма — пальто». Это значило, что по случаю штормовой погоды разрешается офицерам быть во время визита адмирала не в парадной форме, а в пальто. К назначенному времени, в 8 часов утра, на Петровской пристани собрался в полном составе штаб Макарова. Среди собравшихся несколько пожилых тучных адмиралов пожимались от резкого ветра. На их лицах было написано недоумение и недовольство. Приехал Макаров, быстро прошел на пристань, наскоро поздоровался и, взглянув на прыгающие у сходней катера, сказал: «на этих не выгресть!» Адмиралы обрадовались. Кто-то предложил поход отменить, а эскадре послать прощальный сигнал: «желаю благополучного плавания». Сделав вид, что он этого предложения не слышал, Макаров отдает приказание подать ледокол № 2. Уже в гавани ледокол бросало на волне, когда же вышли за ворота, его стало так трепать, что в самом деле казалось, — благоразумнее послушаться адмиралов и вернуться обратно. Но опытный шкипер из отставных боцманов быстро выровнял пароход и повел его на Большой рейд к эскадре. С берега следили, как, зарываясь в волнах, вздымая тучи брызг и пены, ледокол смело пробирался вперед.