2004 год
В рамках турнира "Pride Heavyweight Grand Prix 2004" Фёдор встретился с бывшим чемпионом "UFC" и победителем "Pride Grand Prix 2000" Марком Коулменом. Американец сразу сделал результативный проход в ноги и установил доминирующую позицию в партере, после чего попытался наносить удары в "граунд-энд-паунде", но был пойман на "рычаг локтя". Бой занял чуть больше двух минут и продемонстрировал разностороннюю подготовку Фёдора, способного завершать бои против сильных противников и снизу.
На втором этапе турнира Фёдор вышел против тренировочного партнера Коулмена, Кевина "Монстра" Рэндлмена, в бою, ставшем одним из наиболее известных в истории спорта. Несмотря на то, что Рэндлмен, один из немногих в тяжёлой весовой категории, уступал Фёдору в росте (178 см) и весе (93 кг), назвать его "проходным соперником" нельзя было никак. Двукратный чемпион первого дивизиона "NCAA" по борьбе и бывший чемпион "UFC", он доказал весомость претензий на титул чемпиона, нокаутировав в первом раунде одного из фаворитов турнира - Мирко Филиповича. В бою с Емельяненко Рэндлмен сумел выполнить проход в ноги, переведя бой в партер. В попытке выбраться Федор, выражаясь борцовским языком, "отдал спину", чем Рэндлмен немедленно воспользовался и провёл бросок прогибом. Бросок выглядел очень впечатляюще, так как Емельяненко фактически воткнулся головой в пол. Впоследствии этот момент стал одним из наиболее проигрываемых моментов в роликах, посвященных "Pride" и ММА[46]. Несмотря на падение, Емельяненко через несколько секунд выбрался из-под Рэндлмена, установил контролирующую позицию и вывел противника на болевой приём - "кимура" ("узел плеча"). Всего бой занял 1 минуту 33 секунды[47].
15 августа 2004 года в полуфинале "Grand Prix" Емельяненко встретился с шестикратным членом сборной Японии по дзюдо и серебряным олимпийским призёром Наоей Огавой. Одним из наиболее известных моментов стало неспортивное поведение Огавы, который отказался пожать Емельяненко руку перед боем. Фёдор быстро перевел бой в партер, где провёл "рычаг локтя", таким образом второй раз в своей карьере выйдя на Антониу Родригу Ногейру, который, в свою очередь, одержал победу над соотечественником Емельяненко - Сергеем Харитоновым. Бой Ногейра-Емельяненко должен был не только определить победителя "Grand Prix 2004", но и объединить временный чемпионский титул Ногейры и титул Емельяненко[48]. Встреча двух бойцов была очень напряженной, но в результате хоть и непреднамеренного, но все же запрещенного правилами, столкновения головами, у Емельяненко открылось рассечение. В итоге бой был признан несостоявшимся, и Емельяненко сохранил за собой титул чемпиона[49]. Ногейра позже отметил, что на самом деле Фёдор проиграл бой, так как намеренно пошёл на столкновение, осознавая своё проигрышное положение[50]. В ответ Емельяненко отдал должное Ногейре, отметив, что во второй встрече между ними, бразилец был значительно активнее, однако опроверг утверждение о своём поражении. Фёдор заявил, что Ногейра сам был заинтересован в аннулировании матча и был инициатором столкновения, вызвавшего травму[51].
Третья встреча между бойцами состоялась на "Pride Shockwave 2004". На карту вновь были поставлены титул чемпиона "Pride" в тяжёлом весе и титул чемпиона "Grand Prix 2004"[39]. В отличие от первого матча, прошедшего на полу, Емельяненко, к удивлению противника, предпочёл вести бой в стойке и ограничился дзюдоистскими бросками. План Ногейры - перевести бой в партер, установить доминирующую позицию и вывести Емельяненко на болевой приём - провалился[52]. За 30 секунд до конца первого раунда бразилец всё же сумел повалить Емельяненко, но не успел воспользоваться преимуществом. Во втором и третьем раундах Антониу так не удалось закрыть гард, тогда как эффективная защита от проходов в ноги и результативные атаки Емельяненко закрепили за россиянином победу, а с ней и чемпионский титул[49].
2005 год
В апреле 2005 года на "Pride Bushido 6" Фёдор отомстил за своё первое поражение Цуёси Косаке, не оставив японцу ни одного шанса на победу и выиграв бой техническим нокаутом, главным событием года бесспорно стал бой Емельяненко против хорватского бойца Мирко "Крокопа" Филиповича.
Филипович, перешедший из "К-1" в "Pride", быстро стал одним из главных претендентов на титул чемпиона, побив на своём пути таких бойцов как Кадзуюки Фудзита, Игорь Вовчанчин, а также нокаутировав младшего, но более крупного (193 см, 116 кг), брата Фёдора - Александра. Впоследствии Филиппович бросил вызов самому чемпиону, заявив: "Фёдор Емельяненко - ты следующий!"[53]. Кроме того, большой ажиотаж вызвало опубликованное на сайте Youtube видео, показывающее как, обычно невозмутимый, Фёдор смотрит в прямом эфире бой Филиповича с Александром Емельяненко и нецензурно выражается, особенно глядя, как Филипович продолжает наносить удары уже не сопротивляющемуся Александру[54]. Бой Емельяненко-Филипович должен был состояться в конце 2003 года, однако, выступив на "Inoki Boom Ba Ye" из-за контрактных разногласий, Фёдор временно покинул "Pride". Менеджмент "Pride" организовал бой за временный титул чемпиона между Филиповичем и Ногейрой, в котором победу одержал последний. В дальнейшем встреча между Филиповичем и Емельяненко была повторно отложена, когда хорват неожиданно был нокаутирован Кевином Рэндлменом в первом раунде "Grand Prix 2004".
Выход на титульный бой после поражения от Рэндлмена Филипович завоевал благодаря убедительным победам над Роном Уотерменом (технический нокаут в первом раунде), тем же Рэндлменом (сдача от удушающего приёма "гильотина" в первом раунде) и Марком Коулменом (технический нокаут в первом раунде). После проигрыша Ногейры на новогоднем шоу 2004 года Филипович стал главным претендентом на титул чемпиона.
Бой состоялся 28 августа 2005 года во время "Pride Final Conflict". В первом раунде Филипович выбросил два жёстких джеба и разбил Фёдору нос. Кроме того, хорват нанёс Емельяненко несколько результативных ударов ногами по корпусу, в результате чего у Фёдора образовалась большая гематома с правой стороны грудной клетки. Несмотря на это, Емельяненко успешно противодействовал Филиповичу в стойке, а в партере сумел нанести несколько тяжёлых ударов по корпусу. Бой в стойке вообще стал сюрпризом для Филиповича, ожидавшего от Фёдора попыток перевода в партер и "граунд-энд-паунд". Сам Филипович перед боем заявлял, что "если Фёдор будет работать в стойке, то всё закончится очень быстро"[55]. Однако, как и в третьем бою с Ногейрой, тренерский штаб Емельяненко и сам Фёдор выбрали именно эту - неожиданную для хорвата - стратегию[31]. Борьба и клинчевание заметно вымотали Филиповича, и из-за этой усталости во втором и третьем раундах преимущество Емельяненко стало очевидным: хорват чрезмерно осторожничал и значительную часть времени провёл, избегая атак Фёдора, иногда буквально спасаясь бегством[55]. Позже Филипович объяснил это, заявив по национальному хорватскому телевидению, что выдохся из-за недостатка сна и разницы во времени между Хорватией и Японией. Впрочем, Емельяненко также находился не на пике формы. В частности, он не мог в полную силу бить правой рукой из-за травмы[31].
После 20 минут напряжённого боя, победа была присуждена Фёдору, став его второй успешной защитой титула чемпиона "Pride"[56][57][58]. Позже Емельяненко назвал этот бой одним из самых важных в карьере[41].